Para el Palmarés Documenta Madrid 06 competían un total de 93 títulos. En la sección de Creación Documental se seleccionaron 19 largometrajes y 30 cortometrajes, para el Concurso de Reportaje Documental competían 23 reportajes documentales, y el Certámen Nacional incluía 21 películas producidas en España.

En su tercera edición Documenta Madrid elevaba la dotación económica de sus premios a un total de 64.000 euros. Los cuatro Comités de Jurados, formados por destacados profesionales del medio cinematográfico y periodístico, decidirieron la concesión de los siguientes premios oficiales para cada una de las secciones:

Contenido 1 SECCIÓN COMPETITIVA: LARGOMETRAJES 2 SECCIÓN COMPETITIVA: CORTOMETRAJES 3 REPORTAJE DOCUMENTAL 4 CERTAMEN NACIONAL 5 MARATÓN AVID/HP XPRESSATE

SECCIÓN COMPETITIVA: LARGOMETRAJES

Primer Premio del Jurado, ALIMENTATION GÉNÉRALE / TIENDA DE COMESTIBLES, Chantal Briet (Francia) y PRIES PARSKRENDANT I ZEME / ANTES DE VOLVER VOLANDO A LA TIERRA, Arünas Matelis (Alemania- Lituania)

Segundo premio del Jurado, BLOKADA / BLOQUEO, Sergei Loznitsa (Rusia)

Premio Honorífico del jurado, HETKET JOTKA JÄIVÄT / Y EN VYBORG, Pia Andell (Finlandia)

Premio del Público al mejor trabajo no español, KNJIGA REKORDA SUTKE / EL LIBRO SHUTKA DE LOS RÉCORDS, Aleksandar Manic (Serbia Montenegro)

Premio del Público al mejor trabajo español, RADIOPHOBIA, Julio Soto

SECCIÓN COMPETITIVA: CORTOMETRAJES

Primer Premio del Jurado, LE PONT SUR LA DRINA / EL PUENTE SOBRE EL DRINA, Xavier Lukomski (Bélgica)

Segundo Premio del jurado, KAERLIGHED OG SMADRET GLAS / AMOR Y CRISTALES ROTOS, Suvi Andrea Helminen (Dinamarca)

Premio Honorífico del Jurado, WIR SIND DIR TREU / SOMOS LOS FIELES SEGUIDORES, Michael Koch (Suiza / Alemania)

Premio del Público al mejor trabajo no español, WIR SIND DIR TREU / SOMOS LOS FIELES SEGUIDORES, Michael Koch (Suiza / Alemania)

Premio del Público al mejor trabajo español, LE VENT SOUS L\'EAU / EL VIENTO BAJO EL AGUA, Carlos Esbert (España)

REPORTAJE DOCUMENTAL

Primer Premio del Jurado, GRAJDANSKOE SOSTOANIE / ESTADO CIVIL, Alina Rudnitskaya, (Rusia)

Segundo Premio del Jurado, GAMBIT / GAMBITO, Sabine Gisiger (Suiza)

Premio Honorífico del Jurado, RWANDA, LES COLLINES PARLENT / RWANDA, LAS COLINAS HABLAN, Bernard Bellefroid (Bélgica)

Premio del Público al mejor trabajo no español, DE NADIE / NO ONE´S, Tin Dirdamal, Héctor Cadena (México)

Premio del público al mejor trabajo español, YAK-42, Tania Estévez

Mención Especial del Jurado, WANG QUE DE YI TIAN / UN DÍA PARA RECORDAR, Liu Wei (China)

CERTAMEN NACIONAL

Primer Premio del Jurado, LA CASA DE MI ABUELA, Adán Aliaga

Segundo Premio del Jurado, EL CERCO, Nacho Martín y Ricardo Íscar

Premio del Público, EL BARRIO DE LAS ISLAS, Daniel García-Pablos

Premio AVID al mejor montaje, INVIERNO EN BAGDAD, Javier Corcuera

Premio Doc`Amateur, ROCKALL, Juan Bidegain

MARATÓN AVID/HP XPRESSATE

Premio Maratón Xpréssate AVID/HP, AMOR DE FAMILIA, Dorothée Meddens y Christina Hallstrom

Mención Especial, BAR VOID, Bernat Lliteras y Pirra Lorenzo