Cronológicamente, el primer enfrentamiento entre Bowser y Mario fue en Super Mario Bros, sin embargo si atendiéramos a la cronología interna de los argumentos de los juegos de Mario realmente su primer encuentro sería en Super Mario World 2: Yoshi´s Island. Este juego transcurre antes que cualquiera de las otras aventuras. De hecho, Mario, Luigi y Bowser son todavía bebés. En el juego Kamek, un Magikoopa, que parece ser una especie de fidel juego es Kamek, el jefe final del mismo es Bowser.

Apariciones en juegos

Juegos de Yoshi

• Super Mario World 2: Yoshi's Island: En este juego Baby Bowser es el jefe final quien esta celoso porque Mario monta a Yoshi. Para intentar acabar con Baby Mario y Yoshi al final del juego, Kamek lanza un hechizo a Bowser que le hace crecer a proporciones gigantescas.

• Yoshi's Story: Baby Bowser aparece otra vez en la secuela a Super Mario World 2: Yoshi´s Island, Yoshi´s Story. Yoshi debe luchar contra el joven rey en sus cámaras privadas, para recuperar el Super Happy Tree que le ha sido robado.

• Yoshi's Island DS: También aparece en la secuela directa de Yoshi´s Island, Yoshi's Island DS junto a Baby Wario tratando de engañar a los Yoshi y secuestrar a los demas bebes.

Serie Mario & Luigi

• Mario & Luigi: Partners in Time: Al principio de Mario & Luigi: Partners in Time, Baby Bowser intenta secuestrar a la Princesa Peach, lo cual es frustrado por Baby Mario. Cuando unos invasores desconocidos conocidos como Shroobs son considerados una amenaza tanto para Bowser como para Mario y Luigi, estos deciden (nuevamente) unirse temporalmente, mas tarde se encontraria con sus yo del futuro y ambos combinarian fuerzas para enfrentarse a los protagonistas.

Confusiones

Aunque Baby Bowser se parezca mucho a Bowser Jr. Son personajes independientes, aunque seguramente el diseño del primero influyó en el segundo. La diferencia fundamental está en las narices (Baby Bowser la tiene más grande) y el diseño de sus pañuelos (Bowser Junior -o Bowsy- tiene un diseño que se asemeja a una boca con dientes).