SIMAP

SIMAP

SIMAP

SIMAP (del inglés SImiliarity MAtrix of Proteins, o matriz de similitud de proteínas) es una base de datos de similitudes entre proteínas creada usando computación distribuida, y que es libremente accesible para propósitos científicos. SIMAP utiliza el algoritmo de FASTA para precalcular la similitud de las proteínas, mientras que otra aplicación utiliza modelos ocultos de Márkov para identificar dominios proteicos.

La base de datos ha sido completada, pero se actualizará para descubrimientos de nuevas proteínas.

Contenido

Plataforma de cómputo

SIMAP utiliza la plataforma de computación distribuída BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing, infraestructura abierta Berkeley para computación en red).

Algunas notas sobre el rendimiento de la aplicación:

  • Los tiempos de CPU sobre unidad de trabajo pueden variar bastante, encontrándose en el rango de entre 15 minutos y 3 horas.
  • Cada unidad de trabajo se encuentran entre 600 KB y hasta 1,35 MB, con la media alrededor de 1,20 MB.
  • SIMAP proporciona software cliente optimizado para procesadores con SSE (Streaming SIMD Extensions, extensiones SIMD para flujos) disponible. Para procesadores antiguos sin SSE también se proporcionan aplicaciones, pero requieren un detallado manual de instalación. Los sistemas operativos soportados por SIMAP son Linux, Windows, Mac OS y otras plataformas UNIX.
  • Puesto que la base de datos se ha completado, sólo habrá trabajo disponible en el futuro próximo de forma esporádica.

Referencias

Véase también

Enlaces externos

Obtenido de "SIMAP"

Wikimedia foundation. 2010.

Игры ⚽ Поможем написать курсовую

Mira otros diccionarios:

  • SIMAP — SIMAP@home Bereich: Biochemie Ziel: Berechnung der Ähnlichkeit von Proteinsequenzen und Speicherung in einer Datenbank Betreiber: GSF National Research Center for Environment and Health, Neuherberg TU München, Center of Life and Food Science,… …   Deutsch Wikipedia

  • SIMAP — sigla Servizio di Igiene Mentale e Assistenza Psichiatrica …   Dizionario italiano

  • SIMAP — Similarity Matrix of Proteins, or SIMAP, is a database of protein similarities created using distributed computing, which is freely accessible for scientific purposes. SIMAP uses the FASTA algorithm to precalculate protein similarity, while… …   Wikipedia

  • SIMAP — Similarity Matrix of Proteins Similarity Matrix of Proteins, ou SIMAP, est une base de données de similitude entre protéines et des domaines protéiniques. Celle ci rassemble toutes les séquences de protéines actuellement publiées et est… …   Wikipédia en Français

  • SIMAP@home — SIMAP Тип Распределённые вычисления Операционная система Кроссплатформенное ПО Аппаратная платформа x86 Последняя версия • simap (Windows): 5.10 • simap (Windows x64): 5.12 …   Википедия

  • SIMAP — • The Oil and Chemical Spill Impact and Assessment Model System …   Maritime acronyms and abbreviations

  • Sindicato de Médicos de Asistencia Pública — El Sindicato de Médicos de Asistencia Pública, abreviado SIMAP[1] es un sindicato de médicos que trabajan en la sanidad pública, siendo su ámbito territorial las tres provincias que forman la Comunidad Valenciana. Contenido 1 Historia 2… …   Wikipedia Español

  • Similarity Matrix of Proteins — Similarity Matrix of Proteins, ou SIMAP, est une base de données de similitude entre protéines et des domaines protéiniques. Celle ci rassemble toutes les séquences de protéines actuellement publiées et est continuellement mise à jour. Les… …   Wikipédia en Français

  • Anwesenheitsbereitschaft — Bereitschaftsdienst (in der Schweiz auch Pikettdienst genannt) ist die Zeitspanne, während der sich der Arbeitnehmer, ohne dass er unmittelbar am Arbeitsplatz anwesend sein müsste, sich für Zwecke des Betriebes an einer vom Arbeitgeber bestimmten …   Deutsch Wikipedia

  • Bereitschaftsdienst — (in der Schweiz auch Pikettdienst genannt) ist die Zeitspanne, während der sich der Arbeitnehmer, ohne dass er unmittelbar am Arbeitsplatz anwesend sein müsste, sich für Zwecke des Betriebes an einer vom Arbeitgeber bestimmten Stelle innerhalb… …   Deutsch Wikipedia

Compartir el artículo y extractos

Link directo
… Do a right-click on the link above
and select “Copy Link”