Jack y Ben comienzan a buscar a los Seis de Oceanic con el fin del reunirlos y regresar a la isla. Mientras tanto, Sayid saca a Hurley del psiquiátrico y tratan de ocultarse, pero pronto son atacados y el iraquí cae dormido por un dardo. Los supervivientes que se quedaron en la isla comienzan a dar saltos en el tiempo después de que Ben la moviera. 

Hurley lleva al inconsciente Sayid a su casa tratando de huir de la policía, que les perseguía después de haber matado a sus atacantes en el piso de seguridad. Mientras tanto, Kate y Aaron continúan su huída de los abogados y visitan a Sun. Los supervivientes de la isla son atacados por fuerzas desconocidas. 

Tras recordar que Daniel Faraday le había dicho en la isla que buscara a su madre, Desmond va a la Universidad de Oxford para encontrarla. En su antiguo laboratorio, Desmond encuentra una foto de Faraday con una mujer joven y decide visitarla con el fin de encontrar respuestas; no obstante, ella está en coma y su hermana le informa a Desmond que su suegro, Charles Widmore, estaba subvencionando la investigación de Faraday. En Industrias Widmore, Charles le indica donde se encuentra la madre de Faraday y le aconseja que se mantenga alejado del asunto. Mientras tanto, los supervivientes que se quedaron en la isla descubren que están en 1954 y que sus atacantes son "los Otros" de aquella época, quienes les habían confundido con soldados estadounidenses que venían a recuperar una bomba de hidrógeno llamada Jughead. 

Kate intenta hacer un trato con el abogado que le pidió muestras de sangre para confirmar su parentesco con Aaron y junto a Jack le persiguen hasta el domicilio de su cliente. Este resulta ser la madre de Claire, pero finalmente descubren que compartía abogado con Ben, quien fue en realidad el que pidió las muestras de sangre. Los dramáticos cambios en el tiempo ponen las vidas del resto de supervivientes en la isla en peligro. 

Sun sigue a Ben para complir su venganza y se entera que Jin no esta muerto, Kate se da cuenta de los planes de Ben para volver a la isla y se va con Aaron. Ben le propone a Sun llevarla a un lugar en donde puede entregarle una prueba de vida de su esposo. Jin viaja de flash en flash (en uno de esos se encuentra con Danielle cuando llego a la isla embarazada) Finalmente se encuentra con Sawyer. Junto con el resto idean un plan para llegar a "la Orquídea". Charllote sigue teniendo ataques por los flashes y finalmente muere 

La forma de regresar a la isla es revelada a los miembros de los 6 de Oceanic, pero antes se presentan problemas, ya que no todos desean volver. Aunque luego Kate decide dejar a Aaron y acompañar a Jack de regreso a la isla, Hurley también aparece en el aeropuerto para dirigirse a la isla, Sayid sorpresivamente acompañado y esposado por una policía aparece para subir al mismo avión que todos los demás. Ben luego aparece subiendo el avión. Otra sorpresa es que el avión es pilotado por Frank Lapidus (el piloto del helicóptero de rescate con el que los 6 de Oceanic escaparon). Después todos llegan a la isla repentinamente durante el vuelo (sin explicación hasta el momento de si fue un accidente) y más tarde se ve cómo Jack, Kate y Hurley se encuentran con Jin (que conduce un vehículo Dharma) en la isla. 

Locke, que sobrevive después del accidente del vuelo 316 en la isla, es interrogado por el resto de supervivientes y encuentra a Ben entre los heridos del accidente. En el flashback, Locke es ayudado por Charles Widmore y Matthew Abaddon para llevar a cabo la misión de reunir a los 6 de Oceanic y devolverlos a la isla. Finalmente Locke intenta suicidarse, aunque es Ben el que al final le asesina. 

Sawyer se hace llamar Sr. LeFleur, están trabajando para La Iniciativa Dharma y siguen esperando a que llegue John Locke. Amy una mujer de Dharma a la cual antes le habían salvado la vida esta esperando un bebe y esta a punto de dar a luz, se presentan problemas a la hora del parto y Sawyer busca a Juliet que esta trababajando de mecánica para que ayude a Amy a tener a su bebe, ella lo logra Amy tiene un varón, Sawyer celebra una cena romántica con Juliet, se besan y se dicen que se aman, al amacener Sawyer recibe una llamada de Jin la cual lo sorprende. 

Jin y Sawyer se encuentran con Kate, Jack y Hurley, sin embargo no hay registros de que un avión se haya estrellado. Buscando a Sun, Jin se encuentra con Sayid, al que encarcelan. Por otro lado, Sun junto con Frank se encuentran con Cristian que les muestra una foto de 1977 en la que están sus amigos y se dan cuenta de que ellos están treinta años en el pasado. En el momento de tomar la foto, el grupo dice en coro "námaste" que significa ‘te hago reverencias’. 

En 1977, Sayid no coopera con Sawyer, quien tuvo que ser llevado donde el torturador de la Iniciativa (razón por la cual Sawyer le dice "él es nuestro tú"), quien le suministra oralmente un suero para que hable con la verdad. Los miembros de la Iniciativa Dharma deciden eliminar a Sayid, pero éste es liberado por Ben (el adolescente) para que se una a Los Otros. 

Luego de que Sayid escapara, Ben es llevado por Jin a Dharmaville para ser tratado de su herida de bala. La situación empeora cuando Jack se niega a ayudar, y Sawyer y Kate hacen algo contra las reglas que podría salvar la vida del joven Ben. En flashbacks, se revela donde dejó Kate a Aaron. 

Ben, Locke, y Sun viajan al Templo para que Ben sea juzgado por el Monstruo. En los flashbacks, descubrimos los orígenes de la problemática relación entre Widmore y Ben y qué pasó con Penny y Desmond antes de que Ben embarcara el Vuelo 316. 

Miles es encomendado en la misión de transportar a una persona que ha muerto de una extraña manera hasta La Orquidea. En el camino, le cuenta a Hurley que ha descubierto que su padre es el Dr. Pierre Chang, el mismo que aparecía en las cintas de orientación de la Iniciativa Dharma. A la noche del día siguiente, el Dr. Chang le pide a Miles que lo acompañe a recibir a los nuevos reclutas que han llegado a la isla en el submarino, uno de esos reclutas resulta ser Daniel Faraday, el físico. 

De regreso en la isla, Faraday les explica a los demás que debe encontrar a su madre, que pertenecía a Los Otros, pues ella puede ayudarlos a regresar a donde pertenecen. Ya en la jungla, Faraday les dice a Jack y Kate que ha descubierto cómo evitar el famoso “incidente”, y evitar de este modo la cadena de acontecimientos posteriores, como el accidente del Oceanic 815. Esto lo conseguirá detonando una bomba de hidrógeno. Una vez en el campamento de Los Otros, Faraday recibe un disparo mortal de parte de su propia madre. Paralelamente, en el campamento Dharma, comienzan a surgir fuertes sospechas contra Sawyer y Juliet. 

En el campamento de Los Otros, Eloise se da cuenta de que a quien acaba de matar es su hijo venido del futuro, por lo que decide ayudar a Jack y llevarlo hasta donde está enterrada la bomba de hidrógeno. Paralelamente, en el campamento Dharma, el Dr. Chang ordena la evacuación de la isla, tal como le había recomendado Faraday. Sawyer, Juliet y Kate son puestos en el submarino. Por otra parte, en 2007, Locke, convertido en el nuevo líder de Los Otros se dirige junto a su gente a encontrarse con Jacob “para matarlo”. 

En 1977, Jack consigue llevar el núcleo de la bomba hasta “El Cisne”, lugar donde ocurrirá el “incidente”. Juliet, Sawyer y Kate regresan del submarino para ayudarlo. Paralelamente, en 2007, Ben mata a Jacob por indicación de Locke. En momentos en que esto ocurre aparece Ilana (la mujer del avión que utilizaron Hurley y los demás para regresar a la isla) portando una caja que contiene el cadáver de Locke, por lo que vemos que el que está dentro no es Locke sino el enemigo de Jacob, que ha encontrado el resquicio y ha logrado matarlo. En los flashbacks, en tanto, vemos como Jacob ha estado presente en varios momentos de la vida de los sobrevivientes del Oceanic 815. La escena final vuelve a 1977: Jack arroja la bomba pero aparentemente no logra evitar el incidente, los objetos metálicos son atraídos fuertemente hacia la fuente electromagnética y uno de ellos arrastra a Juliet al fondo de la excavación, lugar donde aparentemente consigue hacer detonar la bomba…