Los orígenes de Burundungu se conocen sólo a través de una mezcla de fuentes históricas orales y de arqueología. Existen dos leyendas principales que narran la fundación de Burundi. La más popular cuenta la historia de un ruandés llamado Cambarantama, al que atribuye la fundación de la nación. La otra versión, más habitual en el Burundi precolonial, decía que Cambarantama provenía del estado meridional de Buha. La noción del origen ruandés del reino fue promovida por los colonizadores europeos, porque se adaptaba a su ideal de una clase dirigente que provenía del noreste hamítico. La teoría ha continuado hasta convertirse en un dogma semioficial en el moderno estado de Burundi. Los historiadores dudan del origen hamítico de los Tutsi, aunque aún se cree que sus ancestros migraron desde el norte a lo que es hoy Burundi en el siglo XV.

La primera prueba de la existencia del estado de Burundi es del siglo XVI, cuando éste emerge al pies de las colinas orientales. Durante los siguientes siglos se expande, anexionándose pequeños vecinos y llegando a competir con Ruanda. Alcanzó su mayor extensión durante el reinado de Ntare Rugama, que rigió la nación entre 1796 y 1850 aproximadamente y vio como el reino doblaba su tamaño.

El Reino de Burundi se caracterizaba por la autoridad política jerárquica y el intercambio económico tributario. El rey, conocido como el mwami encabezaba una aristocracia (gwana) que poseía la mayor parte de las tierras y exigía un tributo o tasa de los campesinos y ganaderos locales. A mediados del siglo XVIII, esta realeza Tutsi consolidó su autoridad sobre la tierra, producción y distribución con el desrrollo del ubugabire— una relación clientelar similar a las características de la Europa del feudalismo, en la que el pueblo recibía protección real a cambio de tributos.

Aunque los exploradores europeos y los misioneros hicieron breves incursiones en la zona tan pronto como en 1856, no fue hasta 1899 que Burundi se convirtió en parte del África Oriental Alemana. A diferencia de la monarquía ruandesa, que decidió aceptar los avances alemanes, el rey de Burundian Mwezi Gisabo se opuso a toda influencia europea, rechazando llevar atuendo europeo y resistiéndose al avance de los misioneros y administradores. Los alemanes utilizaron la fuerza armada con éxito, aunque no pudieron acabar con el poder del rey. Finalmente, apoyaron al yerno del rey, Maconco, en una revuelta contra Gisabo. Gisabo tuvo que aceptar la tutela de los alemanes y los alemanes le ayudaron a acabar con la revuelta de Maconco. Los pequeños reinos que se encontraban a lo largo de la orilla occidental del lago Victoria fueron anexionados a Burundi.