Sonic el Erizo y Tails, su mejor amigo zorro de dos colas, son perseguidos por Scratch y Grounder, dos Robots que conforman "El Escuadrón de Caza de Sonic" creados por El Doctor Robotnik expresamente para tal fin, hasta que lo logran. En ese momento, Sonic les cuenta cómo fueron creados por Robotnik para así poder conquistar el planeta Mobius y cómo vivieron sus primeras persecuciones juntos. 

Huyendo de las trampas de Scratch y Grounder, Sonic y Tails acaban viajando bajo tierra por grutas en el Subsuelo, donde encuentran a un viejo malhumorado y codicioso Topo llamado Spilong. Éste está obsesionado con sus posesiones de piedras preciosas y yacimientos de Diamandius, el mineral más preciado de Mobius, por lo que intenta explulsar a cualquiera que ose entrar en su guarida. Robotnik quiere conseguir desesperadamente ese tesoro. 

Sonic salva de las malignidades de Grounder y Scratch a una guapa y atractiva eriza llamada Breezie, cayendo instantáneamente enamorado de ella. Desoyéndo a Tails, Sonic empieza a cumplir todos los caprichos de Breezie. Lo que el erizo Azul desconoce es que la chica es otra malvada invención robótica del Dr. Robotnik creada para mantener a Sonic ocupado mientras Robotnik trata de inundar un pueblo cercano a su Fortaleza con su nuevo Tunelizador Huevomático. Sin embargo, Breezie comenzará a mostrar afecto por Sonic. (Éste es el episodio en el que la sección "Sonic Dice" está dedicada al Abuso Sexual, famoso por la gran repercusión y parodia póstumas que ha generado, sobre todo en Internet). 

Robotnik usa para sus malévolos planes a una familia de perezosos, con la cual pretende llamar la atención de Sonic. Grounder y Scratch emplean contra Sonic un Lanzarayos Subatómico Ralentizante del Doctor para detenerlo, cuyos efectos duran una hora. El Destino de Sonic dependerá de Tails y un pequeño perezoso llamado Cohete cuando el erizo sea ralentizado. 

Sonic y Tails descubren a un tiburón magnate llamado Smiley que está extorsionando a un grupo de habitantes cordero con sus Apuestas y Juegos Trucados, por lo que le detienen. Smiley es en realidad un empleado de Robotnik encargado en esclavizar a la mayor cantidad de gente posible para la construcción de un gran Monumento-Efigie del Doctor. Todo se complica cuando se abren las puertas del Gran Casino Robotnik. 

En el Tebeo Parlante animado "La Monda" se publica una caricatura del Doctor Robotnik comparándole con el personaje de Humpty Dumpty y haciendo ver que no es más que un torpe huevo podrido. El responsable de ello es el alocado dibujante pelícano Sketch Lampun. Al saber Robotnik que él es el autor del ultraje, le convierte en el primer prisionero de su recién inaugurada Prisión de Alta Seguridad. Sonic y Tails deberán rescatar a Sketch, organizando una gran evasión. Para infiltrarse en el centro penitenciario, Sonic se dejará capturar a drede, pero Robotnik le reserva una celda especial contra erizos supersónicos. 

Warpnik, el primo de Robotnik, lleva 5 años atrapado y desterrado por él en el mundo de la confusión y busca venganza. Scratch, Grounder y Coconuts preparan sendas trampas para atrapar a Sonic, atrayendole con un Perrito Picante y, tras librarse de ellos, Sonic riñe a Tails por desobedecer. Al día siguiente, Tails desaparece sin dejar ni rastro. Después de comprobar que Robotnik no le ha capturado, Sonic piensa que se fue por su culpa, asi que comienza a buscarlo sin saber que Robotnik y sus robots piensan aprovecharse de la situación. Es el Doctor Warpnik quien le tiene amordazado para atraer al erizo y con ello, a Robotnik. Una vez todos en escena, se inicia una batalla a dos bandas para atrapar a Sonic y Tails. 

Un príncipe alienígena llamado Charnog y su compañero tripulante Blog aterrizan forzosamente en Mobius cuando se encontraban volando en su Nave Espacial debido a una de las trampas de los Robots de Robotnik. Sonic y Tails deberán ayudar al príncipe a volver a su planeta natal, a fin de que sea coronado como Rey del mismo y evite que su hermano haga estallar Mobius por diversión. Robotnik no andará lejos e intentará evitar que esto suceda. 

Robotnik recibe la visita del ser a quien más teme de todo Mobius... su Propia Madre, tras fugarse de la cárcel de mentes dementes y coincidiendo con su cumpleaños. Será ella quien se encargue de atrapar a Sonic como regalo de cumpleaños, ante los continuos intentos fallidos de su hijo. 

Coconuts destroza la nave monoplaza del Dr. Robotnik, así que le expulsa de su fortaleza por ello. Al mismo tiempo, el Doctor se encuentra trabajando en un proyecto en el que está involucrado un Gran Gorila. En su destierro, Coconuts encuentra a un bebé gorila gigante llamado "Bum Bum", que resulta ser hijo del Gorila en poder de Robotnik. Coconuts empleará a Bum Bum para deshacerse de Sonic haciéndose pasar por su padre. El Erizo deberá lidiar con sus enemigos para rescatar a ambos primates. 

Como respuesta a la popular canción de Sonic, Robotnik crea un robot diseñado para destruir toda la música de Mobius. 

Wes Wesley, un Enérgico Vendedor Marsupial, aparece en la Fortaleza del Doctor Robotnik ofreciéndole la más variada gama de artículos e inventos para atrapar a Sonic. Robotnik simpatiza con él y le compra dichos ítems, sin saber que lo único que le causarán son problemas. 

Sonic y Tails rescatan al primer prisionero de Robotnik, un peludo hombre llamado Lucas, y luchan por llevarle junto a su novia perdida, Lucinda. 

Robotnik tiene secuestrado al profesor Von Repera y le tortura para que le diga cómo funciona su invento, que permite aumentar de tamaño cualquier ser o cosa. Durante su uso, la máquina explota y el gas que contenía llega a la ciudad de Salchicholandia, donde Sonic y Tails están pasando el dia. Este gas convierte a Tails en gigante, haciendo que su hambre aumente también y por ello pone en peligro a la ciudad. Robotnik engaña a sus habitantes, convenciendoles de que todo es una estratagema de Sonic para destruir la ciudad. 

Ante las constantes persecuciones de Scratch y Grounder por atrapar a Tails, Sonic considera adecuado buscarle una familia a Tails para que le protejan de los peligros que corre estando junto a Sonic. Tras probar varias familias para el zorro de dos colas, Scratch y Grounder engañan a Sonic y a Tails haciendoles creer que han localizado a los padres de Tails. Sonic, aunque no muy convencido, lleva a su amigo a reunirse con sus supuestos "aunténticos padres". Cuando Sonic deja a Tails con ellos, es secuestrado por unos Robots Mecánicos de Robotnik que se hacían pasar por sus padres. Mientras tanto, Sonic sintiendose sólo, empieza a recordar cómo conoció a Tails cuando sólo era un bebé. 

Cuando el Pueblo de la Colina es atacado por Grounder y Scratch, Sonic acude de inmediato. De repente, aparece un antiguo superhéroe Mapache llamado "Capitán Rescate", dispuesto a frenar a los dos Robots. Pero el Capitán, tratando de ayudar, solo consigue fastidiar a Sonic y éste le dice que no necesita su ayuda. Aprovechando que el Capitán se sentía ofendido, Robotnik le convence de que juntos podrán detener a Sonic. Con la ayuda del Capitán Rescate, Robotnik logra atrapar a Sonic dentro de su nueva creación: El Campo de fuerza Huevomático. Ahora dependerá de Tails y el Capitán Rescate salvar la situación. 

Grounder y Scratch se entretienen viendo por televisión a Edgar el Águila, pero Robotnik les ordena a acabar con Sonic. Grounder apuesta con Scratch a ver quién de los dos es el primero en eliminar al erizo. En su intento, Scratch es derribado por Sonic de su avión y al estrellarse, Scratch pierde la conciencia, creyendo ser el mismísimo Edgar el Águila. Por ello, se une a Sonic y a una mujer Pavo llamada Enrieta que cree que Scratch es realmente Edgar de la TV. Todos lucharán para evitar que Robotnik destruya la granja del Granjero Pep, su mujer y su hija Enrieta y construya en su lugar la mayor fábrica de robots de todo Mobius. 

Perseguidos por Avispas Robóticas de Robotnik y deshaciéndose de ellas, Sonic y Tails se enteran de que en la ciudad de Mc Guffin todo está listo para comenzar la ceremonia de "El Día de Homenaje a Sonic". Allí Sonic y Tails se encuentran con Harry el Pajarraco, un vendedor de artículos y accesorios de Sonic; con Ochopocho, un viejo y bestia amigo de Sonic con quien se pica a hacer una carrera y una fan alocada por Sonic, llamada Soniquette. Más tarde, Sonic y Tails optan por hospedarse en un hotel de la ciudad. Al despertarse, Sonic se percata de que alguien le ha robado sus zapatillas, impidiendo que pueda correr libremente. Sonic deberá encontrar al culpable. 

Un rayo cae abriendo otra dimensión y de ella aparece una criatura que se ha extraviado. Tras tragarse todo un plato de Perritos Picantes que Sonic iba a degustar, Tails le acoge como mascota y le pone de nombre Tragón. Sin embargo, Tragón es secuestrado por Robotnik y su equipo para que sirva de cebo para Sonic. Sonic y Tails deberán rescatarlo y conseguir que Tragón regrese a su dimensión. El principal problema de esta mascota es que cuando no recibe perritos picantes como alimento, se enfada, creciendo y absorbiendo todo a su paso. 

Los Obreros Mecánicos de Rotbotnik construyen un centro de vacaciones de lujo para atraer a los ciudadanos de Mobius y encerrarlos en una cúpula para luego forzarles a ser esclavos. Sonic y Tails, en el Valle del Vertedero, se encuentran con máquinas creadas por Robotnik abandonadas en el lugar. Robotnik planea bombardear el vertedero y despues inundarlo para crear un gran lago. Con la ayuda de sus amigos las máquinas, Sonic y Tails deberán evitar que esto suceda. 

Robotnik crea su nuevo invento, el Pseudo-Sonic, una unidad robótica duplicada de Sonic que realiza las mismas habilidades que el original, con la salvedad de que debe ser manejada desde el interior. Con éste robot, pretende dar a los ciudadanos una mala imagen de Sonic, cometiendo delitos y sembrando el terror. Para ello utiliza a Laurence, una rata de laboratorio, que se ve forzada a dirigir el robot para evitar que Robotnik mate a sus padres, a los cuales tiene secuestrados. 

Robotnik logra fabricar un microchip que le permite multiplicar su inteligencia por diez, pero aún quiere más potencia. Mientras el ordenador procesaba la fabricación de otro microchip con el que multiplicaría su inteligencia por mil, un Hacker informático, a través del ordenador de su guarida, introduce un virus y roba los datos del ordenador de Robotnik para descargarlos en su propio microchip. Robotnik y sus siervos localizan, con la ayuda de un detector de ordenadores, la guarida del responsable y la hacen volar por los aires. Durante la batalla con Sonic, Grounder busca las piezas que ha perdido y por accidente se coloca en su cerebro el microchip con la información que robó el Hacker, multiplicando así por mil su inteligencia, superando la de Robotnik. Por ello, Grounder ahora es el jefe y Scratch su lacayo desde entonces, encerrando a Robotnik en el calabozo de su propia fortaleza. Grounder idea un plan perfecto para atrapar a Sonic, convirtiendo al erizo en piedra para siempre. Sólo Tails y el Hacker podrán rescatarle ahora. 

Robotnik ha fabricado el rayo petrificador y se lo entrega a Scratch y Grounder, quienes atraen a Sonic y Tails a una trampa. En su huida, Tails no quiere dejar su patinete. Cuando ya lo tenía en sus manos, un disparo del rayo petrificador iba impactar sobre Tails, pero Sonic se interpone y queda petrificado. Tails logra arrebatarles a Scratch y a Grounder el cuerpo de Sonic convertido en Piedra y lo esconde. Tails asume que debe afrontar sólo la situación y sin la ayuda de Sonic, vencer a los dos robots y devolver al erizo a su estado original. 

Con su nueva arma, el "Ultrahielomatic", el Doctor Robotnik pretende congelar a todos los ciudadanos de Mobius, especialmente a Sonic, y colocarles chips de servidumbre para convertirlos en sus súbditos. Robotnik prueba la eficacia de los chips en Scratch y Grounder y el Hielomatic en el Monte Aplastaplás, tras lo cual va en busca de Sonic y Tails. En un momento de confusión de los Robots, Sonic les habla como si fuera su amo y les pregunta que pretenden hacer, le explican todo lo que su líder ha ideado. Sonic ordena a Scratch y a Grounder que les conduzca al lugar donde esta escondida la máquina. Robotnik observa todo con el periscopio de su Búnker en la montaña e invierte la polaridad de sus chips cerebrales y se vuelven de nuevo contra Sonic, secuestrando a Tails y llevandolo ante el Doctor, que decide implantar al zorro una pulsera de servidumbre. 

El Doctor Robotnik, a bordo de su submarino robótico, quiere robar el tesoro de las perlas del poder escondido en el interior de la ciudad subacuática de Laberinto. El Rey de la ciudad, Salino, destierra a Surf, un joven algo pasota enamorado de su hija, la princesa Burbujas, la cual poco después es secuestrada por Robotnik. En la superficie, Surf se encuentra con Sonic y Tails, pidiendoles ayuda. Para sumergirse en las profundidades, los tres suben al submarino de Surf. Robotnik cohibe a Salino, afirmando que dejará libre a su hija a cambio de su Reino. Surf, Sonic y Tails aparecen en el momento preciso, pero el rey los considera intrusos y son encarcelados. 

Mientras Sonic y Tails almuerzan, aparece de repente un payaso que roba a Tails su perrito picante. Lo persiguen hasta llegar a una cueva, donde hallan al profesor Von Repera, descubriendo que el payaso es fruto de la imaginación del profesor, hecho realidad gracias a su nuevo invento: La máquina de los sueños. Coconuts presencia lo sucedido e inmediatamente va a contarle a Robotnik todo. Al momento en que Sonic parte en busca de aceite para engrasar la máquina; Scratch, Grounder y Coconuts secuestran al profesor y a Tails, llevandose consigo la máquina de los sueños hacia la fortaleza del Doctor. Robotnik fuerza a Von Repera para que cambie de la máquina de los sueños por una máquina de pesadillas si no quiere que Tails sufra daños. 

Robotnik logra crear un rayo que le permitirá envejecer a Sonic, de esta forma el erizo perdería significativamente su habilidad para correr, siendo posible atraparlo sin dificultad. Pero Grounder y Scratch fracasan de nuevo al convertir a Sonic, Tails y al mismísimo Robotnik en bebés. Más adelante, los tres son acogidos por la señorita Rita en su guardería. 

Tras otro nuevo fracaso de Scratch y Grounder por atrapar a Sonic, Robotnik decide crear un nuevo robot malvado, listo y parecido a si mismo. Finalmente, lo construye a su forma de ser y lo trata como a un hijo, pero éste no comparte los mismos principios de eliminar a Sonic y ser dueño de Mobius como su creador. Además, Scratch y Grounder tienen envidia del nuevo robot, porque recibe más atención por parte de Robotnik, e idean juntos un plan para destruirlo. 

Robotnik y sus sirvientes desvalijan un pueblo, llevando todas sus pertenencias en una carreta, Sonic disfrazado de tonto del pueblo luce una perla de oro. Robotnik no se resiste y negocia con él, le cambia la carreta por lo que contiene su saco. Más tarde, en la fortaleza, Robotnik descubre que fue timado por Sonic y que las perlas resultan ser judías pintas cubiertas de pintura dorada. Para desquitarse del engaño, Robotnik con un tanque de artillería dispara a un monte provocando el desprendimiento de rocas que van a caer justo en la casa donde se hospera una pareja anciana. Ajeno a lo que estaba suceriendo, Tails entrena para mejorar su velocidad porque quiere ser tan rápido como Sonic, ambos oyen gritos de auxilio y corren hacia el lugar de los hechos. Sonic logra salvar a la pareja a tiempo, pero Tails se entristece por haber llegado tarde para ayudar Sonic y no puede ocultar más sus ansias por queder hacer un acto noble. Mientras Sonic intenta consolar a su amigo, Robotnik ha inventado el Turbochicle Acelerador, se lo da a Grounder, lo mastica y éste es capaz de correr superando la velocidad de Sonic. Pero al no poder frenar a tiempo Grounder se estampa contra un árbol y pierde el Turbochicle. Tails que corría por el lugar pisa el Turbochicle y se vuelve tremendamente veloz, creyendo que es fruto del entrenamiento le demuestra a Sonic la habilidad adquirida. Pero Tails pronto descubrirá que controlar la velocidad no es tan fácil como aparenta Sonic. 

El doctor Robotnik rapta a MacHopper, un amigo de Sonic y Tails muy intrépido, por lo que cree que sería capaz de atrapar al erizo. Aunque MacHopper se niega, Robotnik consigue lavarle el cerebro y ordenarle que cumpla con dicha tarea. Sonic tendrá que enfrentarse a su amigo y liberarle de las garras del doctor. 

Robotnik planea hacerse con un filón de cristales destructivos situados en el cinturón de asteroides de Mobius, mediante un cohete espacial creado por él. Sonic y Tails se adentrarán en la nave para acabar con sus malvados planes. Lo que no saben es que es posible que nuestros héroes permanezcan en el espacio para siempre. 

En esta ocasión, Robotnik decide crear su propia esposa robótica. Para ello, secuestra a sus dos anteriores creaciones: Breezie (la erizo espía) y Robotnikito (hijo de Robotnik), para averiguar por qué les salió defectuoso (se volvieron buenos en anteriores capítulos). Sonic deberá rescatar a sus dos amigos y detener los malvados planes de luna de miel del Dr. y su esposa robot. 

Robotnik ha ideado el plan perfecto para convertirse en el Dictador Supremo del planeta. Quiere apoderarse de las reliquias más poderosas del planeta Mobius: Las 4 Esmeraldas del Caos, que otorgan a quien las posea invisibilidad, invencibilidad, inmortalidad y el Poder de dar vida a cualquier ser. Para ello, ha coaccionado al profesor Can-stein para que cree una Máquina del Tiempo y asi poder conseguir las piedras preciosas, cada una ubicada en una época temporal distinta. En éste Episodio, el Doctor viaja a la época de los Piratas para hacerse con la Esmeralda de la Invisibilidad. 

El Doctor Robotnik quiere aparecer en un programa de Televisión que cuenta la vida de los habitantes benévolos de Mobius, presentado por Chillido Punzante. Para ello, captura a la sobrina de Chillido, obligándole a cambiar el Título del Programa y permitir capturar a Sonic en directo.