En el videojuego de Destroy All Humans! se presentan varios personajes, y estos son la mayoria de ellos.

Personajes Principales

Cryptosporidium

Cryptosporidium, conocido como Crypto, para abreviar, es el personaje principal de la serie. Un miembro de una especie exótica conocida como Furons, es un anti-héroe que disfruta sembrando el caos y la destrucción de la humanidad. Su nombre proviene de la microbiología de Cryptosporidium. El comandante de Crypto es Orthopox 13, que por lo general le da sus misiones.

Orthopox 13

Es el comandante y jefe de Crypto, que le da sus tareas en la invasion para el planeta tierra, es un científico Furon inteligente que le gusta experimentar en el ADN de la especie, y es el segundo comandante de la flota de alto nivel en toda la Armada Furon, también tiene implantes craneales en la cabeza, que se asemejan a los cuernos metálicos además, quedo incapacitado para caminar y se transporta con una silla flotante . Se encuentra en la nave nordiza furon pero en algunas ocasiones aparece con crypto con el holopox.

General Armquist

Líder de los militares estadounidenses, que es responsable por el secuestro de Cryptosporidium-136 y tiene un odio por furons (que él cree que son comunistas enanos). Camina con una leve cojera en su lado derecho y sus gestos parecen ser una parodia de los de Joseph McCarthy o el general MacArthur. Él lucha con Crypto en un robot gigante y es derrotado, y luego es asesinado por Crypto

Silhouette

Es el villano principal de Destroy All Humans!. Ella es una figura enmascarada sombra que parece ser líder de Majestic contra los furons. No se sabe mucho acerca de ella, sólo que Silhouette es un machista mujer que quiere dominar el mundo. También es muy ágil, que se muestra en la escena de apertura del nivel final y durante la batalla final. Crypto logra derrotarla con facilidad

Personajes Secundarios

• Presidente Huffman : Es el Presidente de los Estados Unidos. No ha sido revelado acerca de él en el juego, aunque si el jugador consigue escanear él, sus pensamientos se revelan a ser un poco sádicos. Parece ser algo basado en el presidente Harry S. Truman. Él es asesinado por Crypto, durante un discurso y posteriormente resucitado en forma de cyborg Roboprez. Luego Crypto toma su forma en el final del juego, luego de haber muerto.

• Alcalde: Dos alcaldes se ven en el juego: el alcalde de Rockwell y el alcalde de Santa Modesta. En ambas ciudades, el alcalde es un político popular que es fundamental en los planes de Crypto. El alcalde de Santa Modesta es asesinado por Crypto durante una fiesta en la piscina, y el otro es suplantado por Crypto en un discurso público.

• Miss Rockwell: Una atractiva concursante en elconcurso de belleza que aparece sólo en el nivel, la "La Mujer de la tierra es deliciosa", en Rockwell, y su nombre real no se da. En la misión, donde está presente, Crypto tiene que encontrar un ser humano que es inteligente y es más fácilmente controlable. Ella es secuestrada por Crypto y trajo de vuelta a la nave nodriza Furon. En el periódico al final de la misión, se afirma que fue enviada a un sanatorio.

• Roboprez: Es un arma Majestic super. Era ser un mecánico gigante, que había dentro el cerebro de Presidente Huffman, construido por Silhouette. Él se destruye en una pelea en Capitol City.

• Harold Turnipseed: Un agricultor que posee una granja en algún lugar en el norte de Georgia. Él es el primer ser humano que se mató en la serie.

• Martha Turnipseed: La esposa de Harold Turnipseed, el propietario de Turnipseed Farm. Ella fue testigo de la muerte de su esposo.