El territorio de los estados Missouri, Kansas y Arkansas estaba situado en la frontera con el territorio indio antes del comienzo de la Guerra de Secesión. Los habitantes de dichos estados estaban acostumbrados a las bandas de forajidos que pasaban de un estado a otro para saquear y robar. Algunos estados crearon partidas de voluntarios para combatirles, como los Red Legs o los Jayhawkers en Kansas.

Con el estallido de la guerra, las partidas de voluntarios pasaron a alinearse según su ideología política. La guerra de los irregulares consistía en atacar las granjas y propiedades del enemigo, esto es, aquellos ciudadanos que no compartían su ideología. La primera fuerza confederada que apareció en Missouri fue la de Sterling Pop Price, cuyos soldados trataban de juez a sus superiores. No se integraron con los planes del Ejército de la Confederación, ni ocuparon el territorio de Missouri. Sus principales enemigos eran los Red Legs, a quienes derrotaron en numerosas ocasiones.

Los guerrilleros de ambos bandos intentaron atraerse a los indios creek y chochtow. La mayoría combatieron por la Confederación al haber adoptado la costumbre de poseer esclavos negros. Sin embargo, los indios no se integraron en las tácticas de lucha de los blancos, concentrándose en atacar al enemigo, robarle todo lo posible y huir rápidamente. El jefe Standwhite llegó a ser General de Brigada de la Confederación.

Las partidas de irregulares no gozaban de la simpatía del ejército. El general Robert E. Lee consideraba que él hacía la guerra como un caballero y que no podía permitir que su estandarte se usase para cometer robos y asesinatos. Los unionistas consideraban a los guerrilleros como simples bandidos, en el caso de hacerles prisioneros les ahorcaban como a los ladrones y asesinos.

Al finalizar la guerra, las partidas de irregulares federales recibieron la orden de desmovilizarse y los confederados de rendirse. Sin embargo, algunos grupos de partisanos confederados siguieron combatiendo, como el caso de William Quantrell.