NeuroLex

NeuroLex es un lexicón dinámico de conceptos de neurociencia.^[1] Está estructurado como una wiki semántica, utilizando Semantic MediaWiki. NeuroLex cuenta con el apoyo del proyecto Neuroscience Information Framework.

Introducción

NeuroLex tiene por objetivo ayudar a mejorar la forma mediante la cual los neurocientíficos intercambian datos,^[2] de forma tal que sistemas de información como NIF puedan encontrar la información más facilmente y brindar formas más poderosas de integrar datos que se presentan en un conjunto disperso de fuentes y recursos. Uno de los principales escollos a la integración de datos en la neurociencia es el uso inconsistente de terminología en las bases de datos y otros reservorios de conocimiento^[3] tales como la literatura.^[4] Cuando se utilizan los mismos términos para expresar cosas distintas, se hace dificil consultar a un conjunto amplio de recursos. Por ejemplo, si tres bases de datos poseen información sobre que genes son expresados en la corteza, pero ellos utilizan definiciones diferentes de corteza cerebral,^[5] entonces se torna dificil el poder compararlos.

Referencias

Bibliografía

NIF fue presentado en el ejemplar volumen 6 número 3 del Journal Neuroinformatics en septiembre del 2008:

1. Bug WJ, Ascoli GA, Grethe JS, Gupta A, Fennema-Notestine C, Laird AR, Larson SD, Rubin D, Shepherd GM, Turner JA, Martone ME (September 2008). «The NIFSTD and BIRNLex vocabularies: building comprehensive ontologies for neuroscience» (Uso incorrecto de la plantilla enlace roto (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial y la última versión).). Neuroinformatics 6 (3):  pp. 175–94. doi:10.1007/s12021-008-9032-z. PMID 18975148. PMC 2743139. http://www.neuinfo.org/about/vocabularies.shtml. 
2. Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Robert A, Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW. (September 2008). «The neuroscience information framework: a data and knowledge environment for neuroscience». Neuroinformatics 6 (3):  pp. 149–60. doi:10.1007/s12021-008-9024-z. PMID 18946742. 
3. Gardner D, Goldberg DH, Grafstein B, Robert A, Gardner EP (September 2008). «Terminology for neuroscience data discovery: multi-tree syntax and investigator-derived semantics». Neuroinformatics 6 (3):  pp. 161–74. doi:10.1007/s12021-008-9029-7. PMID 18958630. 
4. Gupta A, Bug W, Marenco L, Qian X, Condit C, Rangarajan A, Müller HM, Miller PL, Sanders B, Grethe JS, Astakhov V, Shepherd G, Sternberg PW, Martone ME (September 2008). «Federated access to heterogeneous information resources in the Neuroscience Information Framework (NIF)». Neuroinformatics 6 (3):  pp. 205–17. doi:10.1007/s12021-008-9033-y. PMID 18958629. 
5. Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA (September 2008). «NeuroMorpho.Org implementation of digital neuroscience: dense coverage and integration with the NIF». Neuroinformatics 6 (3):  pp. 241–52. doi:10.1007/s12021-008-9030-1. PMID 18949582. 
6. Marenco L, Ascoli GA, Martone ME, Shepherd GM, Miller PL (September 2008). «The NIF LinkOut broker: a web resource to facilitate federated data integration using NCBI identifiers». Neuroinformatics 6 (3):  pp. 219–27. doi:10.1007/s12021-008-9025-y. PMID 18975149. 
7. Marenco L, Li Y, Martone ME, Sternberg PW, Shepherd GM, Miller PL (September 2008). «Issues in the design of a pilot concept-based query interface for the neuroinformatics information framework». Neuroinformatics 6 (3):  pp. 229–39. doi:10.1007/s12021-008-9035-9. PMID 18953674. 
8. Müller HM, Rangarajan A, Teal TK, Sternberg PW (September 2008). «Textpresso for neuroscience: searching the full text of thousands of neuroscience research papers». Neuroinformatics 6 (3):  pp. 195–204. doi:10.1007/s12021-008-9031-0. PMID 18949581. 

More information on related publications can be found on the NIF publications page.

Enlaces externos

• Sitio NeuroLex
• Sitio web Neuroscience Information Framework (NIF)
• Sitio web del NIF de los Institutos Nacionales de Salud
• Bioinformatics resources in NeuroLex