Desde la ascensión al trono hispánico de Carlos I, los Países Bajos fueron gobernados por un gobernador que a su vez era capitán general (salvo alguna excepción), cargo éste de naturaleza militar en contraposición al de virrey que se trataba de un cargo civil; y la explicación a este hecho se debe a la condición de plaza de armas de la Monarquía de los Países Bajos, es decir, por tratarse de un territorio en constante estado de guerra.

Cabe destacar que los Países Bajos españoles o reales fueron gobernados de forma ininterrumpida por un gobernador salvo durante el período 1598–1621 en el que, de acuerdo con lo estipulado en el testamento de Felipe II, éstos pasaron a los archiduques Isabel Clara Eugenia y Alberto de Austria en calidad de soberanos con la condición de que revertirían a la Monarquía Hispánica si se producía la muerte de alguno de los dos cónyuges sin que el matrimonio hubiese tenido descendencia, como así ocurrió con la muerte el 1621 del archiduque Alberto, momento en el que los Países Bajos pasaron a depender de la monarquía del nuevo rey, Felipe IV, quedando Isabel Clara Eugenia como gobernadora asistida por un grupo de consejeros de confianza elegidos desde la Corte de Madrid. A la muerte de la hija de Felipe II, fue nombrado como nuevo gobernador el hermano del rey, el cardenal-infante Fernando de Austria, que de camino a su nuevo puesto tuvo que enfrentarse a las fuerzas suecas que habían invadido Alemania en el contexto de la llamada Guerra de los Treinta Años, siendo protagonista de la victoria en la Batalla de Nördlingen.

Lista de gobernadores de los Países Bajos españoles

• Margarita de Austria (1516–1530)
• María de Hungría (1531–1555)
• Manuel Filiberto de Saboya (1555–1559)
• Margarita de Parma (1559–1567)
• Fernando Álvarez de Toledo y Pimentel, III Duque de Alba (1567–1573)
• Luis de Requesens y de Zúñiga (1573–1576)
• Juan de Austria (1576–1578)
• Alejandro Farnesio (1578–1592)
• Pedro Ernesto de Mansfeld, Conde de Mansfeld (1592–1594)
• Ernesto de Austria (1594–1595)
• Pedro Enríquez de Acevedo, Conde de Fuentes (1595–1596)
• Alberto de Austria, Cardenal (1596–1598)
  • Gobernado como soberanos por Isabel Clara Eugenia y Alberto de Austria (1598–1621)
• Isabel Clara Eugenia (1621–1633)
• Francisco de Moncada, Marqués de Aytona (interino) (1633–1634)
• Fernando de Austria, el «Cardenal-Infante» (1634–1641)
• Francisco de Melo, Marqués de Villanueva (1641–1644)
• Manuel de Moura y Corte-Real, segundo marqués de Castel Rodrigo (1644–1647)
• Leopoldo Guillermo de Habsburgo (1647–1656)
• Juan José de Austria (1656–1659)
• Luis de Benavides Carrillo, Marqués de Caracena (1659–1664)
• Francisco de Moura Corterreal, tercer marqués de Castel Rodrigo (1664–1668)
• Íñigo Melchor Fernández de Velasco, Duque de Feria (1668–1670)
• Juan Domingo de Zúñiga y Fonseca, Conde de Monterrey (1670–1675)
• Carlos de Gurrea Aragón y Borja, Duque de Villahermosa (1675–1678)
• Alejandro de Odoardo Farnesio, Duque de Parma (1678–1682)
• Otón Enrique, Marqués de Carreto (1682–1685)
• Francisco Antonio de Agurto, Marqués de Gastañaga (1685–1692)
• Maximiliano de Wittelsbach, Elector de Baviera como Maximiliano II Manuel de Baviera (1692–1702) (1ª vez)
• Isidoro de la Cueva y Benavides, Marqués de Bedmar (interino) (1702–1704)
• Maximiliano de Wittelsbach, Elector de Baviera como Maximiliano II Manuel de Baviera (1704–1706) (2ª vez)