La rivalidad entre Danny y Vlad se empieza a mostrar perfectamente cuando ambos se mandan bromas pesadas entre ellos. Pero todo empeora cuando Vlad Masters se convierte en el nuevo alcalde de Amity Park por decisión unanime ya que hizo que todos lo votantes votaran por el; quien está dispuesto a convertir la vida de Danny, Sam, Tucker y de todos los adolescentes en su peor pesadilla, quitándoles lo que más les gusta, Nasty Burger, la tecnología y otras "restricciones".

Danny, Tucker y Sam conocen a Congelación, un fantasma que cuida el Infimapa, que teletransporta a culaquier ser vivo a un determinado lugar y determinado tiempo, pero el portal no dura mucho tiempo y se cierra dejándolo en el lugar y época para siempre; cuando Vlad espía la casa de los Fenton y descubre esto primero espía a Danny, Sam y Tucker para después robárselo y debe impedir que haga cualquier daño a la historia de toda la humanidad desde los tiempos de Roma hasta los primeros tiempos del siglo XX ya que ese cree ser su destino de Vlad.

Spectra, Ember y Kitty deciden ir a Amity Park para desaparecer a los hombres y controlar a las mujeres y así conquistar la ciudad ya que sus novios no las pelan, solo Sam, Jazz y Maddie pueden detenerlas ya que estaban protegidas del hechizo; ya que Danny se fue a pescar con Jack a las afueras de la ciudad para unir sus lazos de padre e hijo, y el lago en el que están está libre de hechizos, pero también corren peligro porque Skulker quiere cazar a los dos y Jack saca su lado paternal y de buen cazafantasmas para proteger a su hijo a toda costa de Skulker que quiere demostrarle a su novia Ember que es un buen cazafantasmas.

Vlad decide liberar a Vortex, un fantasma que controla el clima, que estaba en pleno juicio con los observadores, para que Vlad ganara más confianza como alcalde con el clima extremo que rostizaba la ciudad, al principo resultó bien, pero cuando Vortex queda libre de Vlad, decide destruir al mundo y por eso Vlad decide pedirle ayuda a Danny para detener a Vortex pero Danny de repente tiene la habilidad de controlar el clima, ya que cuando estaba luchando contra Vortex de repente adquirió esta rara habilidad. ¿Podrá Danny detener a Vortex con tantos cambios de emociones?

Danny Phantom es muy popular por ser un héroe, pero esto hace que Amorfo, un fantasma que se convierte en cualquier cosa y que hace bromas pesadas, al querer ser el centro de atención se convierte en Danny, pero luego de ser alcanzados por un dispositivo que no los deja volver a su estado normal, deben trabajar juntos para poder recuperar su estado original.

Cuando Maleza, el fantasma de la flora, invade Amity Park; Danny debe derrotarlo utilizando sus nuevos poderes de hielo, para desgracia de Danny no los puede controlar y casi siempre para ello deberá recibir ayuda de Congelación. Con sus nuevos poderes, deberá salvar a toda la gente de Amity Park; especialmente a Sam, quien ha sido vegetizada y convertida en la Reina Planta.

Los Hombres de Blanco compran la casa Fenton, para poder destruir la Zona Fantasma y sí lo hacen destruiran al mundo, pero Danny pierde su personalidad por la vida de millonario y debe reaccionar antes de que ocurra el desastre.

El Fantasma De Las Cajas fracasa en su intento de asustar a las personas, esto hace que robe la Caja de Pandora para liberar toda la maldad de la caja para conquistar al mundo, por lo que Danny al fracasar en su intento de detenerlo decide pedir ayuda a Pandora para detener la situación, pero para lograrlo debe pasar por unos cuantos desafíos.

Danny sueña que Sam es su novia y antes de besarla despierta( y Sam sueña lo mismo) y se percata que está en la zona fantasma con un casco de metal roto en la cabeza. Al regresar a Amity Park, descubre que todos los ciudadanos (Incluido Vlad Plasmius) tienen uno y están dormidos. Todo esto es a causa de Nocturno, el fantasma del sueño; quien se vuelve más poderoso a medida que va acumulando sueños y tiempo. Ahora, después de despertar a Jazz, Tucker y Sam, Danny deben trabajar juntos y por separado para poder detener a Nocturno y a su ejército de Sonámbulos antes de que sea demasiado tarde y domine los sueños de todos.

Danny, Tucker y Sam van de campamento al lago fantasma donde las condiciones son infames, pero Sam muy optimista dice que todo va a resultar bien y que se van a divertir, pero inesperadamente los estudiantes (incluyendo a Tucker) son raptados por los guardias de Walker, Danny y Sam investigan las desapariciones y se encuentran con Lobo, que había escapado de la zona fantasma dejando un miniportal abierto. Con su ayuda deben sacar a todos que están en la prisión de Walker en una caja de metal en estado de animación suspendida.

Cuando el lado fantasma de Daniela está inestable, ésta va a Amity Park en busca de Danny. Lamentablemente, Vlad la rastrea y manda a Valerie a capturarla, quien captura a Dani y a Danny. Danny le dice que si Vlad destruye el lado fantasma de Daniela también destruirá su lado humano, por lo cual Valerie forma una alianza con él y lo ayuda a salvar a su "prima" y a derrotar a Vlad Plasmius.

Vlad roba el Infimapa y Danny Phantom lo recupera destruyendo el Satélite de Vlad que hace que un enorme asteroide vaya directo hacia la Tierra, esto desata la furia de Vlad que decide acabar a Danny Phantom de una vez por todas, comenzando por poner a unos cazadores de fantasmas para que reemplacen a Danny , esto hace que Danny Fenton renuncie a sus poderes entrando en el portal y destruyéndolo por completo quedándose como un humano más, luego sus amigos se angustian y se desepsionan de Danny, en las noticias todos se enteran del DESasteroide mejor conocido se dirige a la tierra.Aunque todos los intentos de destruir al desasteroide fallaron Vlad en un intento por ser el amo supremo, Vlad revela su identidad frente a todos y ofrece hacer intangible al asteroide a cambio de dominar todo el mundo y que le pagen 500 billones de dólares; pero su plan falla al descubrir que el meteoro está compuesto por un elemento inmune a los poderes hectoplásmicos y al ser abandonado en el espacio se da cuenta de que ha perdido todo. Con una última esperanza, Danny, Sam, Jazz y Tucker viajan a la Zona Fantasma; pero son atacados por Skulker, quien al atacar a Danny junto con otros fantasmas le devuelve accidentalmente sus poderes. A Danny se le ocurre un plan: hacer a la Tierra intangible, y Tucker lo revela a todas las personas. Todas las personas van a la Antártida a construir una máquina para realizar ese plan mientras Sam le devuelve a Danny el anillo que él le iba a dar a Valerie y le confiesa sus sentimientos; descubriendo que Danny siente lo mismo por ella. Después Danny va a la Zona Fantasma y recibe el apoyo de todos los fantasmas del mundo. Luego de que la Tierra es salvada del meteorito, Danny revela su identidad humana a todos. Tiempo después, Tucker da homenaje a Danny Phantom haciéndole una estatua, a pesar de que él falta a la ceremonia debido a que está en un día de campo con Sam. En eso, Sam se convierte en la novia de Danny y ambos empiezan una relación.