Desde su fundación en 1843 han ocupado el cargo de Rectores de la Universidad de Chile, electos por la comunidad universitaria (salvo entre 1973-1990), las siguientes personas (se indica entre paréntesis el período durante el cual se extendió cada mandato):

Lista de rectores

Andrés Bello, primer rector de la Universidad de Chile.

1843-1973

• Andrés Bello (1843-1865)
• Manuel Antonio Tocornal (1866-1867)
• Ignacio Domeyko (1867-1883)
• Jorge Huneeus Zegers (1883-1888)
• José Ignacio Vergara (1888-1889)
• José Joaquín Aguirre (1889-1893)
• Diego Barros Arana (1893-1897)
• Diego San Cristóbal (1897-1900)
• Manuel Barros Borgoño (1901-1903)
• Osvaldo Rengifo (1903-1906)
• Valentín Letelier (1906-1911)
• Domingo Amunátegui Solar (1911-1923)
• Gregorio Amunátegui Solar (1923-1924)
• Ruperto Bahamonde (1924-1926)
• Francisco Mardones (1926)
• Claudio Matte (1926-1927)
• Carlos Charlín Correa (1927)
• Daniel Martner (1927-1928)
• Javier Castro Oliveira (1929)
• Armando Quezada Acharán (1929-1930)
• Gustavo Lira (1930-1931)
• Pedro León Loyola (1931)
• Armando Larraguibel (1931)
• Pedro Godoy (1931-1932)
• Juvenal Hernández Jaque (1933-1953)
• Juan Gómez Millas (1953-1963)
• Eugenio González Rojas (1963-1967)
• Ruy Barbosa (1967-1969)
• Edgardo Boeninger (1969-1973)

La elección del Rector, según la ley del 19 de noviembre de 1842 que crea la Universidad de Chile, se efectuaba por el Claustro Pleno de profesores que elevaba una terna con la propuesta a los cargos de Rector y Secretario General de la Universidad ante el Presidente de la República de la cual escogía el nombre para los cargos respectivos. La duración del mandato del rector era de 5 años con posibilidad de reelección. El mecanismo de elección se mantuvo con la ley del 9 de enero de 1879 sobre instrucción secundaria y superior. En abril de 1927 el Ministro de Educación dispuso de las facultades extraordinarias para reorganizar la Universidad y nombrar sus autoridades. Dicho estado cambia con la promulgación de la Ley N° 280 del 20 de mayo de 1931, que fijó el Estatuto Orgánico de la Universidad de Chile que restablece y normaliza la forma de elección sobre la base de las leyes de 1842 y 1879, reuniendo el Claustro Pleno en 1933 para proceder a la elección de rector.

Entre 1967 y 1968 y como resultado de la reforma universitaria la elección del rector se efectúa por un Claustro Universitario integrado por representantes del los profesores, estudiantes y funcionarios de la Universidad, cada uno con voto ponderado que elige al Rector y el Secretario y elabora las respectivas ternas para presentar ante el Presidente de la República.

1973-1990: «Rectores delegados»

Rectores designados por el Régimen Militar, sin participación de la comunidad académica, según Decreto de Ley Nº 50 del 2 de octubre de 1973.

• General del Aire César Ruiz Danyau (1973-1975)
• General de la FACH Agustín Rodriguez Pulgar (1975)
• Coronel (J) de la FACH Julio Tapia Falk (Diciembre de 1975 - Marzo de 1976)
• General de Ejército Agustín Toro Dávila (1975-1981)
• General de Ejército Alejandro Medina Lois (1981-1982)
• General de Ejército Roberto Soto Mackenney (1982-1987)
• José Luis Federici (1987)
• Juan de Dios Vial Larraín (1987-1990)
• Marino Pizarro (1990)

1990-

• Jaime Lavados Montes (1990 – 1998)
• Luis Riveros Cornejo (1998 - 2006)
• Jorge Litvak Lijavetzky (s) (2006)
• Víctor Pérez Vera (2006 - )

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