Eduardo Fungairiño Bringas nació el 30 de mayo de 1946, en Santander (Cantabria) Años después, en 1965, un accidente le deja tetrapléjico, lo que no impedirá que en 1972 ingrese en la carrera judicial, para entrar a ejercer como fiscal en la Audiencia Provincial de Barcelona entre 1973 y 1980.

En ese año, 1980, es nombrado fiscal de la Audiencia Nacional, donde permaneció durante 26 años. Aunque el asunto que proyectó su imagen pública fue el llamado "juicio de la Colza", seguido por el envenenamiento masivo producido a comienzos de los años 80 por la derivación al consumo humano de una partida de aceite de colza de uso industrial, posteriormente ha desarrollado una labor fundamental de lucha contra el terrorismo, incómoda para muchos, aunque no han faltado voces críticas que subrayan su afán por condicionar, excediendo la tarea de un Fiscal, la política antiterrorista de los sucesivos Gobiernos (llegando a afirmar en una ocasión que el gobierno de Aznar "se había bajado los pantalones") o su posición reticente -cuando no directamente contraria- respecto de la investigación judicial de los crímenes cometidos por las dictaduras argentina y chilena en los años 70, llegando incluso a argumentar ante la Junta de Fiscales de Sala que aquellos golpes de Estado y la posterior represión no constituían terrorismo de Estado porque "no subvertían el orden constitucional", sino que precisamente "pretendían preservarlo".

Ha investigado casos como el atentado de ETA en el Hipercor de Barcelona, el atentado contra el Comandante Ynestrillas o el atentado frustrado contra el Presidente del Tribunal Supremo, Antonio Hernández Gil.

En 1990 recibió un paquete bomba de ETA que la policía logró desactivar sin mayores consecuencias.

En 1997 es nombrado fiscal jefe de la Audiencia Nacional, mediante una polémica decisión del Fiscal General Jesús Cardenal, que por primera vez en la historia propone al Gobierno el nombramiento de un Fiscal de Sala contra el criterio unánime, expresado en tres ocasiones sucesivas, del Consejo Fiscal. De hecho, la negativa o la incapacidad para llevar a cabo esa misma propuesta, tras destituir al anterior Fiscal Jefe, José Aranda, le había costado el cargo al anterior Fiscal General, Juan Ortiz Úrculo. Una de las razones de aquella oposición del Consejo Fiscal al nombramiento de Fungairiño fue que éste acababa de ser expedientado -y sería en efecto sancionado, junto a otros fiscales de la Audiencia Nacional-, por faltar al deber de imparcialidad al ocultar al Juez el resultado de una investigación que exculpaba a un sospechoso de haber participado en el atentado sufrido años atrás por el entonces jefe de la oposición José María Aznar.

Eduardo Fungairiño, cuando empezó el caso del Yak-42, dijo que allí no había delito, antes incluso de que la denuncia presentada por los abogados de las familias de las víctimas se repartiera en los juzgados. El tiempo ha demostrado que se equivocó completamente.

Tras una serie de desavenencias relativas al incumplimiento de diversas instrucciones del Fiscal General, el 2 de febrero de 2006 presenta su dimisión como fiscal de la Audiencia Nacional, aludiendo en un primer momento a razones personales, si bien sus declaraciones dejaron entrever diferencias insalvables y conocidas por todos con el Fiscal General del Estado, Cándido Conde-Pumpido, quien efectivamente declaró que él había decidido cesar a Fungariño por razones profesionales, y éste había aceptado dimitir por razones personales.