Lana está en parís, con un nuevo novio, Jason, y también le suceden cosas extrañas relacionadas con Clark. Una mañana, tras visitar una tumba con extraños símbolos y recibir una misteriosa descarga lumínica, se despierta con la espalda tatuada con un extraño caracter. Lex está en Egipto realizando excavaciones, y encuentra un ídolo con extrañas inscripciones jeroglificas kryptonianas en su parte posterior. Lex vuelve emocionado a su jet con el ídolo, para recibir su diálisis, puesto que aún está enfermo del veneno de su brandy. Posteriormente hablará con su padre en prisión y ambos comentarán que al parecer, hay tres cristales enterrados en tres partes del mundo diferentes, que juntos pueden abrir la puerta de un tesoro inimaginable... Clark no recuerda nada por más que Martha se esfuerza en mostrarle fotos y contarle cosas. A miles de kilómetros, por una turbulencia, el ídolo cae de las manos de Lex y se destroza contra el suelo, revelando un valioso y misterioso contenido oculto: un cristal transparente con una letra kryptoniana. El cristal comienza a brillar y a emitir un sonido sólo audible para Clark. El joven cae doblado de dolor y de repente se levanta como Kal-El. Clark irrumpe volando en el avión de Lex y se hace con el cristal, aunque no queda muy claro si él lo ha visto o no. Regresa a Smallville y accede a una cámara secreta en las cuevas donde coloca el cristal, que parece ser la primera pieza de un rompecabezas, en una mesa especial. Después sale de las cuevas y allí encuentra a su madre, que tras una charla con Bridgette Crosby, la ayudante del Dr.Swann interpretada por Margott Kidder, tiene en su poder un extraño trozo de kryptonita negra, que al emplearla contra Clark provoca que el joven de desdoble en Clark y Kal-El, y tras una breve pelea, Clark vence con la ayuda de la kryptonita negra. En el preciso instante que Kal-El desparece, Jonathan se despierta en su cama del hospital. La familia Kent vuelve a estar unida y salva. Martha continúa atónita por haber visto volar a Clark, pero éste le confiesa que él no puede, que solo Kal-El sabía hacerlo al tener desplegado todo su potencial kryptoniano. Lois visita a Lionel Luthor en su celda, y le acusa abiertamente de ser culpable de la muerte de Chloe. La joven decide quedarse en Smallville hasta resolver el misterio de su prima. Clark le agradece lo que ha hecho por él y le asegura que la ayudará, que Chloe significaba mucho para él. Ambos estaban en el cementerio, dejando unas flores ante la lápida de Chloe. Clark, aunque asustado por lo que se puede encontrar, utiliza sus rayos X para ver el ataúd de Chloe... y está vació. Sin poder contener la emoción, se vuelve para llamar a Lois y le dice que Chloe sigue viva.

Lionel es encarcelado finalmente para regocijo de Lex, que ahora es dueño absoluto de la Luthorcorp. Clark sigue sin confiar en él, incluso empieza a pensar que Lex es el Ziget de la leyenda de Naman. Por otro lado, la relación entre Clark y Lana es muy tensa, ella no sabe bien por qué ha vuelto pero se sentía empujada... Y por si fuera poco, su novio, Jason, va a buscarla a Smallville para quedarse allí con ella.

También Jason se contamina de la bebida y ataca a Clark por celos, que a su vez está también debilitado por haber bebido la poción de kryptonita. Finalmente, entre Clark y Lois descubren que con la exposición al calor intenso desparecen los efectos, y salvan la situación. Clark vuelve a hablar con Lex, que le demuestra que sus investigaciones sobre él se han terminado. Parece que hay un albor de esperanza en su amistad, y Clark le pide como favor que hable con el decano de la Universidad de Metropolis para que acepte a Lois, que se marcha agradeciendo a Clark lo que ha hecho. Antes de esto, Clark hace un espectacular pase en su partido debut que da la victoria a su equipo y le hace ganarse la admiración de todos.

Entretanto, Clark ha decido que ya está harto de pasar por el instituto sin tener nada que recordar, y se mete, sin el consentimiento de su padre, en el equipo de fútbol americano, que entrena el novio de Lana, Jason. Además Lois, que ha visto rechazada su solicitud para la Universidad, se ve obligada a cursar algunas asignaturas en el Instituto de Smallville, y también colabora con Chloe en el periódico para subir nota, aunque sin ganas. Lana por su parte trata de quitarse el tatuaje pero le dicen que está como grabado a fuego bajo su piel... Mientras, Abby descubre que cuando besa a alguien, éste se trastorna viendo visiones y influenciada por su madre, la cirujana que la trató, besa a Lana, que acaba en el hospital en crisis. Clark y Lois investigan y el joven Superman tendrá que acudir a rescatar a Lois antes de que la doctora Fine acabe con ella, y además encontrar la sustancia que curará a Lana. Al final del episodio vemos como la relación de Clark y Lois empieza a mejorar, viéndose la chispa entre ellos. Muy buenos los guiños del episodio al futuro de Lois como periodista, y a sus constantes faltas de ortografía. De nuevo los guionistas se apuntan un tanto en detalles sobre el mundo de Superman.

Clark investiga el rastro de la tarjeta de crédito de su padre y encuentra al muchacho, Bart Allen, que vive ambulante de pequeños robos desde que un accidente con un rayo le dotó de una velocidad increíble que incluso le permite correr sobre el agua. Clark intenta que el joven Bart vuelva al buen camino, pero él decide continuar con sus robos, y le quita a Lex un manuscrito del siglo XIV que tiene extraños símbolos kryptonianos y que visto a rayos X muestra un mapa hacia algún lugar, sin duda una señal para Clark que Lex también investiga en las sombras. Lex cree en principio que ha sido Clark, pero recibe una oferta para recomprarlo a manos de los compradores habituales de los robos de Bart, que dejan inconscientes a los dos; Clark interviene y salva la situación, pero Bart utiliza la kryptonita para huir con el pergamino. Mientras, Lana confiesa a Jason que tras su visita a la tumba en Paris perdió 12 horas de su vida y despertó con el misterioso tatuaje de su espalda, que también está en la pared de la cueva, y ambos prometen desvelar el misterio. Finalmente, el joven Bart devuelve en secreto a Lex el pergamino y se disculpa con Clark, agradeciéndole lo que ha hecho por él y haciéndose amigos. Al final del episodio, el futuro Superman y el futuro Flash, dos de los más destacados miembros de la Liga de la Justicia y protectores de la Tierra, echan una carrera como dos amigos cualesquiera... carrera que, por supuesto, Clark Kent pierde ante el hombre vivo más rápido del mundo.

Lionel se ve entonces libre y con los poderes de Clark, y Clark atrapado en la prisión acosado por presos que pretenden matarle. Mientras Lionel siembra el desastre en la vida de Clark dejando el equipo de football y arruinando su relación con Chloe y Lana, Clark en prisión averigua lo que ha pasado, gracias al compañero de celda de Lionel, Edgar, un matematico que descubre patrones ocultos y que es capaz de interpretar el lenguaje de Krypton. Clark convence a su madre de la verdad, mientras que Lionel está punto de matar a Lex por recuperar parte de su dinero. Lionel demuestra absoluto desprecio por la vida de su hijo y solo le importa verlo destrozado. Finalmente, con la ayuda de Edgar y aprovechando una revuelta en prisión, Clark logra recuperar su cuerpo y deja a Lionel allí. Sin embargo no encuentra la piedra, que es una de las dos que faltan en la cámara secreta de la cueva donde guardó la que encuentra Lex en Egipto, y además Lionel resulta milagrosamente curado de su enfermedad... aunque parece ser que no recuerda nada de lo ocurrido y que se siente, soprendente y misteriosamente... mejor persona. Clark va a ver a Lex, que sabe lo ocurrido, pero está extrañado de la fuerza de Clark cuando le ataca como Lionel. Los dos se abrazan y se alegran de haber vuelto a normalidad. Y por si fuera poco, Edgar sale libre gracias a Lex y Clark, que promete ayudarle, y al salir le entrega la piedra kryptoniana nada menos a Bridgette Crosby, la ayudante del Dr. Swann...

Mijail acaba bajo la protección de Lex, llevado a un extraño refugio en el que Lex está llevando a cabo investigaciones secretas sobre... no se sabe. Y además, Lex despide a Jason por su relación con Lana, y Lana culpa a Clark aunque en realidad parece ser que Lex siente por ella más de lo que aparenta...

Precisamente es la persona que estaba enterrada en la tumba de París que visita Lana y a raíz de la cual le aparece el símbolo tatuado. Lana consigue hallar el libro de hechizos de Isabel, y queda poseída por el espíritu de ésta. Isabel se vale de sus recuerdos y hace que sus dos secuaces brujas del siglo XVII tomen posesión de los cuerpos de Lois y Chloe. Se valen de la magia para crear el caos y la lujuria a su alrededor, Lana casi mata a Lex, que no puede dejar de tocar el piano por orden suya, después de que Lana haga desaparecer el manuscrito-mapa que posee. Las tres también transforman la fiesta de cumpleaños de Chloe en casi una orgía.Además, su máximo anhelo son las tres piedras kryptonianas y persuaden con magia a Clark para que les revele el lugar donde guarda la primera de ellas, tras quitarle sus poderes con un conjuro. Pese a todo, Clark va a la cueva y las espera allí, y en el momento que toca la piedra, recupera su poder y destuye el libro de conjuros de Isabel, devolviendo a las tres chicas a la normalidad sin recordar nada.Lex confiesa a Lana que él despidió a Jason, y Lana se enfada mucho y se disculpa con Clark, a quien le confiesa lo que le ocurrió en París, en la tumba. Y Clark debe afrontar que además de la kryptonita, tiene un peligroso punto débil: es vulnerable a la magia.

La prensa enseguida se hace eco de la noticia de Lex Luthor acusado de asesinato. Corinne es la abogada que Lex busca para que le defienda y Clark llega en ese momento a la mansión de los Luthor para ver si puede ayudar a su amigo. Lana Lang tiene un sueño relacionado con las brujas del capítulo anterior cuando van a ser quemadas y puede distinguir a una mujer que le resulta conocida como las amenaza. Luego resultará ser Genevieve, la madre de Jason... En la prisión, Lionel reciba la visita de Clark a quien ha llamado y le explica que desde que intercambiaron los cuerpos él se ha curado, tiene el hígado sano y se siente buena persona pero nota que el mal está transferido en su hijo al que quiere ayudar, dándole a Clark una pista para que investigue. Lana conoce en al Taloon a una señora que resulta ser la madre de Jason pero ella reconoce que es la Isabelle Thoreaux de su sueño. Ella le pide que le diga a su hijo que está en Smallville y que se pongan en contacto. Clark le pide ayuda a Chloe para seguir la pista que le ha dado Lionel. Aunuqe Chloe le advierte que no se fíe de Lionel, Clark siente que le ha dicho la verdad. Chloe averigua por la pista la dirección de la chica y cuando Clark se presenta en la casa se encuentra con Lex que está quemando unas fotos en las que aparece él y varias mujeres. Lex le explica que recibió una llamada del despacho de su abogada diciéndole la dirección de Eve, la chica asesinada para que fuera por si encontraba pistas pero lo que ha encontrado es que alguien le ha estado acechando con fotos. Chloe ha conseguido el vídeo del ascensor del hotel en el que Lex llevó a Eve y en la cinta descubren que besándose Lex y Eve a ésta se le cae un pendiente, sin embargo en el informe policial ponía que el cadáver de Eve lleva dos pendientes. Clark mira con su visión y descubre que en el bajo del hueco del ascensor está el pendiente perdido. Corinne, la abogada de Lex, le confiesa que fue uno de sus tantos ligues que el mantuvo y que despedía simplemente regalándoles unos pendientes de diamentes y le dice que abandona su caso. Más tarde, Lex recibe una llamada del despacho de Corinne y acude allí encontrándola asesinada y cuando va a llamar a la policía aparece la verdadera asesina que quitándose la peluca y las gafas que lleva resulta ser la chica que Lex había ligado en la Opera y se había llevado al hotel. Esta se identifica como Shanon y le recrimina que no se acuerde de ella ni siquiera habiendo hecho el amor. Le recrimina que haya hecho esto con muchas mujeres y que a ella la enamoró al punto de que estaba prometida y rompió su compromiso quedando después abandonada por Lex simplemente con un par de pendientes de regalo. Ahora le va hacer pagar por todo. Lo golpea con un revolver y cuando Lex vuelve en sí se halla amordazado y atado a una silla alrededor de la cual, Shanon rocía un círculo de gasolina. Lana le dice a Jason que ha conocido a su madre. Este le dice que es una manipuladora y que le quiere controlar, pero observa una mirada extraña en Lana y le pregunta qué le pasa. Lana le dice que soñó con su madre, antes de conocerla y que en el sueño era Isabelle Thoreaux. Chloe descubre por los recibos del diamante encontrado por Clark la dirección de la propietaria una tal Shanon Bell que trabaja en la asesoría jurídica de Lex Luthor. Mientras, Shanon está prendiendo fuego a la gasolina y Lex Luthor queda rodeado por un círculo de llamas, atado a una silla y amordazado pero en ese momento llega Clark que deja inconsciente a Shanon y girando su chaqueta a supervelocidad hace que las llamas se concentren en el vacío creado a su alrededor y así apaga el fuego. Cuando Lex que estaba semiinconsciente mira a su alrededor, el fuego está apagado y Shanon está desmayada. Clark les explica a sus padres la transformación de Lionel Luthor y a pesar del escepticismo de ellos, confiesa que el sí cree que ha cambiado y que fue parte de él, cuando intercambiaron los cuerpos, la que curó el hígado de Lionel y le transformó hacia el bien, pero está apesadumbrado de conocer lo que Lex hacía con sus ligues. Lex, que ha sido absuelto, va a ver a su padre a la cárcel reconociendo éste todos sus errores y pidiéndole una oportunidad para poder ser su padre de verdad, pero Lex le contesta: “Ya recuperaste la salud, no esperes más milagros” y se va a casa de Clark a pedirle disculpas y darle las gracias reconociendo lo mal que se comportó con todas esas mujeres y le pide a Clark que no se rinda con él, que le de una oportunidad para seguir siendo amigos. Jason se encuentra con su madre en el interior de un coche, en una noche de lluvia y a sus peticiones le dice que aún no está preparado y que no meta en su vida con Lana. Ella le dice que ha conocido a Lana y que vale la pena y por ello esperará a que Jason esté preparado.

Después se infecta Lana, que se ve rodeada de los cadáveres de su familia y amigos, y ella misma muerta persiguiéndose. Lex también se infecta por accidente mientras tratan de probar un suero experimental que por lo visto necesita ser expuesto a altísima temperatura durante horas para dar efecto, horas durante las cuales se va cobrando víctimas la bacteria. Clark se contagia también, y su pánico resulta ser que Lana descubre que llego con los meteoritos y eS culpable de la muerte de sus padres y ella lo asesina con un pedazo de kryptonita mientras el pueblo vuelve a ser arrasado por otra lluvia de meteoros. Pero Clark, con su fisiologia kryptoniana, sufre la alucinación pero no entra en coma y se recupera. Desesperado, acude a Lex y se ofrece a dar su sangre para ayudar. Lex le duice que poco pueden hacer y le explica lo del antidoto, y a escondidas Clark lo calienta con su visión. Lex lo prueba en sí mismo, y sobrevive curado, no sin antes sufrir su terror: se ve convertido en el presidente de los EEUU y arrasando el mundo en una guerra, igual que en la visión de Cassandra en el episodio EL RELOJ DE ARENA que aun lo atormenta. MIentras, Lionel es liberado de prisión al ser encontrado no culpable directamente de la muerte de sus padres. Muy a su pesar, puesto que asegura que su sitio es la cárcel, sale libre y alguien misterioso le espera en el coche. Finalmente, todo vuelve a la normalidad, pero Clark se lamenta de no poder compartir con nadie su secreto, y Chloe le anima a no guardarlo, puesto que eso le trae la soledad que siente.

Por otro lado, Jason decide dejar a Lana y ella, que cree que es porque todavía no han tenido sexo, decide acostarse con él, pero Jason le confiesa que tiene dudas sobre si su relación no ha sido de algún modo inducida por su madre: la tumba parisina, el libro de hechizos... algo le resulta extraño y misterioso sobre su relación, y las dudas están pudiendo con él. Lionel vuelve a ver a Lex y sus intenciones con increíbles. Ahora jura sentirse un hombre nuevo y con un sueño de paz y amor, y desea fundar una institución de caridad para ayudar a todos los necesitados. Lex desconfía pero permite a su padre quedarse en la casa de huéspedes.

El doctor que trataba a Alicia, McBride, va a ver a Clark y le amenaza con una pistola. El hombre está enamorado de Alicia y quiere matar a Clark y convertirlo en un crimen pasional culpando a Alicia para que la devuelvan a su institución. Alicia aparece en ese instante, teleportándose, y se interpone en la bala que va a Clark, pues le dice que ella prometió nunca revelar su secreto ni permitir que fuera descubierto por nadie. Alicia sobrevive y Clark, impresionado por esa muestra de amor sincero, decide que merece la pena darle una oportunidad y tener fe en ella. Su madre no lo entiende y está indignada de que haya podido casarse, pero Clark le dice que Alicia le hace sentir especial y normal al mismo tiempo. A final del episodio Clark abraza a Alicia. Parece que se decide a estar con ella...

Alicia va a ver a Chloe y le dice que le va a demostrar el secreto de Clark Kent. Cogen el coche y Alicia llama a Clark fingiendo que el coche va estrellarse, se teletransporta con Chloe y desde fuera las dos muchachas ven como Clark coge el coche al vuelo y lo deja en el suelo suavemente. Chloe no da crédito a lo que ve y Clark no sabe que lo han visto. Genevieve va a ver a Lex y le ofrece información sobre cómo salió su padre de prisión si él interfiere en la relación de Jason con Lana. Así que Lex llama a Jason y le ofrece trabajo para juntos descubrir lo que su madre se trae entre manos. Clark va a buscar a Alicia cuando descubre por la sheriff Adams que ella no atacó a Jason, y el joven encuentra a su novia ahorcada en un establo. Clark queda desolado y furioso, y en ese momento entra Lois, que estaba de visita en Smallville, y ha descubierto quién es el asesino, Tim, un joven con poder de convertirse en algo como una tormenta de arena. Clark va a buscarlo lleno de furia, pelean y a punto está de matarlo si Lois no llega a tiempo y lo disuade... Chloe habla con Lois antes de que la joven regrese a la Universidad, acerca de si debería contarle a alguien que le importa que conoce un secreto muy importante sobre él, y Lois la convence de que no, que lo que debe hacer es guardar su secreto y darle confianza para que él se lo cuente. Por su parte, Clark está destrozado, culpándose de la muerte de Alicia por no haberla creído. El episodio termina en el cementerio donde Clark ha ido a dejar una rosa a Alicia, y Chloe va a consolarle y decirle que si necesita hablar de lo que sea... ella está ahí.

Al mismo tiempo, Clark es tentado para ser quarterback de la Universidad de Metropolis, y envían para convencerlo a su jugador estrella, Geoff, que también es de Smallville y es el héroe local querido por todos. Aunque su padre insiste en que debe tener precaución, Clark jamás ha usado sus poderes en beneficio de un partido, así que de buena gana acude a Metropolis a recorrer la Universidad como estrella invitada. Al principio todo es genial, y Clark se deja seducir por el lujo y la vida que el estrellato le puede ofrecer, aunque poco a poco Clark empieza a sospechar de Geoff, que asegura que la obsesón de los Bulldogs de Metropolis es siempre ganar. Clark descubre que de algún modo, probablemente relacionado con los meteoritos, Geoff puede paralizar a la gente. Entretanto Cube, el chico en coma tras el altercado, muere, y el asesino y agresor ha sido Geof para que no revele sus habilidades. Por otro lado, Jason recibe de Lex la oferta de investigar a su madre y a Lana, ya que Lex quiere saber todo lo posible sobre Isabelle de Thoureaux y ellas dos están de algún modo relacionadas con la condesa bruja. Lana se ofende y va hablar con Lex, que le acaba revelando cosas sobre Jason: el joven se vio con su madre, Genevieve, antes de conocer a Lana en París, y además se crió en una casa en la que los objetos relacionados con la condesa eran abundantes. Lana empieza a desconfiar, y Lex le pregunta que hasta qué punto conoce a su novio... Geoff secuestra a Lois después de que ella esté interrogando a gente sobre él, y la paraliza, la lleva a una alcantarilla, donde abre un surtidor para que ella muera ahogada. Clark y Chloe (que por su parte no deja de lanzar a Clark indirectas a ver si le sonsaca algo de su secreto) logran localizar el móvil de Geoff y Clark le obliga a decirle donde está y salva a Lois justo a tiempo. Pero esto hace cambiar la mentalidad de Clark. Si Geoff era un buen chico, de Smallville, con habilidades que nunca utilizó en el campo de juego hasta que llegó a la Universidad y se vio sometido a esa presión enorme... ¿podrá resistirse él a usar sus poderes? Por eso decide que lo mejor es dejar el football ahora, y renuncia a ir la Universidad de Metropolis. Sus padres lo apoyan y le prometen que cuando decida ir a una universidad, ellos harán lo imposible para que pueda ir. Al final del episodio Lois va a agradecerle haberla salvado y ambos se despiden, pero entre ellos hay una divertida conversación en la que Lois divaga acerca de que no puede volver a la Universidad y no tiene donde quedarse a dormir, y Clark se ofrece a que se quede con ellos, lo que Lois acepta enseguida para sorpresa del joven, que se queda avasallado por la cháchara de la chica. Chloe admira a Clark por dejar el football, ya que ella sabe lo fácil que le resultaría seguir y convertirse en el mejor jugador del mundo. Clark empieza a estar un poco preocupado por las indirectas de su amiga. Al final, vemos a Clark, nostálgico, despidiéndose del football para siempre con un paseo por el estadio de la Universidad de Metropolis....

El perro, junto a otro, está siendo utilizado por dos hermanos para llevar a acabo atracos, utilizando la fuerza sobrehumana de los animales que han sido empleados en experimentos de la Luthor. Pero el perro que descubre Lois parece ser muy bueno y obediente, y obligado a actuar contra su voluntad por la obediencia natural de un perro a sus amos. Enseguida Clark se da cuenta de la increíble fuerza que tiene el animal, que incluso arrastra un tractor. Lois y él discuten sobre como llamarle, ella insiste en que Clarkie, pero Clark no está de acuerdo y propone Skippy. Clark y Lois investigan y descubren que es de la Luthor, Clark habla con Lex y éste le explica que puso fin a los experimentos de su padre con animales. Mientras, los dos jóvenes ladrones han encontrado al perro y mandan al otro a atacar la granja para llevarse al que perdieron. Jonathan hubiera podido morir si el perro no hubiera ahuyentado al otro protegiendo a Jonathan. Pero al oír el silbato, los dos perros vuelven con los ladrones. Entretanto, Genevieve habla con Lex sobre que desea que su hijo se eleje de Lana, y Lex dice que poco puede hacer al respecto. Después habla ella con Jason y éste la acusa de haberlo preparado todo con Lana. Lana oye la conversación y empieza a desconfiar, y después Chloe le dice que fue la abuela de Genevieve la que mandó trasladar la tumba de Isobel a París. También Jason recibirá de manos del nuevo y enigmático bondadoso Lionel su oferta de ayudarlo, un sobre con una copia del mapa que descubrió Lex en el manuscrito y su advertencia de que no se fie ni de su madre... ni de su hijo Lex. Clark y Lois localizan a los ladrones y a los perros, que han robado un furgon lleno de dinero. Clark se cuela en el furgón para rescatar a su perro, lo suelta pero unos frascos de kryptonita se rompen y el joven queda debilitado e impotente. El perro lo sigue corriendo, y abre la jaula en la que lo encierran los ladrones para quemarlo vivo junto al otro perro y borrar pruebas. Cuando Clark se recupera gracias a que el perro lo saca fuera, deja fuera de combate a los ladrones y ve como su perro entra en el furgón en llamas para salvar al otro animal, pero luego queda encerrado dentro. Clark no se lo piensa y entra en el fuego para salvarlo, cubriéndolo con su cuerpo de la explosión. Al final del episodio, Clark y Lois (que por cierto, tiene alergia a los perros) están bañando al perro y Clark decide llamarlo Krypto, ante la sorpresa de todos. Lex va a verlo y le dice que tenga cuidado, que puede ser peligroso, lo mismo que le dijo Jonathan, pero Clark tiene una especial confianza en el perro pensando en que si sus padres lo hubieran dejado abandonado por pensar que era peligroso, él no sería quien es. Finalmente, Jonathan acepta a quedarse el perro, y Clark tiene un nuevo y poderoso amigo: el superperro Krypto.

Clark va a las cuevas y allí, en su cámara secreta, introduce la llave en una ranura y se comunica con Jor-El, que le advierte que debe encontrar las 3 piedras de conocimiento antes que los humanos, pues si un humano las reuniera, sería el fin de su mundo. Jor-El dice que las piedras fueron enterradas deliberadamente hace muchos años y que albergan toda la sabiduría de Krypton. Mientras, Lana descubre gracias a Lionel que Jason le ha mentido y que está en China buscando una de las piedras con Lex. Clark decide no dejarla sola y los dos van a Shangai, donde les recibe un guía que ha puesto Lionel para ellos. Por lo visto, el mapa conduce a un templo que está a las afueras. Lex y Jason han sido capturados por la policía, que está trabajando para alguien con el fin de averiguar lo que ellos saben, y les encarcela y tortura. Clark descubre en el templo una cámara secreta pero al abrirla una máscara comienza a brillar con un fulgor verde... Kryptonita. Clark se queda paralizado de dolor y mientras, los policías que les han perseguido asesinan a la guía y detienen a Lana y se la llevan a donde retienen a Jason y Lex, para torturarla también. Pero Lana reacciona a la corriente eléctrica y de algún modo vuelve a poseerse por el espíritu de Isabel, elimina a los guardias y huye después de dejar también fuera de combate a Clark que ha acudido a rescatarla, riéndose de Lex y Jason alegando que lo que ellos tienen no es en realidad un mapa... Lana, poseída por la bruja, descifra que el mapa es en realidad la vista en perspectiva del árbol que hay frente al templo. Bajo sus raíces desentierra una figura de cerámica de un caballo, la rompe, y en su interior encuentra una de las piedras kryptonianas, que de inmediato Clark percibe y corre a quitársela. Isabel y Clark luchan por la piedra, pero ella embruja dos espadas para que puedan herir a Clark y Clark resulta dañado. Finalmente, Clark aprovecha un descuido para robarle la piedra, que cae al suelo, y que al ser fuente de su poder, Lana pierde la posesión. En ese instante entran Lex y Jason, pero Clark les dice que la piedra ha desaparecido. De vuelta en Smallville, Clark le cuenta a sus padres un e-mail que Swann le envió antes de morir en el que le confiesa que le pidió a su ayudante, la Dra. Crosby, que le entregara la piedra que tenía en su poder. Clark dice que ha tratado de contactar con Crosby pero que parece que nunca haya existido... Al final del episodio vemos a Clark en las cuevas mientras de fondo oímos la voz de Swann diciéndole que él debe escribir su propio destino. Y la piedra que había en Shangai... la tiene Jason, que se la entrega a Lana con el fin de acabar resolviendo juntos el misterio de la condesa...

Con vergüenza, Lois le pide a los Kent que su hermana se quede unos días y ellos aceptan. Cuando llega Lucy a la granja, enseguida conquista a todo el mundo. Lucy parece ser la primera de la clase en todo, habla varios idiomas además de ser una excepcional deportista y violinista y con conocimientos de finanzas y economía que soprenden incluso a Lex. Lucy tarda poco en ganarse el aprecio de todos. Lois le cuenta a Clark que su infancia no fue fácil; con su madre fallecida, su padre (al que llaman siempre El General) las obligó a vivir en una cadena de mando en la que él mandaba a Lois y Lois a Lucy, con lo que la rivalidad entre hermanas fu siempre terrible. Lana y Jason llegan a casa y descubren que la han asaltado. Los ladrones solo han robado el cristal que Jason trajo de China. Lana le pide a Jason que lo olviden, que abandonen la búsqueda de esos cristales y se dediquen el uno al otro. Jason lo acepta, pero a escondidas va a ver a Lionel y lo acusa de haberlo robado. Lionel lo niega, y Lana, que lo ve todo desde la puerta, se derrumba. Por la noche, Clark sorprende a Lucy robando la caja del Talon. Lucy lo convence de que su vida ha sido terrible, siempre tratando de encajar entre un montón de niños ricos, y que al final se ha visto obligada a pedir dinero a un prestamista que ahora la persigue. Clark la cree y le pide ayuda a Lex, que se ofece a ayudar ya que de paso, capturar a ese prestamista alemán le ayudaría a cerrar un negocio que la mafia alemana le está boicotendo. Lex, Lucy y Lois van a donde han quedado con el matón con los 50.000 dólares de la deuda; pero el prestamista se disfraza de sheriff y fingiendo una detención roba el dinero y golpea a Lex, y secuestra a Lois y Lucy. Las dos muchachas van en la caja de un trailer y allí Lois trata de convencer al secuestrador para que libere a Lucy, pero él no lo hace, y Lois descubre por un comentario del secuestrador acerca de la comida que les ha traído, que su hermana está compinchada con él. Lucy se confiesa, y dice que lo siente mucho pero que no ha podido evitarlo, sintiéndose siempre como la niña perfecta del General, y envidiando a Lois que ella sí que tuvo un padre mientras que Lucy se crió de internado en internado. Lois se enfada mucho, pero le dice que ella tampoco ha tenido un padre nunca. Clark descubre la trampa de Lucy cuando va a ayudar a Lex, y comienza a buscar a las chicas. Llega a una autopista y aplica su superoído y escucha cómo las hermanas hablan dentro del camión, y entonces Clark da un espectacular salto hasta la caja del camión, reduce al secuestrador, detiene el camión y escapa antes de que llegue Lex con su equipo de seguridad. Lucy roba el coche de Lex y se fuga, pero antes se detiene un instante frente a su hermana y le pide perdón. Lex es acusado por su padre de haber robado la piedra a Jason, pero el desconcierto de Lex hace creer a Lionel que no tiene nada que ver esta vez. Lana resulta haber sido la que ha robado la piedra, y la ha escondido en otro sitio, probablemente en un desesperado intento de dejar atrás los problemas y llevar una vida normal con Jason. Clark y Lois tienen una bonita conversación en la que se confiesan como buenos amigos el uno al otro. La amistad entre ellos empieza ser muy fuerte, ambos unidos, en cierto modo, por una vida difícil. Al final del episodio Clark se queda en su granero mirando por el telescopio una estrella fugaz...

Entretanto, el lado bueno de Lex, libre de su parte malvada, se enorgullece de su padre, Lionel, y de sus obras de caridad, comprometiéndose a colaborar con él. Pero poco después irrumpe en la mansión su copia malvada y le golpea y encadena a una sala insonorizada de la mansión con una máscara de hierro, como en la leyenda del Rey Luis XIV. El nuevo Lex suplanta al otro y trata de seducir a Lana, amenazándola con desahuciarla si no se muda con él. También fuerza a su padre a combatir a espada con él mientras le sermonea sobre su verdadera naturaleza, sobre dejar aflorar los verdaderos sentimentos reprimidos... Al final del combate podemos ver la furia en la mirada de Lionel, que parece haber... regresado de un largo sueño. Lex también descubre que Clark y Chloe han logrado averiguar lo de su duplicación, y trata de matarlos derribándoles el laboratorio encima, pero Clark protege a Chloe y Lex lo ve todo, atando cabos. Lex va a ver a Clark con un anillo de kryptonita, que lo mantiene raya sin que éste pueda detenerlo. Le habla de la grandeza, de su alianza para dominar el mundo entero o de lo contrario sufirirán todos a quienes él ama. Lex dispara a Jonathan en una pierna y se marcha... Clark va a la mansión y aplica su superoído para descubrir a Lex, y encuentra al verdadero encadenado y lo rescata. En ese momento aparece el malvado y pelean, Lex intenta reducirlo y Clark usa su visión de calor para calentar el anilo de kryptonita y transformarlo en negra, y de ese modo los dos Lex vuelven a unirse en uno. Lex no recuerda nada, y debe entonces disculparse con todos pero le atormenta el saber si esa parte malvada de él fue creada por la explosión... o si era él en realidad, el lado oscuro que siempre reprime y no deja salir pero que vive dentro de él pugnando por aflorar. Al final del episodio vemos una conversación entre Lex y Lionel, un Lionel que vuelve a ser cruel y que ha cerrado su fundación de caridad y agradece a Lex haberle abierto los ojos y haberle hecho retomar el camino, porque como le dice: "No se puede negar la verdadera naturaleza de un hombre, ¿verdad, Lex? Somos Luthors. Somos los Luthors..."

Pasamos la acción a un día antes, donde descubrimos que entre las nominadas al baile está una más que soprendida Chloe Sullivan. La favorita para ganar es Dawn Styles, una chica superficial y cruel cuyo único objetivo es la popularidad. Cuando su novio la deja, ella decide que será Clark quien la lleve al baile y despistada en su coche buscando su teléfono, tiene un accidente y queda en coma, pero por acción de los meteoritos su espirito queda libre y puede entrar en cualquier cuerpo solo por contacto. Posee a la madre de Clark, y todos notan como actúa extrañamente. Después en el Talon, tras saber que Clark desea ir al baile con Lana, pose a ésta e invita a Clark. Y tras tratar de matar a su ex novio, va cambiando de cuerpo hasta que no le pueden seguir la pista... Incluso posee a la enfermera que cuida su cuerpo y se mata a sí misma, tras verse horriblemente desfigurada. Mientras, Lex ha encontrado un cadáver en su propiedad, el de la doctora Bridgette Crosby, la ayudante del fallecido Dr. Virgil Swann. Jason parece terriblemente indignado, y amenaza a Lex con denunciarlo al sheriff, de modo que Lex limpia magistralmente la escena y los rastros de Bridgette Crosby hasta el punto de hacer ver que jamás ha existido, quedando Jason como un idiota. Pero después Jason llama a su madre por el móvil y le dice que todo ha salido como habían planeado, y vemos que él tiene la piedra que el matemático del episodio TRANSFERENCE robó y entregó a la Dra. Crosby. La personalidad de Jason acaba de dar un giro espectacular... Mientras, en el baile, Chloe, poseída por Dawn, (que anteriormente había poseído a Lois llevando a Clark a rastras al baile) es nombrada reina y da un discurso alabando a Dawn, y la gente corea el nombre de Chloe, cosa que la hace enfurecer, así que baja a las calderas y ahí volvemos a la primera escena del episodio, Clark aparece y atrapa la escoba al vuelo impidiendo el incendio, y voluntariamente toca a Chloe-Dawn para traspasarse él su espíritu. Jonathan entra entonces con un trozo de kryptonita, aliado con Clark, y con su exposición Dawn abandona el cuerpo de Clark y desaparace para siempre. Chloe también ha visto la debilidad de Clark aparte de saber sus poderes... El episodio termina con Clark y Lana en el baile, abrazados bailando una canción de Lifehouse, invitados en este episodio, y los dos parecen muy a gusto uno con el otro. Jason entra por la puerta del salón y los ve, y se marcha con el rostro furioso...

Lana trata de hablar con Jason y decirle que su relación se está yendo a pique, aunque haya sido maravillosa, y Jason pierde los nervios, la zarandea y la amenzada diciéndole que "ella no tiene ni idea de hasta qué punto la ha estado protegiendo." Lana se queda sorprendida y asustada... Lex, por su parte, trata de aprovechar la amnesia de Clark para que le descubra los secretos de las cuevas, y Clark confiesa involuntariamente que tras un muro de la cueva hay ua habitación... Clark vuelve a ver a Lana y se enamora de ella como la primera vez. Así que va a buscarla y le pregunta qué ocurrió entre ellos y le promete que "esta vez será todo diferente". Lana se emociona mucho, y los dos quedan para hablar más tarde. Investigando, Clark, Lois y Chloe descubren que Kevin estaba internado en el instituto Summerholt de estudio cerebral donde al parecer estaba recibiendo tratamiendo para olvidar los recuerdos del día en en por accidente mató a su hermano pequeño en un cacería. Pero la verdad es que el culpable fue el propio padre del muchacho, que le ha culpado a él para vivir así, y con la ayuda de Clark Kevin recuerda lo ocurido. Así que Clark y Kevin penetran en Summerholt, donde además el padre del muchacho ha retenido a Chloe y le va a borrar toda su memoria. Lois y la Sheriff también están en Summerholt, y Clark llega justo a tiempo para interponerse en el rayo que borrará la memoria de Chloe y que al contrario, le devuelve a él la suya. Pero un cortociruito hace caer unas torres eléctricas y Clark las sostiene para salvar a Chloe, ante la mirada de Lois, la Sheriff, Chloe y Kevin; pero Kevin, agradecido por lo que ha hecho por él, borra con su poder los últimos minutos de memoria de los que le han visto haciendo así que no sepan lo que ha ocurrido. Clark tampoco recuerda las últimas 24 horas, pero aun así deja ir a Kevin y los dos se despiden como dos amigos. Lex, por su parte, ha robado del granero de Clark los dibujos del plano hasta la cámara secreta de los cristales y los estudia en su mansión... Lana va a ver a Clark y éste no recuerda la conversación que tuvieron, pero aun así deduce lo que había ocurrido y sorprende a Lana diciendo que "ésta vez... todo será difrerente." Al final, Clark va a ver a a Chloe para agradecerle haber cuidado tan bien de él, y ella le dice que se siente orgullosa de que incluso sin memoria haya tomado las decisiones correctas y las mismas que hubiera tomado con sus recuerdos. Todas menos una: que confió en ella...

Clark decide pedir ayuda a Lex, que pone a sus mejores científicos a investigar y descubren que el niño, al que Clark y Lana han llamado Evan, sufre una alteración que le hace absorber energia y liberarla violentamente al mismo tiempo que sufre un cambio de edad. Mientras hablan, Evan se vuelve a transformar en un adolescente esta vez, y Lex advierte de que la próxima explosion puede ser tan violenta que mate a mucha gente, además de a Evan, cuya única salvación radicaría en un transplante de médula de un familiar, y de inmediato, porque al joven Evan solo le queda un cambio y no faltan muchas horas... Así que Lana y Clark, con ayuda de Chloe, investigan y localizan al padre del chico, un joven mecánico de Smallville pero que deniega toda responsabiidad alegando que el solo se acosto con la madre una noche y que a la semana ya estaba embarazada de 9 meses, y cree que su hijo es un monstruo. Por su parte, Genevieve Teague amenaza a Lionel con devolverlo a la prisión si no le entrega la piedra que trajo Lex de China, ya que ella esta convencida que la tiene él. Lionel queda un poco intimidado por las amenazas de Genevieve hacia Lex, y trata de advertir a su hijo pero éste no confía en él... Evan, que quiere conocer a su padre tras saber que Clark y Lana lo han encontrado, se escapa y va a buscarlo, pero éste se asusta de él y mientras lo repele con violencia cae hacia atrás y se atraviesa con un hierro, muriendo. Evan vuelve a la granja y le cuenta a Lana lo sucedido, y de repente empieza notar los efectos de un nuevo cambio... sabiendo que le queda poco tiempo, pide a Lana ir al viejo molino y poder ver esa vista tan maravillosa de la que tanto le han hablado esos días Clark y ella, a quienes considera sus padres. Lana lo lleva, y una vez allí el joven sufre los efectos de la transformación y Clark llega a supervelocidad para advertir a Lana que se marche, pero él se queda con Evan mientras el joven crece y envejece en segundos en medio de una anorme onda de energía que hace explotar el molino. Clark baja desolado y convence a Lana de que pudo alejarse corriendo antes de que lo alcanzara la explosión. Lionel vuelve a ver a Genevieve y la embauca de modo que mientras se toma un vino, él la envenena y le hace chantaje: ella le dará la piedra que le robó a Bridgete Crosby y dejará a Lex en paz, y él a cambio le da el antidoto... un trato que no puede perder. Al final Clark va a ver a Lex y le agradece todo lo que ha hecho por él esos días, y Lex dice que los resultados de las pruebas de Evan ayudaran a combatir muchas enfermedades y que él será recordado. los dos jóvenes se dan un sincero apretón de manos, y al salir Clark, el científico de Lex le pregunta extrañado que si pensaba revelar los resultados de las pruebas, y Lex contesta, sombrío, que algún día...

Mientras, el fotógrafo responsable del anuario, Brandon, ha recreado en una nave industrial abandonada una copia exacta dle instituto y secuestra a un montón de alumnos a los que recluye allí obligándoles a vivir un eterno último día de clase, obsesionado con no dejar nunca el instituto. Brandon tiene un extraño poder que transforma a las personas en maniquíes congelados, y con ello los intimida. Secuestra a Chloe, y pronto sus amigos la empiezan a echar de menos... Entretanto los Luthor son secuestrados por los Teague, que mediante tortura sonsacan a Lionel que él robó la piedra y se la dio a Lana después, ya que todos saben que ella es la elegida... Genevieve se marcha, presumiblemente a por Lana. Mientras, mediante una hábil estrategia, Lex se libera, desata a su padre y huyen perseguidos por Jason, que les dispara. Pero Lex lo reduce y se convierte en perseguidor, y lo acorrala frente a un acantilado. Jason dice que Clark es la clave de todo, que siempre lo ha sido, los símbolos del granero, las cuevas, y que de hecho Clark es... pero sus palabras son acalladas por un disparo de Lionel, y el joven cae al agua. Mientras, Clark y Lois han descubierto donde esta Chloe, y van a rescatarla. Lana también ha sido secuestrada, y Lois es congelada por Brandon, pero éste, al intentar congelar a Clark, se congela a sí mismo, y muere al destrozarse al caer al suelo, mientras Clark salva a Lana de caer y todos despiertan. Al final del episodio Clark habla con su padre y le dice que él no tiene nada que ver con su decisión, que lo hace porque él lo ha elegido. Jonathan se queda más tranquilo porque no quiere que su hijo le guarde rencor por perder una buena oportunidad como le pasó a él con su padre. También Lana comenta que se quedará en Smallville tras la graduación, y Chloe sonríe pensando que hay cosas que nunca cambian, mientras los tres amigos se alejan caminando...

Clark tiene una extraña y confusa pesadilla y desde ese momento sabe, aunque no puede explicar cómo, que algo terrible se cierne sobre Smallville. Sus padres tratan de calmarlo, pero él sabe que algo no anda bien. Y no se equivoca. Una lluvia de meteoritos se está acercando a la Tierra y llegará en poco más de 14 horas... Lex acoge a Lana en la mansión y le promete que no irá a la cárcel, que él la ayudará. En la granja, Clark sigue muy preocupado por su sueño, mientras que Lois les comunica que se marcha en una misión, reclutada por su padre, para buscar a Lucy, su hermana, y que les está muy agradecida por todo. Lex va al apartamento de Lana y allí encuentra a Lionel, que le ofrece un trato: no delatar a Lana si le entrega la piedra. Y simultáneamente, en un observatorio espacial, unos científicos ya han detectado la lluvia de meteoritos, que cada vez está más cerca. Al día siguiente es la graduación. Jonathan, Martha y Lois están allí para ver a Clark graduarse, pero Lana no se presenta a recoger su diploma. Pero la graduación es interrumpida por un convoy del ejército que advierte a la poblacón del inminente peligro de la lluvia de meteoritos, cundiendo el pánico. Clark considera que tiene que ver con él y decide hablar con Jor-El. Lex está a punto de pillarle con la llave octogonal en la mano, y le da claras señales de que sabe que esconde un secreto. Clark va a las cuevas y se comunica con su padre biológico, que le advierte que "nunca deberías haber dejado caer los elementos en manos humanas, ya que tu misión era reunirlos y hacer de los tres uno solo. Uno de los elementos ha sido manchado de sangre humana, y ahora una lluvia de fuego caerá sobre este planeta y ni siquiera tu podrás sobrevivir a menos que encuentres las tres piedras..." Clark sabe que no tiene tiempo, pero aun así les pide a sus padres que se marchen y se pongan a salvo y él se queda a buscar los elementos... Clark se sorprende al encontrar a Lana en el granero, muy nerviosa, que le pide que ahora confíe en ella como tantas veces él le ha pedido que confiara en él, y le entrega la piedra manchada de sangre. Lana le dice a Clark que pase lo que pase nunca lo olvidará, y que le quiere, y le besa. Después se marcha, dejado a Clark con la sensación de que era una despedida definitiva... Clark coloca la piedra en su lugar en la cueva, mientras que Lionel está discutiendo con Lex acerca de los tres elementos. Al ser colocada la segunda, la que lleva Lionel en el bolsillo se ilumina y le provoca un ataque que lo deja en una especie de coma. Lex lo mira en el suelo y le dice muy tranquilo: "Papá, quiero que sepas antes de morir que realmente sí has criado la clase de hijo que siempre quisiste..." Mientras, Jason, que está herido pero vivo, secuestra a los Kent en su granja tratando de sonsacarles dónde están las piedras, y al mismo tiempo Lex pone un helicóptero a Metropolis para Lana, y le pide por última vez que le entregue la piedra. Cuando ella le dice que no la tiene, Lex pierde la calma y le registra el bolso, y Lana comprende que nunca se ha tratado de ayudarla a ella sino del poder de las piedras.Jonathan y Jason forcejean, pero el joven lo reduce y cuando va a disparar... un meteorito impacta directamente contra la granja. La lluvia ha comenzado, y el pánico es terrible. Mientras, Clark ha ido la mansión de Lex, atraído por el sonido de la piedra de Lionel, que Lex ha guardado en la caja fuerte, pero al abrirla Clark se encuentra con la máscara de kryptonita que había en China y queda derrotado. Chloe entra, lo ve y lo arrastra lejos de la influencia de la piedra verda, y Clark se recupera y huye a supervelocidad, pero Lex ve que falta la piedra y obliga a Chloe a acompañarlo a las cuevas. Mientras el helicóptero de Lana es derribado por un meteoro. Clark va la cueva y coloca la última piedra en su lugar, y las tres se transforman en una. Lex y Chloe están en la cueva, y Lex ve la luz que desprende la piedra, pero Chloe lo golpea para que no vea nada. Clark coge la nueva piedra con fuerza y es transportado a algún lugar remoto perdido en medio del hielo del ártico... La lluvia de meteoritos termina. Lois, desde una colina, observa desolada como Smallville ha quedado destruida casi por completo. Lana está herida, pero ha sobrevivido al accidente. Cerca de donde ha caído, hay un enorme cráter, y la muchacha se acerca a él. En su interior, la sorpresa es terrible: una enorme nave espacial, que comienza a abrirse ante los ojos de Lana. Y en el ártico, la piedra le indica a Clark una dirección. El joven la lanza con toda su fuerza hacia donde le indica, y la piedra vuela hacia su destino...