Anexo:Endonucleasas homing de restricción

Anexo:Endonucleasas homing de restricción
Leyenda de bases nitrogenadas
Código Nucleótido representado
A Adenina (A)
C Citosina (C)
G Guanina (G)
T Timina (T)
N A, C, G or T
M A or C
R A or G
W A or T
Y C or T
S C or G
K G or T
H A, C or T
B C, G or T
V A, C or G
D A, G or T

Las endonucleasas homing son un tipo especial de enzimas de restricción codificadas por intrones o inteínas, que actúan sobre el DNA de la propia célula que las sintetiza.[1]

Para más información, consultar el artículo principal endonucleasas homing.

Contenido

Lista de endonucleasas homing de restricción

En esta lista se incluyen algunos de los ejemplos más estudiados, detallándose los siguientes conceptos:

  • Enzima: Nombre de la enzima, según la nomenclatura aceptada y adoptada internacionalmente; y referencias bibliográficas correspondientes. (Para más detalles, consultar la sección Nomenclatura del artículo endonucleasas homing.)
  • SF: Familia estructural: una de las cuatro familias determinadas para esta clase de proteínas, en base a sus motivos compartidos: HI: familia LAGLIDADG – HII: familia GIY-YIG – HIII: familia H-N-H – HIV: familia His-Cys box. (Para más detalles, consultar la sección Familias estructurales del artículo endonucleasas homing.)
  • Código PDB: Código empleado para identificar la estructura de la proteína en la base de datos «PDB».
  • Origen: Organismo que genera la enzima de forma natural (o bien artificialmente si la enzima es sintética).
  • D: Dominio biológico del organismo origen: A: arqueas – B: bacterias – E: eucariotas.
  • LSC: Localización subcelular: cloro: cloroplastidial – crm: cromosomal – mito: mitocondrial – nuclear: nuclear extracromosomal – fago: bacteriofago.
  • Secuencia de reconocimiento: Secuencia de DNA que la enzima reconoce y a la que se une específicamente.
  • Secuencia de corte: Secuencia de corte y producto del corte. Normalmente la secuencia de reconocimiento y la de corte coinciden, pero en algunos casos esta última puede encontrarse docenas de nucleótidos alejada de la primera.


Enzima SF Código PDB Origen D LSC Secuencia de reconocimiento Secuencia de corte
I-AniI[2] HI 1P8K Aspergillus nidulans E mito 5' TTGAGGAGGTTTCTCTGTAAATAA
3' AACTCCTCCAAAGAGACATTTATT		 5' ---TTGAGGAGGTTTC   TCTGTAAATAA--- 3'
3' ---AACTCCTCC   AAAGAGACATTTATT--- 5'
I-CeuI[3] [4] [5] [6] HI 2EX5 Chlamydomonas eugametos E cloro 5' TAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGA
3' ATTGATATTGCCAGGATTCCATCGCT		 5' ---TAACTATAACGGTCCTAA   GGTAGCGA--- 3'
3' ---ATTGATATTGCCAG   GATTCCATCGCT--- 5'
I-ChuI[7] [8] HI Chlamydomonas humicola E cloro 5' GAAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATC
3' CTTCCAAACCGTGGAGCTACAGCCGAGTAG		 5' ---GAAGGTTTGGCACCTCG   ATGTCGGCTCATC--- 3'
3' ---CTTCCAAACCGTG   GAGCTACAGCCGAGTAG--- 5'
I-CpaI[8] [9] HI Chlamydomonas pallidostigmata E cloro 5' CGATCCTAAGGTAGCGAAATTCA
3' GCTAGGATTCCATCGCTTTAAGT		 5' ---CGATCCTAAGGTAGCGAA   ATTCA--- 3'
3' ---GCTAGGATTCCATC   GCTTTAAGT--- 5'
I-CpaII[10] HI Chlamydomonas pallidostigmata E cloro 5' CCCGGCTAACTCTGTGCCAG
3' GGGCCGATTGAGACACGGTC		 5' ---CCCGGCTAACTC   TGTGCCAG--- 3'
5' ---GGGCCGAT   TGAGACACGGTC--- 3'
I-CreI[11] HI 1BP7 Chlamydomonas reinhardtii E cloro 5' CTGGGTTCAAAACGTCGTGAGACAGTTTGG
3' GACCCAAGTTTTGCAGCACTCTGTCAAACC		 5' ---CTGGGTTCAAAACGTCGTGA   GACAGTTTGG--- 3'
3' ---GACCCAAGTTTTGCAG   CACTCTGTCAAACC--- 5'
I-DmoI HI 1B24 Desulfurococcus mobilis A crm 5' ATGCCTTGCCGGGTAAGTTCCGGCGCGCAT
3' TACGGAACGGCCCATTCAAGGCCGCGCGTA		 5' ---ATGCCTTGCCGGGTAA   GTTCCGGCGCGCAT--- 3'
3' ---TACGGAACGGCC   CATTCAAGGCCGCGCGTA--- 5'
H-DreI[12] 1MOW Escherichia coli pI-DreI B 5' CAAAACGTCGTAAGTTCCGGCGCG
3' GTTTTGCAGCATTCAAGGCCGCGC		 5' ---CAAAACGTCGTAA   GTTCCGGCGCG--- 3'
3' ---GTTTTGCAG   CATTCAAGGCCGCGC--- 5'
I-HmuI[13] [14] HIII 1U3E Bacillus subtilis fago SPO1 B fago 5' AGTAATGAGCCTAACGCTCAGCAA
3' TCATTACTCGGATTGCGAGTCGTT		   Endonucleasa que corta en una sola hebra del DNA: *
  3' ---TCATTACTCGGATTGC   GAGTCGTT--- 5'
I-HmuII[14] [15] HIII Bacillus subtilis fago SP82 B fago 5' AGTAATGAGCCTAACGCTCAACAA
3' TCATTACTCGGATTGCGAGTTGTT		   Endonucleasa que corta en una sola hebra del DNA: *
  3' ---TCATTACTCGGATTGCGAGTTGTTN35   NNNN--- 5'
I-LlaI[16] [17] HIII Lactococcus lactis B crm 5' CACATCCATAACCATATCATTTTT
3' GTGTAGGTATTGGTATAGTAAAAA		 5' ---CACATCCATAA   CCATATCATTTTT--- 3'
3' ---GTGTAGGTATTGGTATAGTAA   AAA--- 5'
I-MsoI 1M5X E 5' CTGGGTTCAAAACGTCGTGAGACAGTTTGG
3' GACCCAAGTTTTGCAGCACTCTGTCAAACC		 5' ---CTGGGTTCAAAACGTCGTGA   GACAGTTTGG--- 3'
3' ---GACCCAAGTTTTGCAG   CACTCTGTCAAACC--- 5'
PI-PfuI 1DQ3 Pyrococcus furiosus Vc1 A 5' GAAGATGGGAGGAGGGACCGGACTCAACTT
3' CTTCTACCCTCCTCCCTGGCCTGAGTTGAA		 5' ---GAAGATGGGAGGAGGG   ACCGGACTCAACTT--- 3'
3' ---CTTCTACCCTCC   TCCCTGGCCTGAGTTGAA--- 5'
PI-PkoII 2CW7 A 5' CAGTACTACGGTTAC
3' GTCATGATGCCAATG		 5' ---CAGTACTACG  GTTAC--- 3'
3' ---GTCATG  ATGCCAATG--- 5'
I-PorI[18] [19] HIII Pyrobaculum organotrophum A crm 5' GCGAGCCCGTAAGGGTGTGTACGGG
3' CGCTCGGGCATTCCCACACATGCCC		 5' ---GCGAGCCCGTAAGGGT   GTGTACGGG--- 3'
3' ---CGCTCGGGCATT   CCCACACATGCCC--- 5'
I-PpoI HIV 1EVX Physarum polycephalum E nuclear 5' TAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAAT
3' ATTGATACTGAGAGAATTCCATCGGTTTA		 5' ---TAACTATGACTCTCTTAA   GGTAGCCAAAT--- 3'
3' ---ATTGATACTGAGAG   AATTCCATCGGTTTA--- 5'
PI-PspI HI Pyrococcus sp. A crm 5' TGGCAAACAGCTATTATGGGTATTATGGGT
3' ACCGTTTGTCGATAATACCCATAATACCCA		 5' ---TGGCAAACAGCTATTAT   GGGTATTATGGGT--- 3'
3' ---ACCGTTTGTCGAT   AATACCCATAATACCCA--- 5'
I-ScaI[20] [21] HI Saccharomyces capensis E mito 5' TGTCACATTGAGGTGCACTAGTTATTAC
3' ACAGTGTAACTCCACGTGATCAATAATG		 5' ---TGTCACATTGAGGTGCACT   AGTTATTAC--- 3'
3' ---ACAGTGTAACTCCAC   GTGATCAATAATG--- 5'
I-SceI[4] [5] HI 1R7M Saccharomyces cerevisiae E mito 5' AGTTACGCTAGGGATAACAGGGTAATATAG
3' TCAATGCGATCCCTATTGTCCCATTATATC		 5' ---AGTTACGCTAGGGATAA   CAGGGTAATATAG--- 3'
3' ---TCAATGCGATCCC   TATTGTCCCATTATATC--- 5'
PI-SceI[22] [23] HI 1VDE Saccharomyces cerevisiae E 5' ATCTATGTCGGGTGCGGAGAAAGAGGTAATGAAATGGCA
3' TAGATACAGCCCACGCCTCTTTCTCCATTACTTTACCGT		 5' ---ATCTATGTCGGGTGC   GGAGAAAGAGGTAATGAAATGGCA--- 3'
3' ---TAGATACAGCC   CACGCCTCTTTCTCCATTACTTTACCGT--- 5'
I-SceII[24] [25] [26] HI Saccharomyces cerevisiae E mito 5' TTTTGATTCTTTGGTCACCCTGAAGTATA
3' AAAACTAAGAAACCAGTGGGACTTCATAT		 5' ---TTTTGATTCTTTGGTCACCC   TGAAGTATA--- 3'
3' ---AAAACTAAGAAACCAG   TGGGACTTCATAT--- 5'
I-SecIII[24] [27] [28] HI Saccharomyces cerevisiae E mito 5' ATTGGAGGTTTTGGTAACTATTTATTACC
3' TAACCTCCAAAACCATTGATAAATAATGG		 5' ---ATTGGAGGTTTTGGTAAC   TATTTATTACC--- 3'
3' ---TAACCTCCAAAACC   ATTGATAAATAATGG--- 5'
I-SceIV[24] [29] [30] HI Saccharomyces cerevisiae E mito 5' TCTTTTCTCTTGATTAGCCCTAATCTACG
3' AGAAAAGAGAACTAATCGGGATTAGATGC		 5' ---TCTTTTCTCTTGATTA   GCCCTAATCTACG--- 3'
3' ---AGAAAAGAGAAC   TAATCGGGATTAGATGC--- 5'
I-SceV[24] [31] HIII Saccharomyces cerevisiae E mito 5' AATAATTTTCTTCTTAGTAATGCC
3' TTATTAAAAGAAGAATCATTACGG		 5' ---AATAATTTTCT   TCTTAGTAATGCC--- 3'
3' ---TTATTAAAAGAAGAATCATTA   CGG--- 5'
I-SceVI[24] [32] HIII Saccharomyces cerevisiae E mito 5' GTTATTTAATGTTTTAGTAGTTGG
3' CAATAAATTACAAAATCATCAACC		 5' ---GTTATTTAATG   TTTTAGTAGTTGG--- 3'
3' ---CAATAAATTACAAAATCATCA   ACC--- 5'
I-SceVII[20] HI Saccharomyces cerevisiae E mito 5' TGTCACATTGAGGTGCACTAGTTATTAC
3' ACAGTGTAACTCCACGTGATCAATAATG		   Desconocida **
I-Ssp6803I 2OST B 5' GTCGGGCTCATAACCCGAA
3' CAGCCCGAGTATTGGGCTT		 5' ---GTCGGGCT   CATAACCCGAA--- 3'
3' ---CAGCCCGAGTA   TTGGGCTT--- 5'
I-TevI[33] [34] [35] HII 1I3J Escherichia coli fago T4 B fago 5' AGTGGTATCAACGCTCAGTAGATG
3' TCACCATAGT TGCGAGTCATCTAC		 5' ---AGTGGTATCAAC   GCTCAGTAGATG--- 3'
3' ---TCACCATAGT   TGCGAGTCATCTAC--- 5'
I-TevII[33] [36] HII Escherichia coli fago T4 B fago 5' GCTTATGAGTATGAAGTGAACACGTTATTC
3' CGAATACTCATACTTCACTTGTGCAATAAG		 5' ---GCTTATGAGTATGAAGTGAACACGT   TATTC--- 3'
3' ---CGAATACTCATACTTCACTTGTG   CAATAAG--- 5'
I-TevIII[37] HIII Escherichia coli fago RB3 B fago 5' TATGTATCTTTTGCGTGTACCTTTAACTTC
3' ATACATAGAAAACGCACATGGAAATTGAAG		 5' ---T   ATGTATCTTTTGCGTGTACCTTTAACTTC--- 3'
3' ---AT   ACATAGAAAACGCACATGGAAATTGAAG--- 5'
PI-TliI[38] [39] HI Thermococcus litoralis A crm 5' TAYGCNGAYACNGACGGYTTYT
3' ATRCGNCTRTGNCTGCCTAARA		 5' ---TAYGCNGAYACNGACGG   YTTYT--- 3'
3' ---ATRCGNCTRTGNC   TGCCTAARA--- 5'
PI-TliII[40] [22] [39] HI Thermococcus litoralis A crm 5' AAATTGCTTGCAAACAGCTATTACGGCTAT
3' TTTAACGAACGTTTGTCGATAATGCCGATA		   Desconocida **
I-Tsp061I 2DCH Thermoproteus sp. IC-061 A 5' CTTCAGTATGCCCCGAAAC
3' GAAGTCATACGGGGCTTTG		 5' ---CTTCAGTAT   GCCCCGAAAC--- 3'
3' ---GAAGT   CATACGGGGCTTTG--- 5'
I-Vdi141I 3E54 A 5' CCTGACTCTCTTAAGGTAGCCAAA
3' GGACTGAGAGAATTCCATCGGTTT		 5' ---CCTGACTCTCTTAA   GGTAGCCAAA--- 3'
3' ---GGACTGAG   AGAATTCCATCGGTTT--- 5'


*: Endonucleasa que corta en una sola hebra de DNA: Estas enzimas cortan sólo una de las dos hebras del DNA, dejando la otra intacta. Se las podría denominar "endonucleasas pellizcadoras", de su denominación original anglosajona "nicking endonuclease".
**: Secuencia de corte desconocida: La investigación acerca de esta enzima no ha conseguido revelar aún su secuencia de corte concreta.

Enlaces externos

Bases de datos y listas de enzimas de restricción:

  • Base de datos exhaustiva de enzimas de restricción y endonucleasas homing ubicada en los servidores de New England Biolabs©. Incluye toda clase de información biológica, estructural, cinética y comercial acerca de miles de enzimas. También incluye referencias bibliográficas especializadas para cada molécula: Roberts RJ, Vincze T, Posfai, J, Macelis D. «REBASE». Consultado el 07-01-2010. «Restriction Enzyme Database.».
  • Base de datos de inteínas, alojada en la página web de New England Biolabs©. Perler FB. «InBase». Consultado el 05-02-2010. «The Intein Database and Registry»..[41]
  • Información detallada para experimentos bioquímicos: «Enzyme finder». Consultado el 07-01-2010. «New England Biolabs© enzyme finder.».

Bases de datos de proteínas:

  • Base de datos de estructuras de proteínas, resueltas a estructura atómica: «PDB». Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB). Consultado el 25-01-2010. «RCSB Protein Data Bank.».
  • Bases de datos generales de proteínas: Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) & European Bioinformatics Institute (EBI). «UniProtKB/Swiss-Prot & TrEMBL». Consultado el 25-01-2010. «Swiss-Prot es una base de datos de proteínas con un gran nivel de supervisión y anotación, un mínimo nivel de redundancia y un elevado nivel de integración con otras bases de datos. Swiss-Prot describe, tanto la función de la proteína, como su estructura de dominios, modificaciones post-transcripcionales, variantes, etc. TrEMBL es un suplemento a Swiss-Prot, anotado de forma automatizada, que contiene todas las traducciones de las entradas recogidas en las bases de datos del EMBL que no han sido aún integradas en Swiss-Prot.».

Referencias

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Véase también


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