- Microsatélite
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SSR (Short Sequence Repeat) o STR (Short Tandem Repeat) por sus siglas en inglés, denominados microsatélites en castellano, son secuencias de ADN en las que un fragmento (cuyo tamaño va desde uno hasta seis nucleótidos) se repite de manera consecutiva. La variación en el número de repeticiones crea diferentes alelos.
Generalmente se encuentran en zonas no codificantes del DNA. Son neutros, co-dominantes y poseen una alta tasa de mutación, lo que los hace muy polimórficos. A pesar de esto, la variabilidad que presentan útil para su uso como marcadores moleculares, es respecto al número de repeticiones, no de la secuencia repetida. Son utilizados como marcadores moleculares en una gran variedad de aplicaciones en el campo de la genética como parentescos y estudios de poblaciones.
Contenido
Constitución
Un microsatélite esta típicamente conformado por un motivo repetitivo, en el cual se encuentra contenido la secuencia repetida, y dos regiones flanqueantes, las cuales se encuentran a ambos lados del motivo repetitivo. Sin embargo en algunos casos, pueden haber dos motivos repetitivos o más dentro de un microsatélite. Para que un microsatélite sea considerado útil como marcador molecular, toda la variación de la secuencia o polimorfismo debe hallarse dentro del motivo repetitivo, y por el contrario, las regiones flanqueantes deben estar altamente conservadas al punto de no presentar ninguna variación de secuencia.
Partiendo de esta hipótesis se diseñan primers o iniciadores (también llamados cebadores) es decir, fragmentos de ADN que tienen la misma secuencia que los extremos de las regiones flanquentes para poder amplificar (o producir un alto número de copias) un microsatélite a través de una PCR.
Los fragmentos así producidos son separados de acuerdo a su longitud en pares de base a través de una electroforesis en gel de agarosa. Partiendo de la hipótesis de que en un microsatélite sólo varía el número de repeticiones dentro del motivo repetitivo; fragmentos que tienen el mismo tamaño, así determinado por la Electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE), tienen la misma secuencia, de manera que todos los fragmentos de un mismo tamaño representarían un alelo.
Estos alelos se herederían de manera codominante, es decir, que en cada locus un individuo podría presentar uno o más alelos, dependiendo del número de juegos de cromosomas que posea. Por ejemplo, los humanos somos diploides, es decir, poseemos dos juegos completos de cromosomas y por lo tanto para un locus microsatélite podemos presentar un alelo (si ambos progenitores nos transmitieron alelos de la misma secuencia y tamaño) o dos alelos (si cada progenitor nos heredó un alelo de tamaño diferente).
Se ha probado que los microsatélites son versátiles marcadores moleculares, particularmente para los análisis poblacionales, pero no por ello se encuentran ausentes de limitaciones. Los microsatélites desarrollados para unas especies particulares pueden con frecuencia ser aplicadas a especies emparentadas, pero el porcentaje de loci que se amplifican satisfactoriamente puede disminuir cuando aumenta la distancia genética.
Clasificación
Los microsatélites se clasifica de acuerdo al número de nucleótidos que posea el motivo de repetición como: mono, di, tri, tetra, penta o hexanucleótido.
La clasificación también incluye el patrón de orden de los motivos:
- Puro o perfecto: Un solo motivo repetido n veces en serie. ej: (AC)9
- Puro interrumpido: Un solo motivo repetido n veces, donde se intercalan nucleótidos entre las distintas repeticiones. ej: (CA)2AA(CA)12
- Compuestos: Dos o más motivos repetidos en serie. ej: (GT)2(TG)10
- Compuestos interrumpidos: Al menos uno de sus motivos presenta nucleótidos intercalados. ej: (CT)4(GT)2CTAT(GT)15
- Complejos: Combinaciones entre cualquiera de las clases anteriores, sin ningún patrón de orden definido. ej: (ACC)8+TG+(GA)12+(TTA)5+GC+(TTA)4
Aplicaciones
Dado que los microsatélites están más o menos distribuidos a lo largo de todo el genoma de los eucariotas, aunque con baja frecuencia en las regiones codificantes y, quizás también en los telómeros,[a]La plantilla {{Note label}} está obsoleta, véase el nuevo sistema de referencias. y a sus particulares ventajas en cuanto a nivel de polimorfismo, bajo costo y codominancia, el uso de los microsatélites ha tenido un gran impacto en el estudio de la genética de animales, plantas y seres humanos desde su descubrimiento en 1989.[1] [2]
Pruebas de paternidad
El principio de las pruebas de paternidad utilizando marcadores moleculares consiste en la comparación del genotipo y/o fenotipo de la descendencia con el de sus progenitores. Como principio «mendeliano», uno de los alelos que presenta un individuo proviene del padre y el otro de la madre. En dicho análisis, al igual que la identificación individual, la identificación de l(os) testigo (s), tanto a nivel fenotípico como genotípico debe ser perfectamente conocida y concordante con la información obtenida en los análisis realizados al individuo.
El elevado polimorfismo que presentan los SSRs y la posibilidad de poder detectar ambos alelos los hace muy útiles para identificaciones individuales en humanos, ya que resulta muy poco probable que dos individuos elegidos al azar, si son analizados para una serie de marcadores, compartan todos sus alelos. Para seleccionar los marcadores a utilizar, estos deberían reunir las características descritas anteriormente y presentar además: alta variabilidad, herencia estable (baja tasa de mutación), elevada reproductividad y precisión, la no presencia de alelos «nulos», ser un procedimiento fácil, rápido, económico, potencialmente automatizable, que la información del genotipo pueda ser transferida rápidamente, que la fuente de ADN no esté limitada únicamente a muestras sanguíneas frescas ni a grandes cantidades de ADN y por último, presente una segregación independiente con otros marcadores al ser combinados en la prueba.Tradicionalmente, las pruebas de paternidad se han venido realizando principalmente a través de la tipificación sanguínea, incluyendo tanto pruebas serológicas como grupos sanguíneos (hemotipados); así como, análisis electroforéticos del polimorfismo de proteínas y enzimas sanguíneas (alozimas). Actualmente, esas pruebas han sido sustituidas por el uso de microsatélites.
La combinación de estos sistemas proporciona un 97% de probabilidad de detectar o asignar un padre o una madre correctos y cerca del 100% de probabilidad para un cruzamiento entre individuos El desarrollo de las metodologías de análisis de DNA, y especialmente la utilización de la técnica PCR para la tipificación de microsatélites, está modificando radicalmente el campo de la identificación individual no solo en humanos sino también en animales domésticos. Es por esta razón y dado el gran número de SSRs informados para distintas especies, que la Sociedad Internacional de Genética Animal (ISAG) y la Food and Agriculture Organization (FAO) han seleccionado y estandarizado diferentes microsatélites en las distintas especies de animales domésticas (bovinos, equinos, porcinos, caninos, ovinos, caprinos) con el fin de ser empleados para estudios de identificación y para trabajos sobre diversidad genética de razas domésticas.[3] [4] [5] [6] [7] [8]
Cartografía genética
Otra aplicación, de los microsatélites es la construcción de mapas de ligamiento más completos y detallados; así como la identificación de genes de interés (QTL´s). Todos los marcadores pueden ser utilizados para realizar mapas de ligamiento; sin embargo, se requiere, que los alelos se segreguen independientemente y que además puedan ser monitoreados a través del pedigrí. La descendencia puede ser informativa si los progenitores son doble heterocigotos en los loci analizados. Los loci situados en cromosomas distintos podrían recombinarse libremente durante la gametogénesis parental hasta un 50% (segregación independiente); mientras que, si se encuentran en el mismo cromosoma recombinarían con una frecuencia que oscila entre 0 a 50% dependiendo de la distancia en centimorgans (cM) presente entre ellos. Así, un mapa genético bien surtido de marcadores se convierte en una herramienta muy útil para identificar genes responsables de caracteres de interés. Se trata de buscar asociación entre varios alelos, en cualquiera de los marcadores, segregando en poblaciones que presentan el carácter de interés, para identificar regiones del genoma donde es más probable que se encuentre el gen responsable de ese carácter.[9] [10]
Notas
a. ↑ La plantilla {{Note label}} está obsoleta, véase el nuevo sistema de referencias. Su presencia en las regiones teloméricas se ha descrito asociada a enfermedades.[11] [12] [13] Sin embargo, aún se desconoce el significado funcional de estas secuencias, a pesar de que la hipótesis más aceptada apunta a que pueden estar relacionados con el empaquetamiento y la condensación del ADN en los cromosomas.[14]
Referencias
- ↑ Litt, M. y J. A. Luty. 1989. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene. American Journal of Human Genetics. 44: 397-401.
- ↑ Weber, J. L. y P. E. May. 1989. Abundant class of human DNA polymorphism which can be typed using the polymerase chain reaction. Am. J. Hum. Genet. 44: 388-396
- ↑ 33. Shieu YL, Bickel LA, Caetano AR, Millon LV, Clark RS, Eggleston ML, Michelmore R, Bailey E, Guérin G, Godard S, Mickelson JR, Valberg SJ, Murray JD, Bowling AT. A sinteny map of the horse genome comprised of 240 microsatellite and RAPD markers. Animal Genetics. 1999, 30:1-9.
- ↑ Bates S, Holm T, Van Haeringen H, Lange K, Ziegle J, Heyen D, Da Y, Lewin H. Exclusion probabilities of 22 bovine microsatellites markers in fluorescent multiplexes for automated parentage verification. Proceeding of the XXV International Society for Animal Genetics. 1996, 69.
- ↑ Bozzini M, Fantin D, Ziegle J, Van Haeringen H, Jacobs W, Ketchum M, Spencer M y Bates S. Automated equine paternity testing. Proceeding of the XXV International Society for Animal Genetics. 1996, 51.
- ↑ Wagner V, Schild TA, Geldermann H. Application of polymorphic DNA sequences to differentiate the origen of decomposed bovine meat. J Forensic Sci. 1994, 64: 89-95.
- ↑ G. Giovambattista, M.V. Ripoli, J.P. Lirón, M.E. Kienast, E.E Villegas Castagnaso, F.N. Dulout, P. Peral García. 2001. APLICACIÓN DE LAS TÉCNICAS DE POLIMORFISMO DE DNA EN LA RESOLUCIÓN DE CASOS DE ABIGEATO, IDENTIFICACIÓN INDIVIDUAL Y DETERMINACIÓN DE PATERNIDAD. ANALECTA VETERINARIA 2001; 21, 1: 5-11
- ↑ J. A. Aranguren-Méndez, R. Román-Bravo, W. Isea, Y. Villasmil, y J. Jordana. 2005 Los microsatélites (STR´s), marcadores moleculares de ADN por excelencia para programas de conservación: una revisión. Arch. Latinoam. Prod. Anim. 2005. 13(1): 1-6
- ↑ Cheng, H. H. y L. B. Crittenden. 1994. Microsatellite markers for genetic mapping in the chicken. Poultry Science. 73: 539-546.
- ↑ Cheng, H. H., I. Levin, R. L. Vallejo, H. Khatib, J. B. Dodgson, L. B. Crittenden y J. Hillel. 1995. Development of a genetic map of the chicken with markers of high utility. Poultry Science. 74: 1855-1874.
- ↑ Armour, J. A., R. Neumann, S. Gobert y A. J. Jeffreys. 1994. Isolation of human simple repeat loci by hybridization selection. Human Molecular Genetics. 3: 599-605.
- ↑ Hancock, J. 1999. Microsatellites and other simple sequence: genomic context and mutational mechanisms. En: Goldstein D., Schlotterer C. (eds.). Microsatellites evolution and applications, Oxford University Press, New York, pp. 1-10.
- ↑ Tautz, D. y C. Schlotterer. 1994. Simple sequences. Current Opinion in Genetics and Development. 4: 832-837
- ↑ Vanhala, T., M. Tuiskula-Haavisto, K. Elo, J. Vilkki y A. Maki-Tanila. 1998. Evaluation of genetic variability and genetic distances between eight chicken lines using microsatellite markers. Poultry Science. 77: 783-790
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