El Corregimiento de Nicoya, establecido en 1554 como unidad administrativa separada de la provincia de Nicaragua, fue incorporado en 1787 a la recién creada Intendencia de León de Nicaragua. A principios del siglo XIX, para elegir Diputados a las Cortes españolas, Nicoya fue unida electoralmente a Costa Rica. En 1812 las Cortes de Cádiz crearon la Provincia de Nicaragua y Costa Rica, que en 1820 quedó dividida en siete partidos: Costa Rica, El Realejo, Granada, León, Nicaragua (Rivas), Nicoya y Nueva Segovia. La Provincia estaba regida por un Jefe Político Superior y una Diputación Provincial con residencia en León y en cada uno de los otros seis partidos había un Jefe Político Subalterno. En 1821, al producirse la independencia, el Jefe Político Subalterno del partido de Costa Rica era Juan Manuel de Cañas-Trujillo y el del Partido de Nicoya era Pedro Sobenes.

La Provincia de Nicaragua y Costa Rica se separó de España el 11 de octubre de 1821, pero pronto se fragmentó, ya que tanto Granada como Costa Rica establecieron gobiernos separados del de León. Durante un tiempo, Nicoya estuvo adherida a Granada, pero en 1823 volvió a reconocer la autoridad de León.

En esa época en el Partido de Nicoya había tres poblaciones: Nicoya, pueblo de indígenas, que era la cabecera, y los pueblos de Santa Cruz y Guanacaste (Liberia), donde vivían españoles y mestizos. Por su situación geográfica, Nicoya y Santa Cruz tenían fuerte vínculos económicos con Costa Rica y el naciente puerto de Puntarenas; en cambio Guanacaste (Liberia) tenía fuertes lazos con Nicaragua (Rivas) (La región al oeste del río Tempisque, donde se encontraban los pueblos de Bagaces y Cañas, había pertenecido a Costa Rica desde el siglo XVI y nunca formó parte del Partido de Nicoya).

A principios de julio de 1824, mientras Nicaragua estaba sumida en una guerra civil cuyos efectos no llegaron a Nicoya, los tres pueblos del Partido declinaron una invitación que les formuló el gobierno de Costa Rica para unirse a ese Estado. Sin embargo, Nicoya y Santa Cruz cambiaron de opinión, y el 25 de julio de 1824 decidieron anexarse a Costa Rica, según se consignó en el acta del ayuntamiento de Nicoya suscrita en esa fecha por el Jefe Político Subalterno Manuel Briceño y numerosos vecinos.

En 1826, una ley del Congreso Federal Centroamericano dispuso también que quedase agregada a Costa Rica la población de Guanacaste (hoy Liberia), que en 1824 había optado por seguir perteneciendo a Nicaragua. La importancia del pueblo de Guanacaste fue creciendo; desplazó gradualmente a Nicoya como principal población del antiguo partido y en 1831 recibió el título de villa.

En 1835 el territorio del antiguo Partido de Nicoya fue organizado como Departamento del Guanacaste por las autoridades costarricenses, con el agregado de la villa de Bagaces, el pueblo de Cañas y la región aledaña a estas dos poblaciones. La villa de Guanacaste (Liberia) fue erigida en ciudad en 1836.

En 1848 se le dio al territorio la categoría de Provincia con cuatro cantones: el de Guanacaste, el de Nicoya, el de Santa Cruz, y el de Bagaces y Cañas. Actualmente la provincia tiene 11 cantones.

Acta de Anexión de Nicoya a Costa Rica

(25 de julio de 1824, Ayuntamiento de Nicoya).

"En el Pueblo de Nicoya y Julio veinte y cinco de mil ochocientos veinte y cuatro años. Estando esta Corporación Juntos y congregados con el Jefe Político presidente y todos los Ciudadanos de su mando y con anuencia de los señores Ciudadanos Sargento y Cabos y demás soldados militares y Principales y demás común del pueblo: Se les leyó literalmente la convocatoria que se le remitió a esta Municipalidad por el Gobierno de Costa Rica en la que fraternalmente a [testado: nos] invicta a estos Pueblos para que espontáneamente deliberen a la Unión y agregación en esta virtud estando esta corporación de común acuerdo; con los habitantes hemos deliberado libremente a la Unión indicada consultando las ventajas que se nos proporcionan en el comercio por el Puerto de Punta de Arena, [testado: con] la pronta administración de Justicia y fomento de los ramos; la seguridad de quietud y régimen político que quedan abiertos bajo, la demarcación de aquel estado como lo indica la Naturaleza y lo reclama la conveniencia Pública, la [testado: ynted] identidad de intereses y demás relaciones que ligan este partido: bajo esta consideración y de las mejores que redundan a estos Pueblos por las ventajas con que se ha confederado el estado de Costa Rica a los demás de Centro de América según se manifiesta del Decreto que se nos ha acompañado en copia autorizada, y la participación inmediata y reciproca de los de los beneficios y adelantamientos que se palpan en el estado de Costa Rica: esta corporación de unánime consentimiento y en consorcio de sus conciudadanos contemplando en todo lo relacionado tuvo a bien invitar con la misma convocatoria a la Municipalidad de la Población de Santa Cruz de este mismo Partido, quienes siendo del mismo parecer, y habiendo al efecto convocado a la mayor parte de su vecindario contestaron el oficio que se acompaña a esta acta.

Por todo, y reparando las actuales indigencias en que se hayan los Pueblos de este Partido contemplándolos desde esta fecha, (a excepción del Guanacaste) como parte integrante del estado de Costa Rica se ha tenido en consideración que para remediar por un pronto la escasez del numerario para las ocurrencias necesarias y mientras se establecen fondos de que deberá determinarse por los tribunales correspondientes; se pongan en este Pueblo y el de Santa Cruz las tercenas de tabaco, previas las formalidades acostumbradas, y con sus productos, reservarlos para el auxilio en cualquier evento, o perturbación en el orden: deberán ser protegidos los mismos Pueblos de este Partido para la creación de las escuelas, como tan interesantes a la Educación e Ilustra de la Juventud, pues para todo, los tribunales del estado delinearan, establecerán y darán las medidas conducentes para [testado: Dirección] creación de los fondos con que debemos ser protegidos.

En este estado los Jefes Militares referidos hicieron presente a esta Municipalidad que para no ser perturbado en la libre agregación al estado de Costa Rica a que se ha constituido este Partido, se hayan absolutamente en una deplorable situación sin fondos y sin armas para sostenerse, [entrerrenglonando: sin] [testado: en] ser perjudicados pues cabalmente no aparecen más que veinte y seis fusiles inútiles por lo que en este caso será muy necesario que el estado determine y disponga de las fuerzas de auxilio que deberán resguardarnos como parte integrante del mismo, atendiendo a las conjuraciones y disensiones de la Provincia de Nicaragua de donde podremos acaso, ser sorprendidos. A consecuencia de estar por esta acta que hemos celebrado solemnemente y en presencia de todo el pueblo con sus Militares, legítimamente agregados al gobierno de Costa Rica se concluye esta operación, firmando todos los miembros de la corporación con los demás ciudadanos Paisanos y militares que sepan y por los que no a su ruego sacándose una certificación auténtica para remitirla al estado de Costa Rica por conducto del Presidente Secretario todo lo que certificamos. Fecha ut. supra.

Manuel Briceño- Torivio Viales, Regidor-Ubaldo Martínez, Regidor- Manuel García, Regidor.

Sargento 1°. Antonio Briceño – Roque Rosales, Sargento 2°. – Por mí y el Sargento 2°. José María Jaén, Saturnino Gutiérrez – Blas Félix Roderiguez (sic. Rodríguez) Cabo 1°. – a ruego del Cabo Agustín Briceño, - Juan Felipe Gutiérrez – por mí y el Cabo Primero Laureano Montes, Felipe Medina – Por mí y el Cabo Timoteo Acosta, Manuel Sobenes- José de la Encarnación Fernández – Por mí y el Pedáneo Casimiro Ortega, Deciderio Dinarte, - Bivencio García – Por el Pedáneo Sevatián Gomes, Toribio Viales – José Felipe Gutiérrez – José Anacleto Zúñiga – Por el pedáneo Gabriel Mojón, Toribio Toruño. Ante mí: Juan Felipe Gutiérrez, Secretario.