Bahréin fue poblado desde tiempos prehistóricos. Su estratégica posición en el Golfo Pérsico ha hecho que fuera controlada e influenciada por los asirios, babilonios, griegos, persas y finalmente por los árabes, que convirtieron a sus habitantes al Islam. Bahréin fue conocida en tiempos antiguos como Dilmun, Tylos (nombre dado por los griegos), Awal o Mishmahig cuando fue parte del Imperio Persa.

Entre los años 894 y 977 las islas estuvieron bajo el gobierno de los cármatas, movimiento ismailí radical que sometió al terror a Iraq y Siria y llegó a masacrar a la población de La Meca.

Fueron ocupadas por Portugal en 1507. En el período de 1602 a 1783 pasaron a estar bajo la dependencia de Persia como un territorio con un gobierno ocasional. En 1783 es gobernada por la dinastía árabe de los al Khalifa ya como un jecato independiente separado de Persia. Debido a las pretensiones de Persia de recapturar las islas, se sometió en 1861 bajo protectorado británico, a cambio de protección y fue ratificado según los Tratados de 1880, 1892 y 1913. Aun así Irán reivindicó para sí la posesión del archipiélago, si bien renunció a sus pretensiones en 1970 y en 1980.

En 1932 se comienza a excavar pétroleo en la zona. En la década de 1950 comienzan a surgir movimientos de reivindicación nacionalista que reclamaban la independencia.

En 1968 Bahréin se integró en la Federación de Emiratos Árabes, aunque tres años después decidió independizarse, 14 de agosto de 1971, manteniéndose a la dinastía de los al Khalifa al frente del Estado, y el jeque asume el título de emir. Ese mismo mes se firmó un tratado de amistad con Gran Bretaña que retiró sus tropas de la región y en diciembre se firmó un nuevo tratado con los Estados Unidos de forma que la marina americana obtuvo permiso para instalarse en la base naval de al-Jufayr.

En junio de 1973 se promulgó una nueva constitución que dio lugar a la elección del primer parlamento democrático elegido por sufragio universal en el mes de diciembre. Pero, tras saltar un conflicto entre la asamblea y el Emir Isa bin Sulman al Khalifa justo un año después, se disolvió la asamblea nacional y se procedió a la detención de varias decenas de miembros de la oposición. La constitución fue suspendida y todos los poderes fueron asumidos por el Emir Isa bin Sulman al Khalifa.

En 1977 Estados Unidos evacuó la base naval de al-Jufayr. La revolución iraní repercutió en el país en la década de los 80 debido al efecto que producía un poder sunní sobre una población mayoritariamente chiíta, como consecuencia de este hecho, en 1981 se crea el clandestino Frente para la Liberación Nacional e Irán reivindica, de nuevo, algunas de las islas del emirato. Bahréin firmará entonces un acuerdo de defensa con Arabia Saudí y entrará a formar parte del Consejo de Cooperación del Golfo. En 1983 se permitió la formación de la organización parasindical de los Trabajadores del Petróleo.

En la década de 1990 creció la presión por reformas políticas, con protestas durante 1994 y 1995. En 1996, el gobierno detiene a 29 personas acusándolas de estar implicados en un complot para derrocar la monarquía e instaurar una república islámica, acusando a Irán de esta conspiración.

En 1999 el Emir Isa bin Sulman al Khalifa muere y su hijo Hamad bin Isa al Khalifa hereda el trono, permitiendo alcanzar una transición democrática en el país. En el 2002 el Emir asume el trono como Rey.