Un cebador o primer es una secuencia corta de ácido nucleico que contiene un grupo 3'hidroxilo libre que forma pares de bases con una hebra molde complementaria y actúa como punto de inicio para la adición de nucleótidos con el fin de copiar la hebra molde. Se necesitan dos para la reacción de PCR. uno en el extremo 3' y el otro complementario para la otra hebra. Son de aproximadamente 20 nucleótidos, por que es la cantidad necesaria para que probabilísticamente coincida en un sitio de la cadena de DNA

Descripción

Se trata de secuencias sintéticas de oligonucleótidos que son utilizadas para reconocer por apareamiento complementario secuencias blanco en ADN de plantilla (en inglés DNA template), que consiste generalmente en ADN genómico. Comúnmente un par de iniciadores son usados en PCR para definir los extremos del producto que se desea amplificar, y a partir de ellos la DNA polimerasa utilizada inicia la polimeración en dirección 5' - 3'. También son utilizados en reacciones de secuenciación de ADN, donde se utiliza solo un iniciador sobre una concentración relativamente alta de ADN blanco, para polimerizar cadenas sencillas de diferente tamaño truncadas por dideoxinucleótidos (método de secuencia de Sanger) y así determinar las secuencia de bases nitrogenadas.

Como ejemplo si tenemos la siguiente secuencia de ADN de cadena doble a partir de la cual pretendemos amplificar por PCR un fragmento cuyos límites están indicados por el símbolo de mayor o menor, los primers a utilizar podrían ser como los siguientes:

                                 iniciador reverso (en inglés reverse primer)
                                                     3’-gaccaggacgctagat<-5’
    ...5'-aggaggcgagatgtcgagtcggatcgaccagagcgacccacacaggaccaggacgctagatcga-3'...
    ...3'-tcctccgctctacagctcagcctagcaggtctcgctgggtgtgtcctggtcctgcgatctagct-5'...    
              5’->gaggcgagatgtcgga-3’ 
 iniciador hacia adelante (en inglés forward primer) 

                  +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ <-Secuencia amplificada

Nótese la direccionalidad del oligo, que corresponde a la situación química del azúcar y el grupo fosfato en la base nitrogenada final e inicial. La DNA polimerasa incorpora nucleótidos en dirección 5'-3'. Más detalles en el artículo PCR. Este es un ejemplo para mostrar el fundamento del funcionamiento de los iniciadores, y como tal, no hay sido considerados aspectos del diseño del iniciador como termodinámica del apareamiento, especificidad de la amplificación o interferencia de reacciones de interacción entre primers o intramoleculares (estructuras como bucles internos en la misma cadena).

Para calcular las secuencias óptimas de los iniciadores considerando estos aspectos mencionados anteriormente, se suelen utulizar algoritmos que calculen dichos factores conjuntamente y deducir la secuencia que probablemente apareará más eficientemente con el ADN blanco. Existen servicios gratuitos online [[1]] o softwares comerciales que permiten realizar dichos análisis.