FASTA

FASTA

FASTA

FASTA es un programa para alineamiento de secuencias de ADN y de proteínas.

Fue descripto por primera vez (como FASTP) por David J. Lipman y William R. Pearson en 1985 en el artículo "Rapid and sensitive protein similarity searches".[1] El programa original fue diseñado para buscar similitudes de secuencias proteicas. FASTA, descripto en 1988,[2] agregó la posibilidad de hacer búsquedas de ADN contra ADN, ADN contra proteínas traducidas y un programa más sofisticado de aleatorización para evaluar la significancia estadística de los resultados. El nombre FASTA viene de "FAST-ALL" porque busca con cualquier alfabeto, es una extensión de "FAST-P" (proteínas) y "FAST-N" (nucleótido).

El paquete actual de FASTA incluye programas para búsquedas del tipo proteína/proteína, ADN/ADN, proteína/ADN traducido (con cambios del marco de lectura), y búsqueda ordenada y desordenadas de péptidos. Las versiones recientes incluyen un algoritmo para manejar errores de desplazamiento del marco de lectura, las cuales las búsquedas que traducen los seis marcos suelen tener problemas) cuando compara datos de secuencia de proteínas con los nucleotidos.

Además de los métodos de búsqueda heurísticos rápidos, el paquete FASTA provee SSEARCH, una implementación del algoritmo Smith-Waterman. Uno de los principales objetivos del paquete es el cálculo estadístico de las similitudes para que los biólogos puedan juzgar si un alineamiento ha ocurrido por azar o si se puede usar para inferir homología. El paquete FASTA está disponible en fasta.bioch.virginia.edu.

La interfaz web para enviar secuencias para ejecutar una búsqueda en la base de datos del European Bioinformatics Institute (EBI)'s también está disponible en fasta33

El formato de archivo FASTA que se usa como entrada a este programa es actualmente usado por otras herramientas de búsqueda (como BLAST) y programas de alineamiento (Clustal, T-Coffee, ...)

Véase también

Referencias

  1. ↑  «Rapid and sensitive protein similarity searches» Science. Vol. 227. n.º 4693. pp. 1435–41. DOI 10.1126/science.2983426. PMID 2983426.
  2. ↑  «Improved tools for biological sequence comparison» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Vol. 85. n.º 8. pp. 2444–8. PMC 280013. DOI 10.1073/pnas.85.8.2444. PMID 3162770.

Enlaces externos

Obtenido de "FASTA"

Wikimedia foundation. 2010.

Игры ⚽ Нужно сделать НИР?

Mira otros diccionarios:

  • FASTA — is a DNA and Protein sequence alignment software package first described (as FASTP) by David J. Lipman and William R. Pearson in 1985 in the article [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve db=pubmed dopt=Abstract list… …   Wikipedia

  • FASTA — steht für: FASTA Algorithmus, ein Programm zur Erfassung von Proteinen und Nukleotiden FASTA Format, ein textbasiertes FormatBKL zur Darstellung und Speicherung der Primärstruktur von Nukleinsäuren Diese Seite ist eine Begriffsklärung …   Deutsch Wikipedia

  • fasta — (ant.) prep. *Hasta. * * * fasta. prep. desus. hasta …   Enciclopedia Universal

  • fasta — interj. 1. Voz que os carreiros dirigem aos bois para os fazer recuar ou desviar. • adv. 2.  [Antigo] O mesmo que até …   Dicionário da Língua Portuguesa

  • fasta- — *fasta , *fastaz, *fastja , *fastjaz, *fastu , *fastuz germ., Adjektiv: nhd. fest; ne. firm (Adjektiv); Rekontruktionsbasis: got., an., ae., afries., anfrk., as., ahd.; Vw.: s. * līka ; …   Germanisches Wörterbuch

  • fasta — prep. desus. hasta …   Diccionario de la lengua española

  • fästa — • knyta, binda, fästa, snöra • förena, fästa, hopfoga, hopbinda, sammanbinda • fastna, sitta fast, häfta, vid, klibba fast, fixeras • maska av (vid stickning, ej vid sömnad) • fästa, fastgöra, binda, knyta, sätta fast, snöra, sammanfoga, ansluta …   Svensk synonymlexikon

  • Fasta Åland — Carte de l archipel d Åland avec Fasta Åland au centre gauche. Géographie Pays …   Wikipédia en Français

  • Fasta Aland — Fasta Åland Fasta Åland Carte de l archipel d Åland avec Fasta Åland au centre gauche. Géographie Pays …   Wikipédia en Français

  • Fasta Aland — Fasta Åland (finnisch Manner Ahvenanmaa oder Ahvenanmanner) ist die Hauptinsel des Åland Archipels. Genaugenommen handelt es sich um eine Inselgruppe mehrerer großer Inseln, die aber sehr nahe beieinander liegen und mit Brücken verbunden sind. So …   Deutsch Wikipedia

Compartir el artículo y extractos

Link directo
… Do a right-click on the link above
and select “Copy Link”