Héctor es el primo de Sucre, pero también su rival. Él tiene un interés romántico por la novia de Sucre, Maricruz. Héctor es en parte responsable por el encarcelamiento de su primo al denunciarlo cuando estaba robando una licorería. Después del encarcelamiento de Sucre, se le puso relativamente fácil crear la tensión entre Sucre y su novia. Héctor tuvo éxito separándolos y empezando una relación con Maricruz. En un episodio, Héctor visitó a su primo para decirle que Maricruz ya no quería nada con él. En la segunda temporada, Héctor se comprometió y se iba casar con Maricruz en Las Vegas, Nevada; pero cuando Sucre se presentó en la boda, Maricruz la canceló. Lo último que se vio de Héctor fue cuando entra en la casa de Theresa y exige saber donde está Maricruz. Él encuentra el itinerario de viaje que ella está haciendo y se da cuenta que se fue a la luna de miel que él había pagado.

Dede es la hija de C-Note y Kacee. Ella tiene un problema de salud serio con su riñón. Después del arresto de Kacee, C-Note tiene que encontrar a un doctor para Dede. Como resultado de no poder encontrar a un doctor para su hija, C-Note hace un trato con Alexander Mahone para salvar a su hija.

Kacee es la esposa de C-Note y la madre de su hija, Dede. Ella ignora que marido está encarcelado hasta que escapa. Kacee no está convencida en confiar en el plan de C-Note para la reunión de su familia. Sin embargo, cuando la agente Lang la presionó para entregarlo, ella escoge no cooperar con el FBI. Kacee y su familia escaparon a Dakota del Norte antes de que ella fuera arrestara por ayudar a escapar a su marido. Ella fue soltada luego como parte del trato que tenía su marido con el F.B.I. para entregar al agente Mahone. Se vuelve a reunir con su esposo cuando el agente Richard Sullins, lo suelta y le da una nueva identidad, tras que este hizo un trato para testificar contra Mahone.

Debra es una estudiante de la universitaria que iba a Utah. Ella comparte su viaje, a Utah, con Tweener después de que él respondió un anuncio que encontró en la cartelera del campus. Ella sospechaba al principio, de él, pero luego empieza a agarrar confianza, y termina enamorándose. Debra lo ayuda en su escape permitiéndole tomar su automóvil. Cuando, Tweener es capturado engaña a los agentes y en ves de entregar a sus compañeros aparece en el frente de la casa de Debra, diciéndole lo que siente y que quiere que lo espere.

Theresa es la hermana de Maricruz. Ella parece detestar a Héctor pero también desconfía de Sucre, pensando que ha decepcionado Maricruz por demasiado tiempo. Ella estaba con Maricruz en el aeropuerto de Ixtapa cuando se reunió con Sucre. En la cuarta temporada ella le permite a Sucre, encontrarse a su hija recién nacida en el hospital, pero luego lo vende a los policías que estaban esperándolo afuera para ser arrestado.

Falzone es parte de la mafia de Chicago y un socio íntimo de John Abruzzi. Él aseguraba la vida lujosa de Abruzzi, que estaba encarcelado en Fox River, dándole sobornos al capitán Bellick. Sin embargo, Falzone y los otros gángsteres empezaron con la presión a Abruzzi para localizar al testigo Otto Fibonacci, antes del juicio que los incriminaría a todos. Falzone amenazó las vidas de los niños de Abruzzi, si él no encontraba a Fibonacci. Después intentó motivar a Abruzzi sacándole sus privilegios y promoviendo al segundo al mando, de Abruzzi, Gus a la cima de la jerarquía de la prisión. Falzone es engañado por Michael Scofield y Abruzzi para ir a Canadá a encontrar a Fibonacci, pero Michael había hecho que alguien de afuera llamara a la policía y así arrestaran a Falzone y sus hombres.

Maggio es un secuaz de la mafia de Chicago, fiel a John Abruzzi. Este le pidió que secuestrara a James Bagwell para chantajear de T-Bag para que abandonara la fuga. El secuestro fue malo y Maggio mató a Bagwell y su pequeño hijo (que su padre usó como un escudo humano). Maggio más tarde intenta ayudar en el escape de Abruzzi, de Fox River, escondiendo una camioneta para el transporte a una pista cercana donde los esperaba con un avión. Sin embargo obligan a Maggio y a su piloto a que salgan de la pista antes de que lleguen los fugitivos. Maggio no se ve en la segunda temporada.

Susan era la novia de T-Bag tres años antes del tiempo actual transcurrido en la serie. Él iba, a menudo, a su casa para la cena, para acompañarla a ella y sus dos hijos. Ella lo denuncio a la policía después de verlo en un programa de TV como uno de los criminales más buscados por ser asesino en serie y racista. Después de su escape de Fox River, T-Bag rastreó a Susan y su familia. Diciéndole que él la había perdonado y que quería empezar una nueva vida con ella y sus niños. T-Bag tomó a la familia Hollander en su propia casa como rehenes pero luego se mudó a la casa de su niñez en Alabama. El sueño de tener una familia a T-Bag se le cayó en pedazos cuando Susan admitió que ella nunca podía amarlo, no importa cuánto tiempo pasara. Sorprendentemente, T-Bag le perdono la vida a ella y las vidas a sus hijos, dejándolos encerrados en el sótano y haciendo una llamada telefónica a la policía antes de tirar su teléfono y llorar lastimosamente.

Bruce es un viejo amigo del Gobernador Frank Tancredi. Después de que Tancredi fue asesinado y su hija Sara fue atacada, ella empezó a pensar que Bruce era un traidor. Se demostraba después que él era inocente (su línea telefónica fue intervenida con un micrófono). Bruce aparece de nuevo en el final de la segunda temporada, apoyando a Sara en su juicio. Él vuelve en la cuarta temporada albergado a Sara después de su retorno de Panamá. Bruce luego es capturado y asesinado por Wyatt, un agente de la Compañía, que lo había drogado para descubrir donde estaba Sara.

El diputado y abogado Green. Ayudaba a Aldo Burrows y sus socios, a tratar de derrumbar La Compañía y a la presidenta Reynolds. Después de que él es contactado por Sara Tancredi, intenta ayudar a los hijos de Aldo, Michael y Lincoln, con una cinta que podría derrumbar a la presidenta. Desgraciadamente, Green encontró que la grabación no era apropiada porque no se podía comprobar como original haciéndola inútil en la corte. Antes de salir, él les sugirió que sólo tenían la opción de chantajear a la presidenta, con la cinta, por un perdón. Los hermanos intentarían esta estrategia para aclarar sus nombres, pero falló cuando Reynolds decidió retirarse de la presidencia en lugar del exonéralos a ellos.

Petey es un primo de Sucre que vive en Nueva York. Después de que Sucre escapó de Fox River, Petey le dijo que Maricruz se iba a casar con Héctor en Las Vegas. Sucre le pidió prestada la motocicleta para detener la boda. Aunque le prometió devolverla, tuvo que abandonarla en los bosques de Utah. Al llamar para disculparse, Petey le informó que Maricruz había abandonado a Héctor en el altar. Petey también es mencionado pero no visto en la tercera temporada.

El resto del equipo se molesta con el por su comportamiento en la misión de las Vegas, ya que decide usar su dispositivo para jugar en un casino robando dinero en las maquinas. Michael finalmente lo despide del equipo causando que Roland asuma el papel de antagonista traicionándolos, el ofreció a Scofield y Burrows, a Wyatt por 1 millones de dólares. Cuando ellos se encuentran Wyatt no le paga. En cambio le tortura disparándole a Ronald en las rótulas hasta que él confiese donde se encuentran los otros y entonces le pega un tiro fatal en el abdomen. Pero Michael había desconfiado de él y había colocado un dispositivo para rastrearlo, como consecuencia encuentran a Wyatt y lo capturan, Michael sostiene la mano de Ronald mientras este sangraba y moría tirado en el piso.

Samantha Brinker es una ejecutiva de "La Compañía" y actúa como un eslabón entre la Vicepresidente Caroline Reynolds y sus propios superiores. Ella parece ser una mujer muy apagada en sí misma. La relación entre ella y Reynolds es de aversión mutua que también incluye al agente secreto de Reynolds, Paul Kellerman. Brinker ve a Reynolds como un peón para lograr los intereses de la Compañía. Ella sabía las verdaderas intenciones de La Compañía para idear el plan contra Lincoln Burrows. Fue la que le decía a Reynolds, a lo largo de la primera temporada, cómo votar en la ley medioambiental. Ella fue también quien informo a Reynolds de la decisión de La Compañía de no apoyar mas su campaña, si no hacia asesinar al presidente en secreto para asumir la presidencia momentáneamente. Brinker no se ha visto después de estos hechos.

Quinn era un agente de "La Compañía", que tenía el cargo de dirigir a los agentes Kellerman y Hale. Aparentemente amistoso y algo inepto, Quinn en realidad era atento, muy inteligente, y cruel. Se vio esto cuando rompió algunos de los dedos de Kellerman repentinamente, y cuando él asesinó al ex novio de Veronica. Quinn también parecía tener conocimiento íntimo del procedimiento médico y de la anatomía humana. Su esfuerzo por obtener la información de Nick, Veronica y LJ falla y Quinn acaba en el fondo de un pozo. Él llama a los agentes Kellerman y Hale, aunque ellos los responden su llamdo terminan tirando una tapa encima del pozo y lo deján morirse allí. Antes de morir, Quinn rasgó los nombres “KELLERMAN y O. KRAVECKI” en la pared, dándole una pista a LJ para encontrar Kellerman.

Es un agente (del cual no se sabe el nombre) que trabaja para Kim y fue asignado para vigilar la situación de Terrence Steadman en la casa, donde estaba confinado. Él es cruel como todos los que trabajan para la organización. Fue el que mató a Verónica Donovan después de que ella intentara salir de la casa de Steadman. También intenta matar a Sara Tancredi, en su apartamento, pero ella le roció un spray en la cara antes de que él pudiera matarla. Por último fue el que provocó el accidente del hijo de Alexander Mahone, cuando volvió a amenazar a Mahone este le mato. Se puede observar en una escena como Mahone oculta su cuerpo, con un tiro en la cabeza, en el maletero de su auto.

Pike es una agente de La Compañía que trabaja con Gretchen en Panamá. Él fue el que arreglo el trato con T-Bag para sacarlo de la cárcel, que al final no cumplieron, y también trabajaba para sacar a Whistler de Sona. Muere a manos de Lincoln Burrows, que le dispara.

Él parece ser el líder de La Compañía y es el superior de William Kim. Su verdadera identidad no es conocida, y se identifica en cambio por su tendencia a emitir sus órdenes en notas, en lugar de la comunicación verbal, para evitar grabación de audio de algún espía. Él escribió la orden de “retirar” al agente Kellerman y también ordeno la muerte de los hermanos. Al saber que los hermanos estaban en Panamá y Michael Scofield estaba preso, Pad Man pensó que este podría diseñar otro plan para liberar a otro preso, James Whistler, que estaba en Sona. Pad Man se esconde en las sombras, su nombre todavía tiene que ser mencionado todavía en la serie. Él volverá en la cuarta temporada y su nombre también será revelado.

El agente del FBI Wheeler es uno de los ayudantes de Mahone. Lo ayuda a rastrear a los fugitivos desde una oficina en Chicago. Después de la muerte de John Abruzzi, Wheeler empezó a sospechar de los métodos de captura de Mahone. En un momento él encara a Mahone y cuestiona sus métodos, anunciándole que supervisara sus acciones. Cuando se entera que C-Note se intenta suicidar después de su encuentro con Mahone, él va a ver al prisionero para convencerlo que testifique sobre la conducta del agente en su interrogatorio. Luego Wheeler llama a Asuntos Interiores y habla con el director Richard Sullins, y juntos ellos empiezan a reunir evidencia para arrestar Mahone. Dándose cuenta de lo inminente, Mahone confronta a Wheeler en el estacionamiento del FBI. Aunque enfadado con la traición, expresó su admiración por Wheeler al tener el valor para hacer lo correcto y lo dejó ileso antes de huir del país. Wheeler retorna en la cuarta temporada para encontrarse con Mahone y ayudarlo en su intento de derrotar a la Compañía. Pero Mahone es incapaz de proporcionar cualquier prueba de la existencia de la Compañía, y Wheeler le obliga a la agente Lang a que lo arreste. Mahone finalmente logra escapar con la ayuda de Lang.

Se presentó en la serie como un preso obeso que fue asignado como el compañero de celda de Tweener por Bellick. En la primera noche, él violó a Tweener y fue la razón por la que, Tweener, decidió escapar con Michael Scofield. Bellick permitió las violaciones pero Tweener consiguió su venganza rebanando el pene de Avocado con una navaja de afeitar que tenía oculta. Después el propio Bellick fue encarcelado, en la segunda temporada, con Avocado como compañero de celda.

Gus Fiorello era el compañero de celda de Abruzzi y su mano derecha en Fox River. El gángster Philly Falzone lo promovió, por un período corto, a ser el jefe de los reclusos en la prisión, para presionar a Abruzzi en localizar, a Otto Fibonacci el testigo. Después de que Gus tomara el poder desplazando a Abruzzi en la prisión, este tomo su venganza metiéndole una bombilla rota en su ojo. Cuando Abruzzi retomo el mando como rey de la prisión, Gus se volvió un proscrito, y ya no estaba asociado con la mafia de la cárcel.

Es un muchacho adolescente que está encarcelado por 8 años en Fox River por el robo de vehículos. Seth es dado como un regalo a su líder, T-Bag, por la pandilla aria. Seth fue violado por T-Bag y se le dio el apodo de "Cherry". Él desesperadamente le pedía ayuda a Michael, pero este se negó a hablarle desde que T-Bag el dueño del muchacho estaba envuelto en el plan del escape. Seth se suicido colgándose con sus sábanas adelante de los demás reclusos.

En Fox River cumplía una condena de 6 a 7 años por violación de propiedad privada y robo. No se sabe en cuanto se le aumento la condena por estar envuelto en el plan de escape o si lo prometido por Bellick de ir a una prisión de seguridad minima se le cumplió.

Es líder de una de las bandas negras. Él y su compañero C-Note trabajan en las cocinas de la prisión. Lideraba la banda junto con C-Note hasta que este último la dejo al decidir unirse a Michael con quien estaba unido también T-Bag, que era racista. Esto molesto Trumpets y cuando C-Note le pidió ayuda para recuperar dinero él se negó causando un conflicto con C-Note, que termino golpeado por toda la banda. Los dos, que eran anteriormente amigos, lucharon en la cocina cuando C-Note trataba de robar peróxido. C-Note le tiro el líquido en la cara y lo golpeo brutalmente, Trumpets después de eso puso precio a su cabeza. C-Note escapo esa misma noche y se salvó de la muerte. Durante la segunda temporada, Bellick fue encarcelado. Luego de ser golpeado por los presos, Trumpets le dijo a Bellick que escapara antes de que lo terminaran matando los otros presos.

En la penitenciaria estatal de Fox River, Chris Trokey estaba era miembro de una banda racista liderada por T-Bag. Durante el alboroto, él ayudó T-Bag a romper el orden en el ala uno, obligando a los guardias a que se retirasen. Después, cuando Bellick buscó al asesino del guardia Hudson, T-Bag inculpo a Trokey por el asesinato, plantando una fotografía de la hija de Bob bajo su cama. Trokey fue alejado de la población general de la prisión para pasar resto de su vida en el solitario.

Mack es uno de los funcionarios correccionales en Fox River. Él es un guardia ineficaz, y acusa de eso tiene problemas con algunos de sus colegas. Michael que había salido furtivamente fuera de su celda tuvo que esconderse de Mack y por eso se quemó en con una cañería caliente. Cuando Michael y otros siete convictos escaparon de Fox River, Mack se unió al equipo de funcionarios correccionales que intentaron capturarlos. Él no aparece en la segunda temporada, pero probablemente todavía es empleado en Fox River.

Patterson es uno de los funcionarios correccionales en la penitenciaria estatal de Fox River. Él es el más compasivo de la mayoría de los guardias, particularmente con Lincoln Burrows. En una ocasión, Patterson permitió a Lincoln ver a su hijo sin las esposas. Aunque él es un hombre casado, tenía un asunto con la secretaria, Becky, la secretaria del alcalde. Cuando los ocho de Fox River escaparon de la prisión, Patterson se unió a Bellick y los otros funcionarios correccionales en la persecución de los convictos. Después de que Bellick fue despedido y el alcalde Pope resignó su puesto, Patterson igual permaneció en Fox River. Él reaparece en la segunda temporada cuando Bellick vuelve a Fox River como prisionero unos meses después de que lo echaran. Bellick había esperado que Patterson y algunos otros guardias pudieran consentirlo, pero Patterson informó a su ex jefe que el nuevo alcalde no toleraría ningún trato preferente y Bellick estaría con los presos regulares.

El guardia Hudson era un nuevo funcionario correccional en Fox River. Escoltando al preso Lincoln Burrows a su célula, durante un levantamiento en la prisión, el guardia fue emboscado por el T-Bag y su banda. T-Bag lo molestó y le pegó, antes de arrastrarlo a la celda de Michael Scofield. Allí, Bob vio accidentalmente un agujero oculto que quedo expuesto detrás del retrete de la celda. Como resultado, se lo tomó como rehén y se lo usó como influencia para las negociaciones entre los presos y las autoridades. A pesar de las amenazas de Michael y de Abruzzi, T-Bag apuñaló y mató a Bob antes de empujarlo fuera de una grada hacia el suelo. El miembro de la banda ario llamado Trokey fue acusado falsamente de su asesinato.

Es otro funcionario correccional en Fox River. Le gusta hablar sobre los deportes con Patterson y tiene un hijo joven llamado Josh. Él es un guardia áspero pero compasivo demostrándolo cuando ayuda a Lincoln a prepararse para la ejecución inminente. Aunque él sea conocido por ser áspero y cruel con los presos, Stolte demuestra tener una relación buena con Lincoln a lo largo de la primera temporada. Cuando el hijo (L.J.) de Lincoln estaba en el peligro, Stolte le permitió a Lincoln llamarlo aunque estaba contra las reglas. Él también fue el que le aconsejó a Pope que avisara al Gobernador en el motin. Stolte reaparece en la segunda temporada cuando Bellick es encarcelado en Fox River y es el que le advierte al ex capitán que le esperar un castigo de los presos.

Katie es una de las enfermeras que ayuda Sara Tancredi en la penitenciaria estatal de Fox River. Ella es la única persona con la que Sara actúa regularmente adentro y fuera de la prisión. Después de que Michael Scofield y otros siete prisioneros escaparon, Katie le dijo a Pope que Sara puedo haberlo ayudado en su escape. En la segunda temporada, Katie hace una visita a Sara luego de su sobredosis con drogas. Su personaje en la segunda temporada, casi no tiene participación ya que la acción tiene lugar fuera de la prisión. Katie aparece de nuevo en el decimoquinto episodio, de la segunda temporada, cuando Bellick que fue encarcelado en Fox River y fue enviado a la enfermería después de que lo dañaron otros presos. Bellick intenta conquistarla para que lo deje escapar pero falla.

Pavelka es un Hombre duro e incompasivo que presidio la revisión del escape de la cárcel de los 8 de Fox River. Él toma la decisión de despedir a capitán Bellick y suspender al alcalde Pope, que renuncia debido al despido de su capitán. Él es el que sustituye Pope como el alcalde de Fox River. Es detestado igualmente por guardias y presos debido a su manera dura de manejar la prisión.

Es la secretaria de Henry Pope. Ella tiene un romance ilícito con el oficial correccional Louis Patterson.

Otto Fibonacci estaba de gerente en un almacén que pertenecía a la mafia. Él fue el que dio su testimonio sobre John Abruzzi que hizo poner a un hombre de rodillas y pidió que lo mataran. El testimonio de Fibonacci llevó a al arresto de Abruzzi y su encarcelamiento en Fox River. Fibonacci entró en el programa de Protección de Testigos y se escondió en Topeka, Kansas. Él es una fuente constante de preocupación para Abruzzi, ya que Falzone lo presiona para encontrar el escondite de Fibonacci. Michael Scofield que había rastreado a Fibonacci era la principal opción de Abruzzi para localizarlo. En la segunda temporada, aunque el personaje nunca aparece, el agente Mahone usa Fibonacci como un cebo para la captura de Abruzzi.

Ella es un testigo usado para la inocencia de Lincoln Burrows. Su novio era Crab Simmons y había sido asesinado por la Compañía, a ella permitieron vivir y ocultaron un micrófono en su teléfono. Pero cuando ella fue a ver a Veronica Donovan, dos agentes del Servicio Secreto la secuestraron antes de que pudiera firmar una declaración jurada para incriminarlos. La llevaron a una parte profunda en el bosque dónde la mató el agente Kellerman.

Era un secuaz de la mafia de Chicago, con lazos a Falzone y Abruzzi. Él parecía fiel a Falzone pero era hostil hacia Abruzzi, que estaba encarcelado, mofándose de él abiertamente. Él fue arrestado con Falzone, después de que ellos habían sido engañados para ir a Canadá en busca del soplón Fibonacci.

Kristine es la hermana de Paul Kellerman. Ellos estuvieron separados durante 15 años después de que él se fue, porque su madre era abusiva, abandonando a su hermana. Ella trabaja como conservacionista medioambiental. Su hermano la visita allí después de decidir matar a la presidenta Caroline Reynolds y le pide que lo recuerde como era antes, en lugar de un hombre que iba a hacer algo malo. Ella es llama a su trabajo por su hermano que había intentado suicidarse en un cuarto del hotel. Ella va allí y le convence que haga lo correcto.

Pam es la ex esposa de Mahone nacida en Colombia, que vive en Colorado con su hijo Cameron. Michael la visitó, haciéndose pasar por un agente del F.B.I., para aprender quien era Mahone el hombre que se encargaba de perseguirlos. Michael descubre, en esa visita, que Mahone había asesinado al fugitivo Oscar Shales y lo había enterrado en su traspatio. Cuando Mahone intentó volver con su esposa, confesándole que todavía la amaba. Ella parecía feliz sobre esto y había empezado a hacer planes para encontrarse en Panamá, cuando Mahone la llamó de nuevo y le dijo que no podía ser; diciéndole que se olvidara de que alguna vez existió. Él se encontraba encarcelado por la policía de Panamá. Su hijo es asesinado en la cuarta temporada por un asesino de la Compañía llamado Wyatt que quería atar los cabos sueltos, y la muerte del hijo de Mahone haría que este apareciera y se descuidar. En el episodio "Safe and Sound", ella se encuentra con Mahone y lo motiva para matar a Wyatt. Después de torturar Wyatt, Mahone llama a su esposa y hace que el asesino de su hijo se disculpe con ella por el asesinato de Cameron.

Jane es una socia y aliada de Aldo Burrows, que lo ayuda en su lucha contra “La Compañía”. Ella tenía la misión de rescatar a Lincoln y L.J. Burrows de la policía. Aunque ella y Lincoln tienen una relación algo antagónica inicialmente, él empezó a confiar después de que salvo su vida matando a un agente de “La Compañía” enviado para eliminar al trío Burrows. La enviaron después lejos para que cuidara de L.J. en Pullman, Washington. L.J. terminó en las manos de “La Compañía” en la tercera temporada, y el destino de Jane tiene que ser revelado todavía.

Es una detective de Kansas que interroga a Bellick después de que lo golpeara Geary, por el dinero. Al entrevistarlo, ella encuentra algo que no cerraba en su historia. Al encontrar una amenaza que estaba grabada en el celular de Geary antes de que fuera asesinado, la detective llega a la conclusión de que Bellick asesinó su amigo y lo arresto por eso.

Es un agente de Asuntos Interior que investiga al agente Mahone tras las muertes de John Abruzzi y David "Tweener" Apolskis, pero se canceló abruptamente su investigación por un supervisor. Sullins parece tener un rencor serio con Mahone. Él reaparece en el episodio "Panamá" dónde el agente Wheeler lo presenta, como el director de Asuntos Interiores del FBI, a Benjamín Miles "C-Note" Franklin. Sullins hace un trato, con C-note, para soltarlo a cambio del testimonio contra Mahone. Después de que C-Note declaro, Sullins lo saco de la cárcel y le dio una nueva vida a él y a su familia. Después en la tercera temporada, Sullins aparece junto con la agente Lang, para hablar con Mahone y convencerle que testifique contra La Compañía en un juicio. Él al final se da cuenta que Mahone no puede testificar porque está poniéndose peor sin sus drogas para controlarse.