A partir de esa introducción, la historia se desenvuelve en las aventuras de Jak y Daxter para encontrar a Gol Acheron, el sabio del Eco Oscuro, el cual puede que tenga poderes para devolver a Daxter a su estado original. Daxter se presenta como un personaje irreverente y cómico el cual da pie a numerosos chistes a lo largo de la historia. Jak, por otra parte, se presenta como un protagonista que no dice absolutamente nada durante todo el juego (de lo cual Daxter hace varios chistes durante el juego) y de personalidad poco definida. Tras vencer a Gol y Maia, finalmente Jak encuentra un gigantesco portal Precursor, el cual hace terminar la primera entrega del juego.

Jak and Daxter tiene muchas similitudes con juegos de plataformas como Ratchet & Clank, Sly Cooper y Crash Bandicoot. El objetivo del juego se basa principalmente en coleccionar Baterías Precursor, las cuales permiten a Keira dar potencia a su Zoomer, y así seguir avanzando sucesivamente de forma muy mecánica por todos los escenarios del videojuego. La jugabilidad de Jak está marcada por el Eco, una sustancia que se presenta en varios colores (Azul, que da energía y velocidad por un tiempo; Verde, que restaura vitalidad; Rojo, que aporta una fuerza extra durante un periodo de tiempo; Amarillo, que permite a Jak disparar energía; Oscuro un eco que no se debe tocar ya que es perjudicial y Luminoso, un Eco misterioso que solo hace una aparición al final del juego), cada una con propiedades completamente distintas y que tienen clara relevancia en el juego y el argumento.

Su trama no es muy profunda a primera vista, y la mecánica es simple y constante durante todo el juego. La acogida por parte del público fue muy buena, lo que llevó a la compañía a lanzar la Segunda Entrega.

Al activarlo, se encuentran, confundidos con una extraña y fiera criatura gigantesca (más tarde conocida como Kor). Escapan introduciéndose en el vórtice del anillo, aterrizando en Villa Refugio. Nada más llegar, Jak, aún confuso por los acontecimientos, es apresado por Erol y la Guardia Carmesí. Daxter consigue escapar, prometiendo a Jak salvarlo "en seguida". Dos años más tarde, Jak ha sido usado como conejillo de indias en unos experimentos en los que se le han aplicado contantemente Eco Oscuro. Jak aún no parece que halla muerto a causa de esto, y es entonces cuando Daxter consigue acudir a rescatarlo. Los experimentos con Eco Oscuro han cambiado durante este tiempo el aspecto y la personalidad de Jak, que pasa de ser el gentil "héroe mudo" a sacar una agresiva y furiosa personalidad. En esta entrega, Jak si habla durante todo el juego. Estos experimentos han sido ordenados por el Barón Praxis, el tirano dictador de Villa Refugio, para intentar crear super-soldados capaces de vencer a los cabezachapas, unas criaturas que están destruyendo la ciudad. Tras conseguir escapar de la prisión con la ayuda de Daxter; Jak se une a un grupo conocido como "La Resistencia", un grupo que se resiste a las fuerzas opresoras del Baron Praxis. Así, la misión principal de Jak parece ser intentar derrotar a Praxis y aniquilar cabezachapas. Sin embargo, a pesar de pertenecer a "La Resistencia" más tarde conoce a Crew, un mafioso y obeso dueño de un bar en el centro de la ciudad que le pide que le traiga "eco oscuro" a Jak, además de muchas más misiones de dudosas intenciones, llevando a Jak al exterior de la ciudad en muchas ocasiones. La historia se enreda mucho más a partir de este tramo, con una gran variedad de personajes que dan giros inesperados a la historia.

Jak II marca una cambio radical en cuanto al tono y la jugabilidad con respecto a la primera entrega, con un argumento complejo y profundo y una jugabilidad mucho más adulta que la de la primera entrega. El juego se desenvuelve casi en su totalidad en Villa Refugio, en unos escenarios mucho más oscuros comparados con los coloristas paisajes de la primera entrega y unos personajes de personalidad en su mayoría hostil y con un lenguaje adulto. Además del tono del videjuego, también ha variado radicalmente la jugabilidad. El concepto de coleccionar baterías cambia a una sistema de "Misiones". Se han agregado nuevos ataque de Jak, y Jak maneja un arma de Eco. El Eco, a pesar de ser mencionado durante todo el juego deja de tener un papel fundamental en el manejo de Jak, quedando solo el Eco Oscuro. Los experimentos con Jak han hecho a este inmune al Eco Oscuro, de forma que lo puede recolectar y transformarse en el agresivo y fuera de control "Jak Oscuro" cuando tiene suficiente Eco Oscuro en su cuerpo. Como Villa Refugio es bastante grande, los transportes por toda ella se hacen en vehiculos. El sistema de Misiones y el concepto de recorrer una ciudad en vehiculos se inspira en sagas como la de Grand Thef Auto.

El juego comienza con Jak, el cual es desterrado de Villa Regugio por Veger, el lider de las últimas fuerzas del ya muerto Barón Praxis. Según los argumentos que da Veger, Jak es desterrado por considerársele peligroso debido a sus poderes oscuros. En la Estepa, un gran desierto que parece ser el nuevo hogar de Jak, Damas (qué más adelante se descubre que es el padre de Jak) encuentra a los dos amigos vagando por el desierto, y los lleva a Spargus, una ciudad del desierto.

Mientras que Jak y Daxter se acostumbran a sobrevivir el duro día a día en Spargus, aprenden que el final del planeta se está acercando, debido al mal presagio que da a entender la posición planetaria. La única manera de solucionarlo es con un sistema de defensa planetario, que se encuentra escondido en algún lugar de las catacumbas. Mientras el Conde Veger, está llevando a cabo peligrosos planes para encontrar a los precursor, de manera que reciba un poder supremo que le permita cumplir su fanático sueño de ser el héro del universo. Cuando Jak y Daxter consiguen volver a una muy destruida Villa Refugio se alían con el bando de la libertad de Villa Refugio para vencer a la Guardia Carmesí y a los cabezachapas y hacer lo posible por llegar a las catacumbas antes que Veger y salvar al mundo de la destrucción planetaria.

En esta entrega, la actitud de héroe de Jak cambia y evoluciona costantemente según se desarrollan los acontecimiento, teniendo al principio una gran ira y ganas de venganza por su destierro. Pero a pesar de sus sentimientos personales, elige ayudar a sus amigos, y haciéndolo, descubrirse a él mismo y el poder que hay dentro de él. Se revelan más datos acerca del destino de Jak, incluyendo los secretos del famoso héroe mundial Mar, que es en realidad un antepasado de Jak. También se revela al final como son realmente los famosos y míticos precursors, siendo su verdadera naturaleza una sorpresa para Jak y Daxter.

La jugabilidad de este título es parecida a la de Jak II, sin embargo se han añadido nuevos tipos de armas y combos de batalla. También hace en este juego aparición el misterioso Eco Luminoso, que cuando entra en el cuerpo de Jak transforma a este en "Jak Luminoso", un Jak de aspecto angelical que tiene poderes para detener el tiempo, volar, curar, ... También se mantiene el Eco Oscuro, que inoculado en determinadas dosis en Jak, lo convierte en Jak Oscuro. Daxter también se hace personaje jugable durante determinados puntos del juego para resolver puzzles o abrir paso a Jak por zonas inaccesibles para él.

Tras beber un poco de vino que Crew había reservado para la ocasión Crew les informa de que han sido todos envenenados de muerte. Crew cuenta que la única manera de conseguir el antídoto es ganando el torneo Mundial de carreras de Ciudad Kras. Solo si ganan, un ayudante les dará el antídoto para curarlos, así según él, incluso después de muerto, conseguiría poseer el mejor equipo de carreras del mundo.

El forzado equipo de Crew es saboteado constantemente por los corredores mercenarios de un hombre llamado Mizo. También se presentan nuevos personajes además de Mizo, como la hija de Crew, Lluvia, el vanidoso comentarista de carreras para la televisión G.T. Blitz, el retirado campeón Razor, y los aún presentes robots de la Guardia Carmesí, UR-86.

Mientras juegas, el retirado campeón llamado Razor intenta convencer a Jak y Daxter que Mizo y su equipo acabaría matándolos. Más tarde, este abandona su retiro y se une al equipo de Mizo "solo por tí, Jak". Más tarde reaparecen viejas caras como Sig, el Rey de Spargus, Kleiver y Pecker. Así se desenvuelve una trama en la que finalmente, se desvelan muchos secretos acerca de los personajes, en esta batalla contrareloj por salvar la vida.

Este título no se basa en los esquemas de un juego de Jak convencional, a pesar de tener una trama elaborada, está dedicado a unas espectaculares carreras de vehículos de tierra con habilidades precursor que corren en circuitos extraidos de todas las anteriores entregas de Jak (Villa Refugio, La Estepa,...). Estos son completamente personalizables y mejorables pagando el número de esferas precursor necesario. Se pueden modificar muchas partes de los vehiculos, como el chasis, la cabina, el color, ...

En este juego vuelven a tener presencia todas las clases de Eco (Verde, Rojo, Amarillo, Azul y Ocuro). Los artefactos precursor que se les agregan a los vehiculos aportan muchas características especiales a los vehiculos. El Eco Azul aumenta temporalmente la velocidad del vehiculo, el Eco Verde restaura salud, el Eco Amarillo lanza el arma delantera ofensiva del vehiculo, y el Eco Rojo, el arma trasera defensiva que protege el coche de adelantamientos. El marcador de Eco Oscuro potencia los poderes de todas las armas a medida que se llena.

En un principio, el argumento se centra en el campeonato de Villa Cras, con cuatro copas por conseguir, en las que el jugador debe quedar primero (o derrotar a sus enemigos en las carreras-batalla). Tras ganar este torneo se abre, siguiendo el hilo argumental del juego, el Grand Championship.

El juego también incluye, además de la tradicional historia, un modo multijugador con bastantes personajes para elegir y algunos secretos para desbloquear (como Jak con aspecto de Jak 1, Jak II o Jak III) y muchos materiales extra añadidos.

Este juego no nos narra una continuación de la historia de Jak y Daxter sino que se sitúa en los hechos ocurridos al comienzo de Jak II. Comienza con una escena extraida de Jak II: Cuando Jak abre el vórtice y llega a Villa Refugio, nada más llegar es capturado por la Guardia Carmesí. Daxter consigue escapar prometiendo a Jak salvarlo "en seguida". Como ya se vio en Jak II, Daxter no va a rescatar a Jak de sus experimentos con eco oscuro hasta dos años más tarde. En Jak II Daxter contaba la de cosas que había tenido que pasar para encontrarlo. El juego "Daxter" relata todos los acontecimientos que se le presentaron a Daxter en esos dos años para intentar salvar a Jak.

Osmo, el lider de una Compañía de Exterminación de plagas se fija en Daxter mientras este estaba en el bar. y decide ofrecerle un contrato porque es pequeño y se puede meter en lugares estrechos para coger cosas. La jugabilidad es similar a la de Jak II en el sentido de que Daxter explora Villa Refugio, pero él explora partes no vistas nunca que Jak no exploró en Jak II. A lo largo del juego, Daxter es enviado a diversos lugares para completar las difíciles misiones de Osmo. En el juego aparecen personajes como el Barón Praxis, Erol, Kor y el Conde Veger. En el argumento se clarifican algunas cosas nuevas como porqué los cabezachapas comenzaron a atacar Villa Refugio o como se formó "La Resistencia". También aparecen algunos personajes antiguos como Jak, que sale cuatro veces o Keira, que es mostrada unas pocas veces. Crew es mencionado en ciertas ocasiones a lo largo del juego, aunque no aparezca.

Finalmente, mientras Erol estaba reunido con el Conde Veger, Daxter consigue robarle sin que se de cuenta un mapa de la prisión en la que está Jak, consiguiendo ir a salvarlo al fin de su tortura con Eco Oscuro.