Un grupo de militares, científicos y civiles quedan atrapados en la nave lantiana Destiny, que esta a varios millones de años luz de la Tierra. Tras las heridas sufridas por el Coronel Young durante la huida, el Dr. Rush tratara de tomar el mando de la situación ayudado por el Teniente Scott y Eli Wallace. 

Tras la llegada a la nave, el equipo descubre que el sistema de soporte de vida esta defectuoso y que el oxígeno se acabara pronto. Entre todos deberán decidir cómo solventar los problemas que la defectuosa estructura de la nave esta generando. 

Scott, Wallace, Rush y varios miembros del equipo viajaran a un planeta desértico para encontrar la sustancia necesaria para reparar el sistema de soporte de vida. Además, Chloe Armstrong tendrá la oportunidad de ver a su madre. 

Las reservas de energía de Destiny están en un nivel crítico. Eventualmente los sistemas de la nave comienzan a fallar. Cuando todo parece perdido, la nave se dirige hacia tres planetas con posibilidad de ser habitables. Mientras tanto, Eli Wallace graba mensajes individuales de la tripulación en caso que no sobrevivan. 

La Destiny se encuentra en rumbo de colisión lo que lleva a la tripulación a una situación critica. Se plantea el uso de una cápsula de escape para aterrizar en uno de los planetas contiguos para averiguar si son habitables. Sin embargo, sólo diecisiete personas pueden viajar en ella, lo que hará que se planee una lotería para ver quien sube abandona la nave y quien no. 

Cuando el agua potable empieza a escasear en la nave, ésta encuentra un planeta helado dónde podrán reabastecerse. El coronel Young y el teniente Scott realizaran una peligrosa misión de reconocimiento para buscar el ansiado agua. 

La tripulación de la Destiny utilizara las piedras de comunicación Antiguas para permitir a algunos miembros de la tripulación volver a la Tierra para llevar a cabo un arriesgado plan que podría traer a la tripulación a casa. 

En un viaje a través del Stargate un equipo llegan aun planeta selvático donde encuentran un Kino con imágenes de ellos mismos que no se han grabado aún y en la que se alerta de un grave problema. 

Rush encontrará una silla semejante a la encontrada por el SG1 capaz de almacenar la informacion de la nave sobre y cómo tomar el control de la misma, sin embargo su utilización entrama un grave peligro que el Coronel Young no esta dispuesto a correr. Camile Wray y el teniente Scott visitarán la Tierra con las piedras de comunicación. Young descubre a su esposa con Telford. 

El Coronel Young cede el mando de la nave después de que se vea implicada su arma en el asesinato de uno de los miembros de la tripulación.