La Universidad Católica Santiago de Guayaquil, UCSG, fue creada el 17 de mayo de 1962, a petición de la junta pro universidad Católica que presidía Monseñor César Antonio Mosquera Corral, arzobispo de Guayaquil, el jurista Dr. Leonidas Ortega Moreira y el P. Joaquín Flor Vásconez S.J., que fueron sus autoridades fundadoras, como Gran Canciller, primer rector y consejero, respectivamente. El presidente Constitucional de la República, Dr. Carlos Julio Arosemena Monroy, mediante el respectivo Acuerdo Ejecutivo # 936, aprobó el estatuto, y el Ministerio de Educación Pública autorizó su funcionamiento por Resolución #1158.

En esa época, entre otras personalidades, actuaron en el Cuerpo Gubernativo el Dr. Santiago Castillo Barredo, el Ing. Francisco Amador Ycaza, Mons. Antonio Bermeo, Mons. Rogerio Beauger; el P. Jorge Mesía S.J., como Secretario del Cuerpo Gubernativo y el Dr. Fausto Idrovo Arcentales, secretario general. El Dr. Héctor Romero Menéndez (1962-66), el P. José Joaquín Flor (1962-65) y el Ing. Raúl Maruri Díaz (1962-63) fueron los decanos fundadores de Jurisprudencia, Filosofía e Ingeniería.

El 6 de junio de 1963, es decir, a los 19 días de haberse expedido el Acuerdo Ejecutivo, se inició el primer período académico de clases con las siguientes Facultades: Jurisprudencia, Ciencias Sociales y Políticas, Filosofía, Letras y Ciencias de la Educación y Ciencias Físicas y Matemáticas (Escuelas de Ingeniería Civil y Arquitectura). Los cursos fueron dictados en el edificio del colegio nocturno "20 de abril", de los padres jesuitas, ubicado en la esquina de Eloy Alfaro 1955 y Manabí, de esta ciudad, en donde funcionó hasta 1966 en que se inauguró el edificio principal en el campus universitario, situado en el Km. 1,5 de la avenida Carlos Julio Arosemena Tola.

En 1963 fue creada la Escuela de Economía, adscrita a la Facultad de Jurisprudencia. Posteriormente, el Cuerpo de Gobierno, en sesión del 18 de marzo de 1965, aprobó la creación de la Facultad de Economía.

En 1965 se creó la Facultad de Arquitectura (antes había funcionado como Escuela la adscrita a la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas). En 1967-68 fueron creados el Instituto de Educación Técnica para el Desarrollo (Facultad desde 26-IX-77), con las Escuelas de Zootecnia y Electricidad y Telecomunicaciones, y la Facultad de Medicina. En 1969 se incorpora la Escuela de Trabajo Social (que funcionaba desde 1960 con auspicio del Club Rotario de Guayaquil. En 1970 se autorizó el funcionamiento del Instituto de Artes Aplicadas (hoy carrera de Diseño de Interiores) y en 1973 se incorporó a la Facultad de Ciencias Médicas, la Escuela de Enfermería "San Vicente de Paúl" (que había sido creada en 1974 por la Comunidad de las Hijas de la Caridad y venía funcionando en Quito).

En 1985 fue creada la Escuela de Ingeniería en Sistemas Computacionales en la Facultad de Ingeniería y, en el mismo año, se autorizó el funcionamiento del Consejo de Escuela de Derecho, en Jurisprudencia.

La Escuela de Graduados de la Facultad de Ciencias Médicas fue constituida en octubre de 1986. De acuerdo al estatuto vigente aprobado en el año 2001, las Carreras reemplazan a la denominación de Escuelas.