La nomenclatura geográfica japonesa contiene muchas nombres de divisiones administrativas exlusivas de Japón y es usual que un accidente geográfico tenga incluido en su nombre el tipo de accidente de que se trata. Para una mejor comprensión de los visitantes al país, se han confeccionado numerosos planos, cartas, guías de turismo, planos ferroviarios, entre otros, que contienen glosarios de los términos más usados, adaptados del japonés al alfabeto latino según la romanización Hepburn. Se lista a continuación un glosario para la compresión de los términos en ellos volcados.

Sufijos a los nombres:

• -fu (府) para referirse a prefecturas urbanas. Ejemplo: Ōsaka-fu y Kyōto-fu (Prefectura de Ōsaka, Prefectura de Kyōto, respectivamente).
• -gun (郡) para referirse a distritos (usualmente distritos postales de la zona rural o comúnmente para referirse al la división administrativa de condado.
• -shi (市) para referirse a una municipio ó ciudad
• -machi o -chō (町) para referirse a un área urbana especifica de una gran ciudad.
• -mura o -son (村) para referirse a aldeas o villas. Eejemplo., Kamikuishiki-mura (Kamikuishiki).
• -ken (県) para prefecturas. Ejemplo:Yamanashi-ken (Prefectura de Yamanashi).
• -to (都) para Tōkyō-to (Tōkyō)
• -ku (区) para referirse a barrios o barriadas de una ciudad. Ejemplo: Naka-ku, Hiroshima ó Naka-ku en Hiroshima. También para hacer mención de alguno de las 23 divisiones de Tokio, (Divisiones administrativas casi equivalentes a otra ciudad.

Algunos nombres contienen un vocablo que indica dirección cardinal:

• chūō (中央) or naka- (中) - central. Ejemplo:Yokosuka Chūō; Naka-Okachimachi
• higashi (東) - Este
• kita (北) - Norte; Ejemplo., Kita-ku, literalmente distrito norte
• minami (南) – Sur.
• nishi (西) – Oeste.
• u (右) ("derecha") y sa (左) ("izquierda"), direcciones relativas al Palacio Imperial. Kyōto Gosho (y desde el punto de vista del Emperador, quien si esta cara al sur, entonces sa se referira al este y u al oeste): Sakyō-ku, Ukyō-ku

Otros nombres contienen un vocablo para indicar la relación con un poblado o asentamiento de nombre similar y más antiguo.

• hon o moto (本) – el original o primitivo. Ejemplo:Fuchu Honmachi; Moto Hachioji
• shin (新) - nuevo

Accidentes geográficos:

• hantō (半島) para referirse a una península. Ejemplo:Izu Hanto.
• ishi (石) o iwa (岩) para un peñasco islote. Ejemplo:Prefectura de Ishikawa.
• izumi (泉) para una fuente termal o terma. Ejemplo:Hiraizumi
• kaikyō (海峡) para un estrecho estrecho. Ejemplo: Kamon kaikyo.
• kawa o -gawa (川) para un río río. Ejemplo:Asakawa
• ko (湖) para un lago o espejo de agua, también se aplica a puerto. Ejemplo:Kizaki-ko.
• nada (灘) para mar interior mar, ejemplo Harima nada.
• oka (岡) para una Colina. Ejemplo:Fukuoka
• saki (崎) o misaki (岬) para un cabo o promontorio. Ejemplo:Miyazaki city
• san o -zan (山) para una montaña o cerro . Ejemplo:Aso-san
• sawa o -zawa (沢) para un arroyo. Ejemplo:Mizusawa, Iwate
• shima o -jima (島) o tō para una isla. Ejemplo:Ie-shima, Iwo Jima, Okinawa Honto
• shoto para archipiélago.
• suido para canal o paso marítimo. Ejemplo Bungo Suidō.
• -take o -dake (岳) para un pico o montaña.
• tani o -dani (谷) para un valle.
• wan (湾) para bahía. Ejemplo:Osaka-wan.
• yama (山) para un volcán o montaña. Ejemplo:Fujiyama.

Algunos vocablos que aparecen en la toponimia japonesa se refieren a términos de la naturaleza o la agricultura:

• ki o -gi (木) para nombrar un árbol . Ejemplo:Prefectura de Tochigi.
• matsu (松) para referirse a un pino . Ejemplo: Takamatsu.
• mori (森) para un bosque . Ejemplo:Prefectura de Aomori
• sugi (杉) para sugi árbol. Ejemplo:Suginami
• ta o -da (田) para un arrozal; e.g. Provincia de Tajima

Nombre o partes de nombre de las denominaciones antiguas de las provincias aparecen en los modernos nombres actuales:

• Yamato: Yamato-Koriyama, una ciudad en la Prefectura de Nara
• Hitachi: naka, una ciudad en la Prefectura de Ibaraki
• Río Sagami en la Prefectura de Kanagawa
• Tango: Península Tango en la Kyoto