Formatdb

Formatdb

Formatdb

Formatdb es una herramienta software de bioinformática molecular para formatear bases de datos de proteínas o nucleótidos para que puedan ser utilizadas por BLAST.

Según su página man (manual de algunos comandos o aplicaciones Unix), formatdb debe usarse para formatear estas bases de datos antes de que puedan ser analizadas por BLAST.[1] La base de datos fuente debería estar bien en formato FASTA, bien en formato ASN.1. Aunque el formato FASTA es el usado más a menudo como entrada de formatdb, el uso de ASN.1 tiene ventajas para aquellos que lo estén utilizando como fuente común para otros formatos, tales como el informe (report) de GenBank.

Referencias

  1. ↑ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990). «Basic local alignment search tool» J Mol Biol. Vol. 215. n.º 3. pp. 403–410. PMID:2231712.

Enlaces externos

Obtenido de "Formatdb"

Wikimedia foundation. 2010.

Игры ⚽ Поможем решить контрольную работу

Mira otros diccionarios:

  • Formatdb — a software tool in molecular bioinformatics to format protein or nucleotide databases for BLAST. formatdb must be used in order to format protein or nucleotide source databases before these databases can be searched by BLAST.cite journal… …   Wikipedia

  • FASTA-Format — Das FASTA Format ist ein textbasiertes Format zur Darstellung und Speicherung der Primärstruktur von Nukleinsäuren (Nukleinsäuresequenz) und Proteinen (Proteinsequenz) in der Bioinformatik. Die Nukleinbasen bzw. Aminosäuren werden durch einen Ein …   Deutsch Wikipedia

  • Fasta-Format — Das FASTA Format ist ein textbasiertes Format zur Darstellung und Speicherung der Primärstruktur von Nukleinsäuren (Nukleinsäuresequenz) und Proteinen (Proteinsequenz) in der Bioinformatik. Die Nukleinbasen bzw. Aminosäuren werden durch einen Ein …   Deutsch Wikipedia

  • Formato FASTA — Saltar a navegación, búsqueda En bioinformática, el formato FASTA es un formato de fichero informático basado en texto, utilizado para representar secuencias bien de ácidos nucleicos, bien de péptido, y en el que los pares de bases o los… …   Wikipedia Español

Compartir el artículo y extractos

Link directo
… Do a right-click on the link above
and select “Copy Link”