Después de que las nube en forma de hongo aparece cerca, el miedo a lo desconocido lleva a Jericho a un caos social, psicológico y físico, cuando toda comunicación con el exterior se corta. El pueblo empieza a desanimarse, el terror, la cólera y la confusión sacan lo peor de algunos residentes. Jake Green, el hijo pródigo del Alcalde del pueblo, se hace un héroe renuente cuando ayuda a un autobús escolar que choca como consecuencia de la explosión. 

Solamente una hora antes de que las repercusiones de la explosión nuclear en Denver golpeen Jericho, Jake intenta conseguir que la gente de la ciudad se cubra de la lluvia radiactiva con el propósito de evitar el envenenamiento por radiación. Cuando Jake y los otros descubren que el refugio oficial esta en mal estado e inservible, tienen que conseguir otro refugio rápido. Mientras tanto, Emily y Bonnie son tomadas como rehén por dos prisioneros que se hacen pasar por oficiales de policía. 

Tras la lluvia radiactiva, los habitantes de Jericho tratan de encontrar algún modo de buscar información sobre lo que está ocurriendo en el país, motivados por haber recibido una extraña transmisión televisiva en chino de noticias donde se ve el mapa de los Estados Unidos con puntos rojos. Para ello, deciden mandar a 8 hombres en dirección a los cuatro puntos cardinales en busca de algo que les ayude a aclarar las cosas. 

El pueblo empieza a quedarse sin combustible necesario para mantener el suministro eléctrico de emergencia. Mientras, Jake encuentra a un extraño que está envenenado por la radiación e intentan sacar algo en claro de lo que está pasando. 

La gente de Jericho recibe una llamada telefónica del Departamento de Seguridad del Estado que anuncia que la ayuda está en camino. Los ciudadanos comienzan a pensar que la vida podría volver a la normalidad una vez que la energía y los teléfonos vuelvan a funcionar. Sin embargo, su esperanza fracasa después de que la energía se corte y las líneas eléctricas dejen de funcionar. Por otro lado, Jake y Hawkins, que trabajan juntos para apagar los fuegos, descubren que ninguno de ellos es quien dice ser. 

Una descarga electromagnética a las 9:02 P.M. deja la ciudad a oscuras. Los ciudadanos reciben mensajes telefónicos que alertan de que se ha cerrado el gobierno federal y que cada uno de ellos está bajo la jurisdicción del pueblo. Es la primera vez desde la explosión, que la gente se da cuenta de que cada uno debe ser responsable de mantener la ley y el orden en su ciudad. 

En Jericho las cosas no van bien y empiezan a ser cada vez más evidentes las diferencias entre sus habitantes y las tensiones se hacen cada vez más fuertes entre ellos. El alcalde del pueblo, padre de Jake, tiene un paro cardíaco y si quieren que se recupere tendrán que llegar muy lejos para conseguir lo que necesitan. Para ello, Jake tendrá que enfrentarse a algunos fantasmas del pasado... 

Jake y Eric van a Rogue River en busca de las medicinas para su padre, que se encuentra muy enfermo. allí encontrarán más de una desagradable sorpresa. Mientras, en Jericho, el resto de la familia intenta hacer lo posible por hacer bajar la fiebre del alcalde. 

Los habitantes de Jericho reciben una visita bastante desagradable que les hace plantearse una defensa más firme de sus fronteras. Los vecinos se reúnen para decidir la manera de protegerse y la propuesta elegida siembra la discordia entre los vecinos, ya que implica aislar a parte del pueblo. A raíz de esta solución, los habitantes de Jericho tienen fuertes discusiones entre ellos. Además, Emily se da cuenta al despertarse de que es la fecha en la que tendría que haberse casado. Durante todo el día no puede dejar de pensar en como habría sido la boda si Roger siguiese ahí. 

El pueblo de Jericho está encantado con la ayuda que unos aviones lanzan en paracaídas y se pelean por recoger la comida que cae del cielo. Mientras tanto, el alcalde Green trata de convencerlos de que esperen a estar seguros de que pueden fiarse de esta inesperada ayuda. 

Cuando un ciudadano de Jericho aparece muerto, Gray organiza una cacería humana contra los deseos del alcalde Johnston para capturar a Jonah y restablecer la paz en el pueblo. Esta iniciativa permite a Gray demostrar su fortaleza como líder antes de la celebración de las próximas elecciones a la alcaldía de la ciudad. Por otra parte, la relación entre Jake y Emily se hace más estrecha día a día. Poco después, la pareja recibe una repentina sorpresa cuando un rostro imprevisto regresa a Jericho. 

En un flashback 36 horas antes de las explosiones, se descubren algunos hechos misteriosos de las vidas de Jake y Hawkins. Antes del desastre, Jake se encontraba en San Diego tratando de llevar una vida honesta, Hawkins se asociaba con una mujer llamada Sarah y Roger, el prometido de Emily, se dirigía a Chicago para realizar una entrevista de trabajo con la que su novia no estaba de acuerdo. Mientras tanto, en la actualidad, los refugiados, incluidos Roger y Sarah, llegan a Jericho, trayendo consigo nuevos interrogantes. 

Heather sabe cómo arreglar los molinos de viento, pero para ello necesita comprar piezas y herramientas en una tienda llamada "Black Jack", situada a varias horas del pueblo y convence a Johnston y a Jake para que le acompañen. Aunque Jake muestra su oposición al respecto, Dale se une a ellos con la esperanza de adquirir suministros para el pueblo. A pesar del disgusto de su familia, Hawkins trae a Sarah de regreso a casa. Ambos tratarán de averiguar quién vigila a Hawkins. En este capítulo se muestra la nueva división federal de los EE.UU. donde hay 6 capitales federales, y se da a entender que las fuerzas armadas también están divididas. Además se muestran noticias del mundo, de la nación y regionales. Se indica también que es el mundo el que está dando apoyo a lo que eran los EEUU, y se da a antender la posibilidad de un ataque interno. 

Jake, Mimi y Stanley sufren un accidente cuando su camión es violentamente empujado por otro fuera de la carretera. Como consecuencia, Stanley queda inconsciente en la carretera y Jake atrapado bajo el vehículo. Consciente de que ella es la única que puede salvarlos, Mimi se dirige a pie al pueblo en busca de ayuda. 

Cuando los infantes de marina de los E.E.U.U. vienen a la ciudad, los ciudadanos de Jericho consideran que sus vidas serán como cuando la ley y el orden y la nación estaban intactos. Los soldados también traen palabra de una gran victoria de los militares en la guerra en el extranjero. Jake y Johnston al realizar algunas preguntas comienzan a darse cuenta que no todo es como parece. Mientras tanto, Hawkins descubre que Sarah puede no ser quién él piensa que ella es. 

Surgen complicaciones catastróficas en el embarazo de April, Jake fuerza a Kenchy para enfrentar su síndrome post-traumática de la tensión y atender a April y realizar una operación heroica. Bonnie y Mimi, ofreciéndose voluntariamente en el centro médico comienzan a estrechar su relación mientras que Johnston busca desesperadamente a Eric para que este del lado de su esposa. Paralelamente se trata de obtener un trato por la adquisición de más molinos de viento para lograr tener suficiente energía eléctrica para pasar el crudo invierno. Mientras, Hawkins trata de cubrir el asesinato de Sarah. 

Gray Anderson afirma que los refugiados se han convertido en un problema. Tras estas declaraciones, Roger intenta poner remedio a la situación. Sin embargo, cuando posteriormente Roger captura a Gray, Jake se ve obligado a ejercer de negociador. 

La policía sospecha que Hawkins puede ser un terrorista, se le solicita ayuda a Jake, quién términa enfrentándose a Hawkins a punta de pistola para que le cuente su verdadera historia. Gail y Johnston están tensos. Se narran los hechos que llevan a Hawkins a Jericho, indicando que era un infiltrado de la CIA en la célula terrorista. Al parecer Jake le cree, e incluso puede ver la bomba atómica que Hawkins guarda enterrada en una bodega. Mientras tanto, Mimi se preocupa por Bonnie, que mantiene una incipiente relación con Sean Henthorn, e intenta comunicarle que son importantes para ella. 

Cuando Eric no regresa de New Bern con Stanley, Jake está convencido de que algo ha ido mal. Poco después, él y Hawkins se dirigen hacia allí para investigar lo que ha sucedido. En la ciudad, descubren un peligroso secreto sobre los planes de futuro de New Bern. En Jericho, Gray y Skylar protagonizan una fuerte discusión sobre la mina de sal y Stanley se sorprende cuando regresa a casa y encuentra allí a Sean Henthorn viviendo con Bonnie. 

Los habitantes de Jericho se enfrentan a nuevos problemas cuando Russell y un grupo de hombres armados de New Bern llegan a la ciudad para coger sal de la mina. Se producen varios disparos accidentalmente que dejan a varios hombres heridos e incrementan la tensión existente entre ambas ciudades. Jake, por su parte, se encuentra en prisión con Maggie y ambos trazan un plan para escapar. 

Una vez construidos los morteros, los del pueblo de New Bern deciden apoderarse de 7 granjas de Jericho, el alcalde no lo permite, y Constantino lanza dos morteros que hieren a varios habitantes de Jericho, con la amenaza de seguir lanzando mas morteros si no se le entregan esas 7 granjas, Jake pedirá ayuda a Jonah para que les ayude. 

El ataque de New Bern sobre Jericho es inevitable, los primeros les superan ampliamente en armas y número, aunque el primer ataque, gracias al tanque es repelido. Hawkins está siendo localizado mientras usa la conexión vía satélite. Heather es rescatada por el ejército (aparentemente de los Estados Unidos, aunque en una de las últimas escenas, Heather se queda perpleja al ver ondear en un mástil una especie de bandera norteamericana "modificada" en la que las barras son verticales y las estrellas están dispuestas en círculo) y trasladada a un campamento militar, donde intenta que el ejército pare el ataque de New Bern sobre Jericho. La temporada termina justo cuando comienza el tiroteo entre las dos ciudades, a la par que varios helicópteros del ejército de los Estados Unidos sobrevuelan el escenario de la batalla. 

Empieza donde termina la primera temporada en la batalla de los Pueblos Jericho y New Bern , Las Fuerzas Armadas (No se sabe que Ejército) se han hecho con el control de la situación, Jake es obligado a dejar ir a Constantino por órdenes de Mayor Beck encargado de solucionar el conflicto, hay un nuevo gobierno federal a cargo, en el Pueblo las cosas parecen volver a la Normalidad pero algo ensombrece el lugar la Muerte de 2 Hombres de New Bern y se decreta Toque de Queda, Jake evita que su Erick cobre venganza contra Constantino y que Beck lo mate, Robert Hawkins recibe la visita de un Conocido... 

En este Capitulo Jericho Recibe la Visita del Presidente Tomarchio y el dara una noticia que Cambiara para algunos la perspectiva de vida que tenían antes de las bombas, Hawkins y Chávez unen esfuerzos por descubrir otra pista en la conspiración pero las cosas no salen según lo esperado, Stanley trata de localizar a la familia de Mimi.Un reportero de California Jake da más idea de lo que ha ocurrido desde los ataques. Grey Anderson se pide para representar a la región en la redacción de una nueva Constitución. Alguien Inesperado es enviado hacer Operaciones Tácticas. 

Dale regresa a la ciudad con noticias inquietantes de una amenaza exterior, mientras que Jake Tendrá que enfrentar con el nuevo administrador Jennings & Rall un Viejo Enemigo. Bonnie toma una decisión acerca de su futuro.Hawkins hace una Jugada drástica para ocultar su verdadera identidad del Mayor Beck. 

A la gente del pueblo de Jericó comienzan a rebelarse contra el cada vez más férreo control que hace de su vida Jennings & Rall.Dale encuentra problemas cuando él es capturado Contrabandeando y enviado a prisión. Hawkins busca ayuda después de una llamada misteriosa le informa que dentro de 24 horas podría haber descubierto su secreto y debe ser mas cauteloso.Mimi descubre que alguien esta desapareciendo fondos de J & R y esto conducirá a consecuencias trágicas. 

Jake y los Rangers se encuentran en una lucha intensa con Goetz y su equipo de Ravenwood en el hospital protegiendo la Vida de Mimi . Mientras tanto Mayor Beck tiene luchas cada vez más violenta en New Bern donde hay insurrección de parte de los Habitantes. Heather se entera de hay una amenaza contra su vida, antiguos amigos le avisan de que tiene un precio su Cabeza.Uno de Jericó obtiene de la propia venganza por un crimen mortal contra su familia. 

El Mayor Beck ordena detener a Jake y sus Rangers tras el incidente donde murieron Goetz y sus Ravenwood, al mismo tiempo que ponen a toda la ciudad de Jericó en toque de queda por protegerlos.Hawkins recibe una llamada de Chávez para entregar la bomba a Texas que esta a punto de aliarse con el Gobierno de Cheyenne, pero el cerebro detrás de las explosiones también quiere la bomba nuclear para dar un golpe mas, que significaría el definitivo. 

Stanley sale de la clandestinidad para enterrar a su Hermana. Eric tiene una reunión con un enemigo jurado y tendrá que tomar una decisión que afectara muchas vidas. El Mayor Beck se entera de la verdad acerca de de las explosiones de Septiembre y que Hawkins trabaja para CIA. Jake y Hawkins tiene que ir en una misión final para recuperar la bomba y detener al Gobierno de Cheyenne de tomar el país y tendrán que arriesgar sus vidas si desean recuperar su libertad.