El Vuelo 815 de Oceanic Airlines, un avión comercial que volaba de Sídney a Los Ángeles, sufre turbulencias durante el viaje y se estrella en la costa de una isla tropical del Pacífico Sur con un total de cuarenta y ocho supervivientes. Jack Shephard, Kate Austen y Charlie Pace emprenden una expedición a través de la selva para encontrar la cabina del Vuelo 815 con el fin de enviar una señal de socorro mediante el transceptor del avión. En ella se encuentran con el piloto, quien había sobrevivido al accidente, pero pronto es asesinado por un misterioso monstruo. Los flashbacks muestran a Jack en el avión antes de estrellarse. 

En una misión para pedir ayuda, Sayid intenta enviar una señal de rescate en el mismo instante que recibe una misteriosa transmisión francesa. Sawyer le dispara a un oso polar en la selva. 

En un intento de salvar la vida del Marshal, Jack descubre un impactante secreto acerca de Kate, mientras que la vida del Marshal pende de un hilo. Michael le advierte a Walt que se aleje de Locke, quien cree que es "especial". Jack se ve obligado a matar al Marshall después de que Sawyer falla el disparo. 

Cuando la comida de reserva del avión se acaba, Locke se ofrece como voluntario para cazar un jabalí salvaje. Mientras tanto, Claire y Sayid deciden hacer una ceremonia en memoria de los fallecidos. Se revela que Locke era paralítico y que la isla le curó. 

Deshidratado y tras mucho tiempo sin dormir, Jack debe tomar una decisión como líder de sus compañeros supervivientes, mientras sufre alucinaciones en las que ve a su padre muerto. Al final gracias a las alucinaciones Jack encuentra unas cuevas de donde se puede tomar agua potable. 

Sun revela un secreto impactante a Michael después de ser atacado por Jin. Locke se entera de la drogadicción de Charlie. Los supervivientes discuten si deben quedarse en la playa o irse a las cuevas. 

Locke ayuda a Charlie con su problema de drogadicción. Sayid intenta triangular la transmisión francesa. Jack se decide a dejar la playa y se traslada al santuario de las cuevas recién encontradas, a sólo metros de distancia. 

Sayid se ve obligado a torturar a Sawyer, porque no quiere dar una medicina que puede salvarle la vida a Shannon y una ves toruturado descubren que el nunca tuvo la medicina. Charlie intenta persuadir a Claire para irse a las cuevas. 

Una misteriosa mujer toma prisionero a Sayid, y le cuenta una escalofriante verdad acerca de la isla. Hurley construye un campo de golf, para rebajar el estrés de los supervivientes. 

Claire sufre unas pesadillas que la hacen pensar que su hijo está en peligro. Hurley realiza un censo a los supervivientes y descubre la verdad acerca de uno de ellos. 

Tras el secuestro de Charlie y Claire, los supervivientes tratan de encontrarlos, aunque se llevan una gran sorpresa al encontrar algo más. 

Cuando Sawyer y Kate encuentran un maletín de metal, Kate hace lo imposible por quedárselo. Rose intenta animar a Charlie, que está deprimido, y Sayid le pide ayuda a Shannon para traducir el mapa de Danielle. 

Boone se cuestiona el tiempo que ha pasado en su vida cuidando de su hermana, porque aparentemente Locke los pone a ambos en peligro. Los demás supervivientes reflexionan sobre lo que piensan de Locke. 

Michael castiga a Walt, que ha estado practicando lanzamiento de cuchillos con Locke, y le pide ayuda para buscar entre los escombros el material necesario para construir una balsa. De repente, la vida de Walt se encuentra en peligro cuando una bestia lo persigue hasta la selva y Michael se ve enla necesidad de pedirle ayuda a Locke. 

Claire vuelve, y mientras Ethan se detiene al no poder hacer nada para hacerla volver, Charlie y los demás supervivientes están decididos a defenderse. 

Sawyer, con la ayuda de Kate, persigue luego a un jabalí que cree que lo está molestando. Hurley le pide ayuda a Sayid cuando se entera de que Charlie está comportándose de manera extraña. 

Cuando Jin es culpado de quemar la balsa, Sun debe revelar su secreto a los demás supervivientes. La relación entre Sayid y Shannon comienza a florecer. 

Hurley va a buscar a Danielle cuando reconoce una serie de números que ella escribió, aparentemente, haciendo que Jack, Sayid y Charlie vayan tras él. Locke le pide ayuda a Claire para construir un objeto desconocido. 

La visión de Locke lo envía a él y a Boone a la selva para buscar una forma de abrir la escotilla, llevándolo a fatales consecuencias. Kate le pide a Jack que ayude a Sawyer con sus jaquecas. 

Mientras Jack intenta salvar la vida de Boone, Claire da a luz, forzando a Kate a actuar como matrona. Sayid sorprende a Shannon con un dato romántico de la playa. 

Locke aparece en el funeral de Boone, aumentando la tensión entre Jack y él. Shannon le pregunta a Sayid para vengarse por la muerte de su hermano, forzándolo a decidir entre su amor o sus morales. 

Cuando Michael cae enfermo por envenenamiento, todos sospechan de Kate. Locke le muestra la escotilla a Jack y a Sayid, quienes tienen maneras diferentes de decidir que hacer con ella. 

Rousseau le advierte a los supervivientes acerca de que "Los Otros" vendrá a su campamento, llevando al grupo a creer que la escotilla es el lugar más seguro para quedarse. La balsa está lista para zarpar. 

Jack, Kate, Hurley, y Locke se arrepienten al intento de explotar la escotilla para abrirla. Danielle secuestra el bebé de Claire, haciendo que Charlie y Sayid vayan tras ella. Los supervivientes de la balsa tienen un extraño encuentro, que lleva a un desenlace fatal. Jack, Locke, Kate y Hurley están detrás de la Roca Negra y explotan la escotilla, consiguiendo abrirla. 

Cuando Jack, Kate y Locke investigan la escotilla abierta, encuentran un hombre que vivía dentro de ella, quien cree que ellos son alguien más. Shannon tiene un misterioso encuentro en la selva. 

Michael y Sawyer (quien está lesionado) tratan de sobrevivir al peligro del océano, mientras no pueden encontrar a Jin y Walt en ningún lado. El misterio de la escotilla se resuelve. 

Jack y Locke descubren el propósito de la escotilla. Michael, Sawyer, y Jin son capturados por personas que creen que son "Los Otros". 

Hurley sufre dificultades con una tarea asignada al interior de la escotilla. Michael, Sawyer y Jin descubren que sus captores son en efecto otros supervivientes del vuelo 815 de Oceanic. 

Jin y Eko continúan la búsqueda de Michael que se ha ido en busca de Walt. Preocupada por la vida de su esposo, Sun busca su anillo de compromiso que ha perdido. 

Shannon ve a Walt por la isla en repetidas ocasiones y comienza a buscarlo. Con Sawyer cerca de la muerte, Ana Lucía y el grupo de la cola del avión llegan al cpamento de los otros supervivientes. 

Los 48 días después del accidente son renarrados desde el punto de vista de los otros supervivientes, que fueron atacados repetidamente por los otros. 

La llegada de los otros supervivientes al campamento finalmente se produce pero por un malentendido todo acaba en una tragedia. 

Kate piensa que se está volviendo loca mientras atiende a un herido Sawyer. Locke y Eko descubren más sobre Dharma, y Michael recibe un inesperado mensaje en el ordenador. 

Eko le pide a Charlie que le guía hasta el aeroplano que transportaba droga. Claire pierde la confianza en él al descubrirse que seguía ocultando droga. 

Michael abandona a los supervivientes para ir en busca de su hijo. Jack, Locke y Sawyer lo persiguen, pero encuentran una sorpresa inesperada en la jungla. 

Charlie sueña que la vida de Aaron peligra, y que sólo el bautismo puede salvarlo. Por otra parte, Sawyer ayuda a Hurley en su relación con Libby. 

Cuando Sun es atacada, la tensión entre los supervivientes se acentúa y surge una lucha interna por el control de las armas. 

Rousseau encuentra en la selva a un hombre que parece ser un otro. Locke y Sayid se ponen de acuerdo para intentar sonsacarle información, pero todo acaba en una macabra tortura. 

Cuando Aaron se pone enfermo, Claire, junto con Kate y Rousseau, va en busca del lugar donde ella fue llevada durante su secuestro para buscar medicamentos. Jack y Locke discuten sobre lo que deben hacer con su prisionero. 

Sun cree que puede estar embarazada. Ana Lucía parte con Sayid en busca del supuesto globo que respaldaría la coartada de Henry Gale, el prisionero. 

Cuando la escotilla entra en estado de alerta repentinamente, Locke es atrapado por una compuerta y sólo Henry puede pulsar las teclas. La búsqueda del globo finaliza con sorprendentes resultados. 

Hurley sufre alucinaciones que le hacen comer y comer, e incluso intentar suicidarse, y es ayudada por Libby a superarlas. Locke comienza a tener dudas sobre el funcionamiento de la escotilla. 

Rose está opuesta completamente al plan de Bernard de crear una gigantesca señal de SOS. Jack y Kate parten para negociar sobre la devolución de Henry a cambio de Walt. 

Jack y Kate transportan a un exhausto Michael al campamento, quien da noticias sobre la realidad de los otros. Ana Lucía es atacada por Henry Gale y piensa en matarlo, y Hurley prepara su cita con Libby. 

El Sr. Eko le pide ayuda a Locke para encontrar un lugar secreto, el cual él cree, tiene todas las respuestas a los misterios de la isla. Mientras tanto, Jack y los otros supervivientes intentan arreglárselas con la terrible situación en la escotilla. 

Michel está determinado y convence a Jack y a varios supervivientes de que lo ayuden a rescatar a Walt de "los Otros". Mientras tanto, Charlie lidia con la decisión de Eko de dejar la construcción de la iglesia. Al mismo tiempo habrá una respuesta a la pregunta de en dónde estuvo Michael y una resolución para él y Walt. 

Luego de descubrir algo muy extraño en la costa, a Jack y a Sayid se les ocurre un plan para confrontar a "Los Otros". 

Eko y Locke se pelean debido a la decisión de Locke con respecto al "botón" y a la escotilla. Desmond regresa y trae algo más de luz acerca de la experiencia de él en la isla en los últimos tres años. 

Jack, Kate y Sawyer empiezan a descubrir a qué se enfrentan como prisioneros de "Los Otros". 

El plan de Sayid de encontrar a Jack coloca a Jin y Sun en grave peligro. Mientras, Kate y Sawyer son obligados por sus captores a trabajar bajo duras condiciones. Ben le hace a Jack una tentadora oferta, difícil de rechazar. 

Se revelan los destinos de Locke, Desmond y Eko después de la implosión de la escotilla. Hurley llega al campamento contando qué ha ocurrido cuando Jack, Kate, Sawyer y él se encontraron con "los Otros". 

Sawyer descubre qué tan lejos pueden llegar sus captores en su cometido de frustrar sus planes de escape con Kate. Jack es sacado de su encierro con la tarea de salvarle la vida a uno de los Otros. Mientras, el comportamiento de Desmond empieza a confundir a los demás supervivientes cuando empieza a construir un extraño aparato. 

Eko comienza a tener alucinaciones que le hacen ver a su hermano muerto forzandolo a seguirlo al interior de la jungla, mientras Locke, Sayid, Nikki y Paulo van en busca de otra estacion Dharma para ver si pueden encontrar a los capturados por los otros. Al ultimo el grupo de Locke y Eko se juntan y hallan la estacion Dharma, ellos bajan y Eko decide quedarse afuera para luego ser asesinado a golpes por el Humo Negro. Mientras tanto, Jack no sabe en quién confiar cuando dos de los Otros discuten entre sí. 

Jack toma una decisión con respecto a la oferta de Ben. Kate no puede hacer nada cuando Pickett parece dispuesto a cumplir su amenaza de matar a Sawyer, y Locke descubre un mensaje secreto que podría ayudarle a desvelar los secretos de la isla. 

Jack tiene en su mano el destino de Ben. Mientras tanto, Kate y Sawyer encuentran a un aliado en uno de Los Otros. Juliet toma una decisión espantosa que podría poner en peligro su "categoría" con los demás. 

Despues de que Hurley y Charlie empiezana notar que Desmond se comporta de forma extraña, deciden emborracharlo para que les cuente la verdad y descubren que cuando Desmond giro la llave en la escotilla, su mente se translado hacia el pasado para despues dejarlo con con un extraño don que le hace ver el futuro, asi como tambien descubren que Desmond se conportaba de forma extraña para poder salvar la vida de Charlie. 

Un juego de energía sobreviene entre Jack y Los Otros mientras que el futuro de Juliet pierde el equilibrio. Mientras tanto, Kate, Sawyer y Karl continúan en su viaje, ya lejos del "Alcatraz". 

El descubrimiento de Hurley de un viejo y ruinoso coche en la isla le conduce en una misión de esperanza no solo para él, también para un amigo sobreviviente que necesita un poco de fe. Mientras tanto Kate y Sawyer se reúnen con el resto de sobrevivientes, pero Kate se siente mal por tener que dejar a Jack con "Los Otros". 

Locke, Sayid y Kate investigan una extraña estructura y a su habitante. Mientras que Sawyer compite en un juego de ping-pong para recuperar sus pertenencias. 

Claire sospecha de Charlie cuando éste muestra una actitud extraña al presentar ella una idea para ser rescatados. Se producen tensiones entre Sayid y Locke mientras planean un modo de rescatar a Jack. Se revela que Claire y Jack son medio hermanos. 

Ben ofrece a Locke los secretos de la isla cuando éste último está apunto de ejecutar un plan de destrucción contra Los Otros o algo relacionado con ellos. Kate descubre que Jack ha hecho un trato con éstos cuando finalmente se reúne con él. 

Nikki y Paulo aparecen muertos en extrañas circunstancias. Sawyer, Hurley, Charlie, Jin y Sun intentan desvelar el misterio. Al fin, Sun descubre la verdad sobre su último secuestro que se supone que fue realizado por Los Otros. 

Kate es forzada a quedarse en la selva con Juliet. Hurley le advierte a Sawyer de que deberá cambiar sus formas de actuar y su carácter o se verá destinado al destierro. 

Finalmente, Jack se reúne con los supervivientes, pero la alegría se tuerce cuando el grupo descubre que el doctor está acompañado de un Otro. Mientras, Claire cae enferma. 

Desmond convence a Hurley, Jin y Charlie a que lo sigan en un viaje por la selva. El flashback revela a Desmond siguiendo el camino de Dios. Mientras tanto una desanimada Kate va en busca de Sawyer después de ver a Jack y Juliet juntos. 

Sun accede a ser examinada por Juliet, tras descubrir que todas las mujeres de los Otros, que estaban embarazadas, morían antes de dar a luz. Desmond permite que se haga justicia, de una manera muy peculiar, para ayudar a salvar la vida de un nuevo y misterioso habitante de la isla. 

Locke se separa de Los Otros, para tratar de convencer a Sawyer, que le ayude a resolver un problema en común; un nuevo habitante de isla revela una información espantosa sobre el vuelo de los supervivientes. 

Poco a poco Ben introduce a Locke en los secretos de la isla, incluido el misterioso Jacob. El secreto de Juliet se hace público. Los flashbacks muestran la historia de Ben en la isla. 

Mientras Jack idea un plan para librarse de Los Otros de una vez por todas, Sayid descubre un error en el sistema de Los Otros que podría llevarles a ser rescatados. Pero necesita que Charlie acepte una peligrosa tarea que puede que haga realidad una de las premoniciones de Desmond. 

Charlie trata de abrir las comunicaciones de la isla, mientras Sayid, Bernard y Jin se enfrentan al asalto de Los Otros. Jack y sus compañeros unirán sus fuerzas para contactar con el barco de rescate de Naomi. La temporada acaba cuando Jack y Kate estan en el aeropuerto y Jack le grita que tienen que volver... 

Después de descubrir que el carguero no ha sido enviado por Penny, los supervivientes se dividen en dos grupos liderados por Jack y Locke respectivamente. Los flashforward revelan que Hurley es uno de los Seis de Oceanic, un grupo formado por seis supervivientes del accidente del vuelo 815 de Oceanic, entre los que se incluyen también Jack y Kate, que han conseguido escapar de la isla. Mientras que en el tiempo real un extraño peronaje cae desde un helicoptero y les dice que los va a salvar. 

Los supervivientes empiezan a preguntarse las intenciones del equipo de rescate, cuando cuatro extraños llegan a la isla: Daniel Faraday un cientifico loco, Miles Straume un cazafantasmas, Charlotte Lewis una antropologa y Frank Lapidus un piloto borracho 

El rehén de Locke, Miles, puede ser la clave para salir de la isla, así que Sayid y Kate van a la búsqueda de su compañero en un intento de negociar un trato pacifico. 

La necesidad de Kate de conseguir información del rehén podría poner en peligro su estancia con Locke, y también con Sawyer. 

Sayid y Desmond se encuentran turbulencias de camino al carguero, que inducen a Desmond a experimentar algunos efectos secundarios inesperados 

Juliet recibe una visita no deseada de alguien de su pasado que le ordena vigilar a Charlotte y Faraday, con el objetivo de impedirles el cumplimiento de su misión. 

Juliet es forzada a revelar ciertas noticias alarmantes a Jin cuando Sun amenaza con moverse al campo de Locke. Mientras tanto, Sayid y Desmond tienen una idea de la misión del equipo del carguero cuando conocen al capitán de la nave. 

Sayid se enfrenta al espía que Ben tiene en el carguero y Ben presiona a su hija Alex para que le libere del campamento de Locke, para sobrevivir al inminente ataque. 

El campamento de Locke sufre un grave ataque. Mientras, Jack intenta descubrir la identidad de un cuerpo que ha llegado a tierra arrastrado por el mar. 

Jack sufre apendicitis y debe ser intervenido de urgencia. Sawyer, Miles, Claire y Aaron comienzan el regreso hacia la playa. Paralelamente, en un flashforward conocemos más sobre las vidas de Jack y Kate fuera de la isla. 

En un flashback vemos los acontecimientos relacionados con el nacimiento de Locke. En la isla Ben, Hugo y Locke siguen con la búsqueda de la cabaña. Cuando la encuentran se dan situaciones más que interesantes. 

La isla está por sufrir un grave ataque, Jacob le dice a John y a Ben qué hacer para impedirlo... 

Michael, Jin y Desmond tratan de detener la explosion que esta en el carguero, mientras que Faraday comienza a llevar a los sobrevivientes de la isla al barco. Despues de la pelea que ocurre en medio de la isla, Jack, Kate , Sawyer, Sayid, Hurley y Frank salen de la isla en el helicoptero, pero descubren que el helicoptero tiene un hoyo en el tanque de gasolina y estan perdiendo energia, Sawyer decide aventarse del helicoptero y dejar atrás, tal vez la unica salida de la isla. Mientras Ben y Locke se dirigen, por ordenes de Jacob, hacia la estacion La Orquídea porque tienen trabajo que hacer. En el carguero Michael les dice a Desmond y a Jin que se vayan y que el se encarga de los explosivos, Desmond se va para avisar a todos los del carguero que se vayan, pero luego al ver que el helicoptero llega allí para recargar Gasolina y tapar el hoyo en el tanque, decide irse con ellos. El barco explota con Jin y Michael adentro. La isla desaparece. Mientras en la ciudad Jack va a una funeraria y tiene un encuentro con Ben que le dice que para volver tiene que llevarlos de vuelta a todos. Jack voltea a ver el ataud del hombre llamado Jeremy Bentham quien en realidad era John Locke. 

Jack y Ben comienzan a buscar a los Seis de Oceanic con el fin del reunirlos y regresar a la isla. Mientras tanto, Sayid saca a Hurley del psiquiátrico y tratan de ocultarse, pero pronto son atacados y el iraquí cae dormido por un dardo. Los supervivientes que se quedaron en la isla comienzan a dar saltos en el tiempo después de que Ben la moviera. 

Hurley lleva al inconsciente Sayid a su casa tratando de huir de la policía, que les perseguía después de haber matado a sus atacantes en el piso de seguridad. Mientras tanto, Kate y Aaron continúan su huída de los abogados y visitan a Sun. Los supervivientes de la isla son atacados por fuerzas desconocidas. 

Tras recordar que Daniel Faraday le había dicho en la isla que buscara a su madre, Desmond va a la Universidad de Oxford para encontrarla. En su antiguo laboratorio, Desmond encuentra una foto de Faraday con una mujer joven y decide visitarla con el fin de encontrar respuestas; no obstante, ella está en coma y su hermana le informa a Desmond que su suegro, Charles Widmore, estaba subvencionando la investigación de Faraday. En Industrias Widmore, Charles le indica donde se encuentra la madre de Faraday y le aconseja que se mantenga alejado del asunto. Mientras tanto, los supervivientes que se quedaron en la isla descubren que están en 1954 y que sus atacantes son "los Otros" de aquella época, quienes les habían confundido con soldados estadounidenses que venían a recuperar una bomba de hidrógeno llamada Jughead. 

Kate intenta hacer un trato con el abogado que le pidió muestras de sangre para confirmar su parentesco con Aaron y junto a Jack le persiguen hasta el domicilio de su cliente. Este resulta ser la madre de Claire, pero finalmente descubren que compartía abogado con Ben, quien fue en realidad el que pidió las muestras de sangre. Los dramáticos cambios en el tiempo ponen las vidas del resto de supervivientes en la isla en peligro. 

Sun sigue a Ben para complir su venganza y se entera que Jin no esta muerto, Kate se da cuenta de los planes de Ben para volver a la isla y se va con Aaron. Ben le propone a Sun llevarla a un lugar en donde puede entregarle una prueba de vida de su esposo. Jin viaja de flash en flash (en uno de esos se encuentra con Danielle cuando llego a la isla embarazada) Finalmente se encuentra con Sawyer. Junto con el resto idean un plan para llegar a "la Orquídea". Charllote sigue teniendo ataques por los flashes y finalmente muere 

La forma de regresar a la isla es revelada a los miembros de los 6 de Oceanic, pero antes se presentan problemas, ya que no todos desean volver. Aunque luego Kate decide dejar a Aaron y acompañar a Jack de regreso a la isla, Hurley también aparece en el aeropuerto para dirigirse a la isla, Sayid sorpresivamente acompañado y esposado por una policía aparece para subir al mismo avión que todos los demás. Ben luego aparece subiendo el avión. Otra sorpresa es que el avión es pilotado por Frank Lapidus (el piloto del helicóptero de rescate con el que los 6 de Oceanic escaparon). Después todos llegan a la isla repentinamente durante el vuelo (sin explicación hasta el momento de si fue un accidente) y más tarde se ve cómo Jack, Kate y Hurley se encuentran con Jin (que conduce un vehículo Dharma) en la isla. 

Locke, que sobrevive después del accidente del vuelo 316 en la isla, es interrogado por el resto de supervivientes y encuentra a Ben entre los heridos del accidente. En el flashback, Locke es ayudado por Charles Widmore y Matthew Abaddon para llevar a cabo la misión de reunir a los 6 de Oceanic y devolverlos a la isla. Finalmente Locke intenta suicidarse, aunque es Ben el que al final le asesina. 

Sawyer se hace llamar Sr. LeFleur, están trabajando para La Iniciativa Dharma y siguen esperando a que llegue John Locke. Amy una mujer de Dharma a la cual antes le habían salvado la vida esta esperando un bebe y esta a punto de dar a luz, se presentan problemas a la hora del parto y Sawyer busca a Juliet que esta trababajando de mecánica para que ayude a Amy a tener a su bebe, ella lo logra Amy tiene un varón, Sawyer celebra una cena romántica con Juliet, se besan y se dicen que se aman, al amacener Sawyer recibe una llamada de Jin la cual lo sorprende. 

Jin y Sawyer se encuentran con Kate, Jack y Hurley, sin embargo no hay registros de que un avión se haya estrellado. Buscando a Sun, Jin se encuentra con Sayid, al que encarcelan. Por otro lado, Sun junto con Frank se encuentran con Cristian que les muestra una foto de 1977 en la que están sus amigos y se dan cuenta de que ellos están treinta años en el pasado. En el momento de tomar la foto, el grupo dice en coro "námaste" que significa ‘te hago reverencias’. 

En 1977, Sayid no coopera con Sawyer, quien tuvo que ser llevado donde el torturador de la Iniciativa (razón por la cual Sawyer le dice "él es nuestro tú"), quien le suministra oralmente un suero para que hable con la verdad. Los miembros de la Iniciativa Dharma deciden eliminar a Sayid, pero éste es liberado por Ben (el adolescente) para que se una a Los Otros. 

Luego de que Sayid escapara, Ben es llevado por Jin a Dharmaville para ser tratado de su herida de bala. La situación empeora cuando Jack se niega a ayudar, y Sawyer y Kate hacen algo contra las reglas que podría salvar la vida del joven Ben. En flashbacks, se revela donde dejó Kate a Aaron. 

Ben, Locke, y Sun viajan al Templo para que Ben sea juzgado por el Monstruo. En los flashbacks, descubrimos los orígenes de la problemática relación entre Widmore y Ben y qué pasó con Penny y Desmond antes de que Ben embarcara el Vuelo 316. 

Miles es encomendado en la misión de transportar a una persona que ha muerto de una extraña manera hasta La Orquidea. En el camino, le cuenta a Hurley que ha descubierto que su padre es el Dr. Pierre Chang, el mismo que aparecía en las cintas de orientación de la Iniciativa Dharma. A la noche del día siguiente, el Dr. Chang le pide a Miles que lo acompañe a recibir a los nuevos reclutas que han llegado a la isla en el submarino, uno de esos reclutas resulta ser Daniel Faraday, el físico. 

De regreso en la isla, Faraday les explica a los demás que debe encontrar a su madre, que pertenecía a Los Otros, pues ella puede ayudarlos a regresar a donde pertenecen. Ya en la jungla, Faraday les dice a Jack y Kate que ha descubierto cómo evitar el famoso “incidente”, y evitar de este modo la cadena de acontecimientos posteriores, como el accidente del Oceanic 815. Esto lo conseguirá detonando una bomba de hidrógeno. Una vez en el campamento de Los Otros, Faraday recibe un disparo mortal de parte de su propia madre. Paralelamente, en el campamento Dharma, comienzan a surgir fuertes sospechas contra Sawyer y Juliet. 

En el campamento de Los Otros, Eloise se da cuenta de que a quien acaba de matar es su hijo venido del futuro, por lo que decide ayudar a Jack y llevarlo hasta donde está enterrada la bomba de hidrógeno. Paralelamente, en el campamento Dharma, el Dr. Chang ordena la evacuación de la isla, tal como le había recomendado Faraday. Sawyer, Juliet y Kate son puestos en el submarino. Por otra parte, en 2007, Locke, convertido en el nuevo líder de Los Otros se dirige junto a su gente a encontrarse con Jacob “para matarlo”. 

En 1977, Jack consigue llevar el núcleo de la bomba hasta “El Cisne”, lugar donde ocurrirá el “incidente”. Juliet, Sawyer y Kate regresan del submarino para ayudarlo. Paralelamente, en 2007, Ben mata a Jacob por indicación de Locke. En momentos en que esto ocurre aparece Ilana (la mujer del avión que utilizaron Hurley y los demás para regresar a la isla) portando una caja que contiene el cadáver de Locke, por lo que vemos que el que está dentro no es Locke sino el enemigo de Jacob, que ha encontrado el resquicio y ha logrado matarlo. En los flashbacks, en tanto, vemos como Jacob ha estado presente en varios momentos de la vida de los sobrevivientes del Oceanic 815. La escena final vuelve a 1977: Jack arroja la bomba pero aparentemente no logra evitar el incidente, los objetos metálicos son atraídos fuertemente hacia la fuente electromagnética y uno de ellos arrastra a Juliet al fondo de la excavación, lugar donde aparentemente consigue hacer detonar la bomba…