- Hibridación genómica comparada
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La hibridación genómica comparada o CGH (de sus siglas en inglés Comparative Genomic Hybridization) es un método de análisis citogenético derivado del FISH convencional, utilizado principalmente para determinar las reorganizaciones cromosómicas de las células tumorales y predecir la severidad del cáncer.
Esta técnica detecta la pérdida o duplicación de regiones genómicas, pero es ineficaz para detectar translocaciones o inversiones. Además, si hay mosaicismo en el sujeto estudiado, la detección se puede ver contaminada.
Tipos de CGH
CGH en metafase
Para este tipo de CGH contamos con tres muestras de ADN distintas:
- El ADN de la muestra a estudiar, el cual se marca fluorescentemente de un color
- El ADN de un control (cariotipo normal), el cual se marca fluorescentemente con otro color distinto.
- Cromosomas en metafase de un cariotipo normal (se suele utilizar cromosomas de un individuo 46 XY para que estén presentes todos los tipos de cromosomas)
Se utiliza DAPI para proporcionar un fondo azul a los cromosomas, y se hibridan el ADN de la muestra y el ADN del control en una relación 1:1 con los cromosomas en metafase. De esta manera, si no existe reorganización de la zona la relación entre ambas sondas será igual y la intensidad final de los autosomas será de un color similar al marrón (el color del cromosoma Y variará dependiendo del sexo de los individuos de la muestra y los controles) Si en cambio, la muestra presenta una duplicación en algún cromosoma, habrá proporcionalmente más sonda marcada, y el cromosoma fijado se teñirá del color que teñimos el ADN de la muestra. Por el contrario, si la muestra presenta una deleción, habrá proporcionalmente menos sonda y el cromosoma fijado se teñirá del color del ADN control Este tipo de CGH se utiliza principalmente en cáncer, ya que en las últimas fases de esta enfermedad se acumulan anomalías cromosómicas.
CGH en array (aCGH)
Este tipo de CGH presenta mayor resolución que la CGH en metafase (150kb o incluso genes frente a 2-20Mb) En cada pocillo del array tenemos un clon, que son fragmentos genómicos conocidos inmovilizados sobre una superficie. De esta manera se aumenta el número de copias diana. Al igual que la técnica anterior, marcamos el ADN de la muestra de un color, y el ADN del control de otro e hibridamos en todos los pocillos del array.
- Si hay la misma cantidad de ADN en el control y en la muestra, el color del pocillo será amarillo
- Si hay más cantidad de ADN del control (microdeleción del ADN de la muestra), el pocillo tendrá el color del que hemos marcado la muestra
- Si hay más cantidad de ADN de la muestra (microamplificación del ADN de la muestra), el pocillo se teñirá del color del que hayamos marcado dicha muestra
Parte de un microarray
Se suele añadir ADN Cot-I, que es un ADN de origen placentario enriquecido en secuencias repetitivas, para así bloquear la hibridación no específica. Además, el tipo de clon nos va a limitar la sensibilidad y el tipo de resultados que obtengamos.
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