Jack, Kate y Sawyer empiezan a descubrir a qué se enfrentan como prisioneros de "Los Otros". 

El plan de Sayid de encontrar a Jack coloca a Jin y Sun en grave peligro. Mientras, Kate y Sawyer son obligados por sus captores a trabajar bajo duras condiciones. Ben le hace a Jack una tentadora oferta, difícil de rechazar. 

Se revelan los destinos de Locke, Desmond y Eko después de la implosión de la escotilla. Hurley llega al campamento contando qué ha ocurrido cuando Jack, Kate, Sawyer y él se encontraron con "los Otros". 

Sawyer descubre qué tan lejos pueden llegar sus captores en su cometido de frustrar sus planes de escape con Kate. Jack es sacado de su encierro con la tarea de salvarle la vida a uno de los Otros. Mientras, el comportamiento de Desmond empieza a confundir a los demás supervivientes cuando empieza a construir un extraño aparato. 

Eko comienza a tener alucinaciones que le hacen ver a su hermano muerto forzandolo a seguirlo al interior de la jungla, mientras Locke, Sayid, Nikki y Paulo van en busca de otra estacion Dharma para ver si pueden encontrar a los capturados por los otros. Al ultimo el grupo de Locke y Eko se juntan y hallan la estacion Dharma, ellos bajan y Eko decide quedarse afuera para luego ser asesinado a golpes por el Humo Negro. Mientras tanto, Jack no sabe en quién confiar cuando dos de los Otros discuten entre sí. 

Jack toma una decisión con respecto a la oferta de Ben. Kate no puede hacer nada cuando Pickett parece dispuesto a cumplir su amenaza de matar a Sawyer, y Locke descubre un mensaje secreto que podría ayudarle a desvelar los secretos de la isla. 

Jack tiene en su mano el destino de Ben. Mientras tanto, Kate y Sawyer encuentran a un aliado en uno de Los Otros. Juliet toma una decisión espantosa que podría poner en peligro su "categoría" con los demás. 

Despues de que Hurley y Charlie empiezana notar que Desmond se comporta de forma extraña, deciden emborracharlo para que les cuente la verdad y descubren que cuando Desmond giro la llave en la escotilla, su mente se translado hacia el pasado para despues dejarlo con con un extraño don que le hace ver el futuro, asi como tambien descubren que Desmond se conportaba de forma extraña para poder salvar la vida de Charlie. 

Un juego de energía sobreviene entre Jack y Los Otros mientras que el futuro de Juliet pierde el equilibrio. Mientras tanto, Kate, Sawyer y Karl continúan en su viaje, ya lejos del "Alcatraz". 

El descubrimiento de Hurley de un viejo y ruinoso coche en la isla le conduce en una misión de esperanza no solo para él, también para un amigo sobreviviente que necesita un poco de fe. Mientras tanto Kate y Sawyer se reúnen con el resto de sobrevivientes, pero Kate se siente mal por tener que dejar a Jack con "Los Otros". 

Locke, Sayid y Kate investigan una extraña estructura y a su habitante. Mientras que Sawyer compite en un juego de ping-pong para recuperar sus pertenencias. 

Claire sospecha de Charlie cuando éste muestra una actitud extraña al presentar ella una idea para ser rescatados. Se producen tensiones entre Sayid y Locke mientras planean un modo de rescatar a Jack. Se revela que Claire y Jack son medio hermanos. 

Ben ofrece a Locke los secretos de la isla cuando éste último está apunto de ejecutar un plan de destrucción contra Los Otros o algo relacionado con ellos. Kate descubre que Jack ha hecho un trato con éstos cuando finalmente se reúne con él. 

Nikki y Paulo aparecen muertos en extrañas circunstancias. Sawyer, Hurley, Charlie, Jin y Sun intentan desvelar el misterio. Al fin, Sun descubre la verdad sobre su último secuestro que se supone que fue realizado por Los Otros. 

Kate es forzada a quedarse en la selva con Juliet. Hurley le advierte a Sawyer de que deberá cambiar sus formas de actuar y su carácter o se verá destinado al destierro. 

Finalmente, Jack se reúne con los supervivientes, pero la alegría se tuerce cuando el grupo descubre que el doctor está acompañado de un Otro. Mientras, Claire cae enferma. 

Desmond convence a Hurley, Jin y Charlie a que lo sigan en un viaje por la selva. El flashback revela a Desmond siguiendo el camino de Dios. Mientras tanto una desanimada Kate va en busca de Sawyer después de ver a Jack y Juliet juntos. 

Sun accede a ser examinada por Juliet, tras descubrir que todas las mujeres de los Otros, que estaban embarazadas, morían antes de dar a luz. Desmond permite que se haga justicia, de una manera muy peculiar, para ayudar a salvar la vida de un nuevo y misterioso habitante de la isla. 

Locke se separa de Los Otros, para tratar de convencer a Sawyer, que le ayude a resolver un problema en común; un nuevo habitante de isla revela una información espantosa sobre el vuelo de los supervivientes. 

Poco a poco Ben introduce a Locke en los secretos de la isla, incluido el misterioso Jacob. El secreto de Juliet se hace público. Los flashbacks muestran la historia de Ben en la isla. 

Mientras Jack idea un plan para librarse de Los Otros de una vez por todas, Sayid descubre un error en el sistema de Los Otros que podría llevarles a ser rescatados. Pero necesita que Charlie acepte una peligrosa tarea que puede que haga realidad una de las premoniciones de Desmond. 

Charlie trata de abrir las comunicaciones de la isla, mientras Sayid, Bernard y Jin se enfrentan al asalto de Los Otros. Jack y sus compañeros unirán sus fuerzas para contactar con el barco de rescate de Naomi. La temporada acaba cuando Jack y Kate estan en el aeropuerto y Jack le grita que tienen que volver...