Anexo:Segunda temporada de Smallville

Clark rescata a Lana del tornado, y luego irá en busca de Jonathan y Nixon con la ayuda de Chloe y Pete. El estado de Lionel es severo, por lo cual Lex lo somete a una operación muy peligrosa. 

Una ola de calor llega a Smallville, causando que Clark obtenga una nueva habilidad: La Visión de Calor. Lex contrae matrimonio con una hermosa mujer llamada Desiree Atkins (Krista Allen) que apenas conoce, ya que ella tiene el poder de controlar a los hombres mediante una dosis de feromonas mediante un beso. Lana toma una decisión importante con respecto a Whitney. 

Por causa de que Pete descubre la nave espacial de Clark perdida entre el maizal, y luego de que el Dr. Hamilton (Joe Morton), ahora afectado por los meteoritos, la robara, Clark se ve obligado a contarle todo su secreto a su amigo. Hamilton busca apoyo del propio Lionel, ya que Lex se niega a ayudarle. 

Clark cambia repentinamente de personalidad al ponerse un anillo con una piedra roja. Jonathan, Martha y Pete descubren que se trata del Meteorito Rojo, el cual afecta a Clark emocional y mentalmente, y ahora deben encontrar una forma de detenerlo. Lana se queda confundida con la extraña actitud de Clark. 

Lana conoce a un admirador secreto llamado Byron Moore (Sean Faris), quien oculta algo que lo aleja del día; por eso acude a Clark por ayuda. Martha acepta un trabajo como asistente personal de Lionel. 

Clark debe encontrar a un fenómeno con el don que Quitar la juventud de los demás para poder vivir. Los Kent viven con problemas económicos justo cuando William Clark, (George Coe) el padre de Martha llega a complicar las cosas. Lana descubre más secretos sobre el pasado de su madre. 

Una señora de nombre Rachel Dunleavy (Blair Brown) se aparece a Clark diciendo que es su verdadera madre. Mientras Clark descubre que Chloe continúa con sus investigaciones sobre él, Jonathan y Martha se verán obligados a confesarle lo que ocurrió justo después de la lluvia de meteoritos. Lana conoce a Henry Small, (Patrick Cassidy) quien podría ser su verdadero padre. 

Ryan James (Temporada 1, Episodio 16, "Stray") se encuentra atrapado en un hospital psiquiátrico llamado Summerholt y le pide ayuda a Clark. Lamentablemente, dicha instalación hizo de que Ryan obtuviera un tumor cerebral, y le quedara poco tiempo para vivir. 

Un joven llamado Ian Randall (Jonathan Taylor Thomas) tiene el don de Duplicarse en dos, y lo utiliza para engañar tanto a Chloe como a Lana con el fin de graduarse antes de tiempo. Como Clark sospecha de él, Chloe y Lana piensan que está celoso. Jonathan no está de acuerdo que Martha trabaje para Lionel. Lex asiste a sesiones en contra de la ira, donde se reencuentra con una vieja amiga, la Dra. Helen Bryce (Emmanuelle Vaugier). 

Clark descubre lo que se llama Las Cuevas Kawatche, ubicado debajo de un territorio de construcción de LuthorCorp, llenos de símbolos de antiguos Nativos Americanos. Un local Nativo Americano llamado Joseph Willowbrook (Gordon Tootoosis), su nieta Kyla (Tamara Feldman) conocen a los Kent y les revela sobre la leyenda de Numan, un hombre caído de los cielos destinado a salvar al pueblo Kawatche. Dicha historia es el primer paso sobre el origen real de Clark. 

Whitney Fordman (Eric Johnson) regresa del extranjero con el propósito de recuperar a Lana. Pero Clark, con el fin de proteger a Lana, descubre que "Whitney" es en realidad Tina Grier (Temporada 1, Episodio 4, "X-Ray"), cuya obsesión hacia Lana aumentó. Lana tambien descubre que Whitney Fordman (Eric Johnson) ha fallecido en combate. 

Como Lionel estuvo espiando a Lex, este lanza un contraataque contratando a personas para que le ponga micrófonos a toda la oficina de su padre en LuthorCorp, pero la avaricia de ellos crece cuando toman como rehenes al propio Lionel y a Martha, quien descubre que este ha hecho investigaciones sobre Clark y construyendo meteoritos refinados. Clark hace una cosa desesperada para salvar a su madre. 

Lionel es atacado en su propia mansión y Jonathan es el principal sospechoso. Clark trata de investigar quien más quería matar a Lionel y culpar Jonathan, pero descubre que hay pistas que llevarían a otro sospechoso inesperado: a Lex. Mientras, Lana le pide a Henry Small que aboge por el caso de Jonathan, pero este se niega debido a un caso del pasado que tuvo con Lionel. 

Chloe y Pete son afectados por una bacteria de las Cuevas Kawatche que los vuelve eufóricos, participando en situaciones arriesgadas, y Clark se une a ellos, ya que Pete lo afecta con el Meteorito Rojo. Lex contrata al Dr. Frederick Walden (Rob LaBelle), experto en jeroglíficos, para tratar de traducir los símbolos encontrados en las paredes de las Cuevas Kawatche. 

Lex descubre que su medio hermano Lucas Luthor Dunleavy (Paul Wasilewski) está vivo, y Lionel, aprovechando la situación, saca a Lex de su herencia, obligándolo a vivir con los Kent. Pero Lucas descubre que su padre ya se recuperó de su ceguera e intenta un plan para embaucarlo. 

Martha ha sido afectada por cierta toxina de meteorito mientras escondía la llave octogonal que le robó a Lionel. Gracias a esto, la Granja Kent está en cuarentena y Clark se ve obligado a esconder su nave, pero también se enferma por la misma toxina. Helen descubre lo que no debía. Chloe revela intensos sentimientos hacia Clark, y Martha le dará una sorpresa a Jonathan. 

El episodio que definió el verdadero origen de Clark Kent: Después de sucesos extraños en las Cuevas Kawatche y en la Granja Kent, Clark aprende el idioma de las cuevas y el Dr. Walden (del episodio 2.14) queda en coma debido a sobrecarga de información. Asimismo, Clark va a Nueva York y conoce a un científico llamado Virgil Swann, (Invitado Especial: Christopher Reeve), quien le revela un extraordinario descubrimiento: que viene de un planeta lejano llamado Kryptón, que dicho planeta fue destruido por razones desconocidas, que los meteoritos son restos del planeta llamados Kryptonita, que su verdadero nombre es Kal-El y que su verdadero padre le encomienda un destino que tiene que cumplir. 

Cierto joven llamado Cyrus Krupp (Jeremy Lelliot), después de "incinerar" cierto objeto, dice ser un alienígena, lo que motiva a Clark a estrechar su relación con él, pensando que también viene del planeta Kryptón, ya que Cyrus afirma que llegó el mismo día de la lluvia de meteoritos. 

Gracias a que un hombre borracho agrede a Lana en "The Talon", Clark se enfurece y se venga lastimándole, lo que causa que él cuestione sus poderes y que se haya convertido en el principal blanco de la Sheriff Nancy Adams (Camille Mitchell), lidiando con una inmensa demanda que sus padres no pueden pagar. Mientras, Helen recibe la visita de su ex-novio Paul Hayden (Anson Mount); pero luego somete tanto a Lex como a Clark en una situación peligrosa. 

Clark es testigo de un robo de kriptonita refinada en LuthorCorp, pero descubre que ellos son casi invencibles, ya que se hacen igual de fuertes que él mediante la inhalación de kriptonita fundida, entre ellos un deportista llamado Eric Marsh (Zachery Ty Bryan). Lana se verá obligada a dejar ir a su verdadero padre debido a los celos de su esposa. Lionel le ofrece a Chloe una tentadora oferta: la renovación de "La Antorcha" y unas pasantías del diario "El Planeta" a cambio de espiar a Clark. 

Lana empieza a ver visiones de su amiga de la infancia, Emily Dinsmore (Jodelle Ferland), quien murió seis años antes. Clark descubre que dicha niña es en realidad un clon de Emily, cuyo padre creó a base de kriptonita; como Emily no tiene sentido de la moral, se volverá peligrosa, atentando la vida de Lana. Lex hace los preparativos de su boda con Helen. 

El Dr. Walden despierta de su coma y le advierte tanto a Lex como a Lionel que Clark es un alien y que deben destruirlo. Clark y Lana tienen un encuentro romántico, despertando los celos de Chloe. Durante el ensayo de la boda de Lex y Helen, Clark empieza a escuchar voces internas. 

Clark conoce a su padre biológico, Jor-El (La voz de Terence Stamp) mediante la nave, quien le pide que abandone todo lo que tuvo, ya que tiene un destino que cumplir; como se niega, se atreverá a cometer una gran locura. Comienza la boda de Lex y Helen, terminando en un suceso trágico. Lionel se aprovechará de la furia de Chloe. Martha tiene un horrible accidente y Clark, frustrado y conmocionado por el dolor, decide abandonar a Smallville y a todo lo que ama...