Varias personas alrededor del mundo descubren la evidencia de verdaderos superpoderes. Claire Bennet puede curar inmediatamente lesiones físicas a su propio cuerpo. Isaac Méndez puede pintar los acontecimientos futuros cuando entra en trance con drogas. Hiro Nakamura puede manipular tiempo, viajar en él, y teletrasportarse. Mohinder Suresh intenta continuar con el trabajo de su padre recientemente asesinado encontrando a toda esta gente. 

Hiro viaja desde el 2 de octubre en un metro en Japón al 8 de noviembre en New York City. Nathan Petrelli intenta olvidar su vuelo reciente para salvar a su hermano, Peter Petrelli, y le miente. Matt Parkman puede oír los pensamientos de cada uno a su alrededor. 

Hiro requiere la ayuda de su amigo Ando. Claire sufre una lesión que ella no puede curar inmediatamente. Mohinder descubre las conexiones de su padre con Sylar. Matt sufre un desvanecimiento en un bar después de ver al haitiano. 

Matt es secuestrado por el Sr. Bennet y el haitiano. Hiro y Ando juegan en Las Vegas y consiguen, más adelante, ser atrapados por cuatro hombres. En el mismo casino Niki conoce a Nathan. Peter Petrelli se encuentra en el Metro con el Hiro Nakamura del futuro, quién le pide que cumpla una misión en concreto. 

Mohinder para de buscar a los superhumanos. Matt utiliza sus habilidades para impresionar a su esposa. D.L. Hawkins aparece,ç y es buscado por el policía. 

Mohinder deja de buscar a los superhumanos. Matt utiliza sus habilidades para impresionar a su esposa. D.L. Hawkins aparece, y es buscado por el policía. 

El hermano de Claire descubre la cinta. Matt y Audrey Hanson investigan un asesinato. Peter le pide ayuda a Nathan para encontrar una pintura. Se revela casi al final, que Micah Sanders tiene una habilidad. 

Hiro conoce a Charlie Andrews, la cual tiene el poder de una supermemoria, en un restaurante. Sylar mata a Charlie cortándole el cerebro. Un muchacho misterioso visita a Mohinder en sus sueños, lo que hace que éste reconsidere el seguir la búsqueda de los superdotados que iniciara su padre. 

La fiesta de bienvenida de la secundaria de Claire da signos de mortalidad. Peter intenta salvar a la animadora. Hiro intenta corregir lo que él cree que ha hecho mal. Sylar confunde a Jackie Wilcox con Claire y se da cuenta, demasiado tarde, de que Claire es a la que él quiere. Sylar y Peter luchan y caen de la azotea, quedando ambos heridos y tumbados en el suelo. Peter se cura de sus heridas al acercársele Claire, por la capacidad de absorber poderes que posee. Mientras, Sylar ha desaparecido. Sylar, más tarde, es capturado por Eden. Claire revela su secreto a su padre. 

Hiro intenta cambiar la muerte de Charlie yendo atrás en el tiempo seis meses antes desde el comienzo de la serie. La tragedia pulsa a la familia Petrelli, Claire hace un descubrimiento sorprendente, y Chandra Suresh llega a New York City con la lista, y visita a un relojero que resulta ser Sylar. 

Isaac intenta pintar el futuro sin usar las drogas. Matt y Audrey investigan el desastre de "Homecoming". Niki hace un movimiento peligroso para proteger a su familia. Peter teme lo impensable, él es responsable del desastre que viene. 

Mientras que está en coma, Peter tiene otra visión que esté inquietante también para que él haga frente solamente. Hiro comienza su búsqueda de la espada de Kensei. Claire comienza a reconstruir su vida. 

Peter continúa siguiendo al hombre invisible mientras que su hermano, Nathan, búsca la ayuda de Mohinder. La esposa de Matt llega a un arreglo con la habilidad telepática de Matt. Hiro y Ando son secuestrados por los hombres que trabajan para su padre. Claire busca a sus padres biológicos. Micah utiliza sus energías de tomar grandes cantidades de dinero de un cajero automático. 

Claude sirve como un mentor para Peter y lo fuerza reevaluar sus relaciones con seres amados. Claire se encuentra con su madre biológica, Meredith Gordon. Hiro intenta explicar su misión a su padre y hermana, quienes tienen otros planes para él. Sylar escapa y hace una visita a la señora Bennet. Niki sale de la prisión, pero ella se encuentra encarcelada por Jessica. 

Mientras que baja la autoestima de Claire en el casa aparte, ella busca ayuda de sus padres biológicos, pero las cosas no van como ella desea. Una mujer viene entre Hiro y Ando, forzando a los dos amigos a separarse. Mohinder es inconsciente que él está resolviendo el asesino de su padre, Sylar. Matt y Jessica juegan un juego mortal del gato y del ratón. 

Sylar viaja con Mohinder y obtiene una nueva habilidad. Después de juntarse con Ando, Hiro hace una opción difícil. El Sr. Bennet y el haitiano intentan sin éxito capturar a Claude y a Peter, y Claude decide abandonar a Peter. Ted Sprague, Matt, y un nuevo heroe, Hana Gitelman buscan respuestas de una sobre las marcas en sus cuellos. Cuando llevan señora Bennet al hospital, Claire revela al Sr. Bennet que ella no confía en el. Peter abre sus habilidades para atacar a Isaac, lo que da lugar a una tragedia. 

Matt y Ted toman de rehén a la familia de Bennet en busca de respuestas. Más se revela sobre Sr. Bennet, la agencia para quien él trabaja, y cómo él adoptó a Claire. Ted pierde el control de sus habilidades y quema la casa de los Bennet. El haitiano se escapa con Claire. Revelan a una nueva persona con energías, Candice Wilmer. Historia lateral sobre el Sr. Bennet. 

Con la elección asomandose, Nathan tiene una reunión que inquieta a Linderman y hace frente a una decisión difícil. Niki intenta parar a Jessica. Hiro encuentra la espada con ayuda de Nathan y de Ando, pero después descubre un futuro oscuro. Claire encuentra respuestas mientras que su padre sustituto consigue en apuro con Primatech. Sylar se encuentra cara a cara Mohinder y Peter. 

Linderman revela su visión del futuro a Nathan. Thompson y Candice tiene al Sr. Bennet como prisionero, mientras que Sylar captura a Isaac. Claire se encuentra con Peter otra vez y ve a su padre por primera vez. Hiro conoce a alguien inesperado. 

Hiro y Ando se encuentran cinco años después de la destrucción masiva de New York City. Etiquetan como terroristas y se está colocando, buscado, y se está matando a la gente con capacidades extraordinarias. Hiro y Ando se reúnen versiones más oscuras de los otros héroes con objeto de un arreglo de cuentas con el presidente. Esto incluye un lado más oscuro de Matt, de una Jessica/Niki con un ganador claro en su batalla, de un Claire con cabello marrón, versión futura Hiro, y de un Sylar cambiante. 

Hiro y Ando están determinados a parar la explosión. Nathan toma medidas que sorprenden para ganar la elección. Jessica y D.L. descubren cómo su familia fue ajustada en los planes de Linderman. Sylar visita a su madre. Thompson trae a alguien nuevo en la compañía. Historia lateral sobre Sylar. 

Nathan se hace un miembro del congreso, pero debe considerar ésos que él ama o el consejo de su madre y Linderman. Hiro aprende de su linaje de su padre, y se prepara para hacer frente a Sylar a la muerte. Peter y Ted procuran salir de Nueva York antes de la explosión. Matt y Sr. Bennet aprenden la verdad detrás del sistema que sigue de la compañía. 

Las horribles predicciones de Isaac comienzan a revelar, y las personas normales con capacidades extraordinarias hacen frente a momentos del dolor y del peligro en la Plaza Kirby con fuerza y heroísmo mientras que el primer volumen de “Héroes” termina y el siguiente comienza. 

Empieza el segundo volumen de Héroes y con ello podremos descubrir cuál ha sido el destino de Nathan, Peter y Matt, tras la batalla final con Sylar y Peter con su incontrolada explosión nuclear en los cielos de Nueva York. Cuando todo el mundo intenta seguir hacia adelante, una nueva y siniestra fuerza hace acto de presencia y empieza a acosar y asesinar a héroes entre ellos el padre de Hiro y la madre de Nathan y Peter. Molly sufre pesadillas. Con toda la familia escondida en el Sur de California, HRG y Claire intentan no levantar sospechas en su nueva vida, algo que es más fácil decir que hacer. Mientras que en el Japón Feudal, Hiro conocerá a su héroe, Takezo Kensei. Los gemelos Maya y Alejandro Herrera intentan cruzar la frontera con la esperanza de encontrar a alguien que les ayude con sus mortales habilidades. 

En este episodio se empezará a esclarecer la situación de Peter Petrelli. Claire sufrirá un pequeño "percance" mientras que una clase en el insituto la ayudará a entender más su habilidad, al mismo tiempo, West empieza a atar algunos cabos. Hiro intentará convencer a Takezo Kensei para que realice la misión que había prometido y convertirse así en un héroe. Por fin descubrimos más sobre la "enfermedad" de Maya, que junto con Alejandro prosigue en su intento de cruzar la frontera. Matt Parkman se hará cargo de la investigación sobre el extraño asesinato del padre de Hiro, del cual los padres de Claire tenían conocimiento gracias a unos cuadros de Méndez. El Haitiano hace su reaparición en este episodio, llegando así a la conclusión del mismo. 

De vuelta en Nueva York, Mohinder se pone muy nervioso cuando encuentra una hasta ahora desconocida pintura de Isaac Méndez, que predice la muerte de alguien muy cercano a él. Por su parte, West le descubrirá su habilidad a Claire mientras H.R.G. seguirá con sus planes secretos. Decididos a llegar a Estados Unidos, Maya usa sus mortales habilidades para liberar a Alejandro de una cárcel en México. Mientras tanto, en el Japón feudal, justo cuando Hiro consigue perdonar a Kensei, su héroe de la infancia le sorprende. Niki y un héroe hasta ahora perdido, cada uno por su cuenta, se ven involucrados en asuntos bastante turbios para conseguir sus objetivos. Peter se verá obligado a realizar algo malo con tal de recobrar su identidad, poco después, algo lo hará dudar poniendo así en riesgo su pasado y tal vez su futuro. Sylar reaparece misteriosamente y no tardará en hacer de las suyas. 

Mientras trabaja en un local de comida rápida, Monica Dawson comienza a descubrir sus nuevas habilidades, desconocidas para su hermano Damon, su abuela Nana y su primo Micah. Angela Petrelli, por su parte, hace una sorprendende confesión cuando se revela más información sobre la generación anterior de Héroes. Con el 'hombre del saco' de Molly convirtiendo los sueños de la pequeña en auténticas pesadillas, Matt le pide que deje sus miedos atrás y le localice en el mapa, cosa que acaba con terribles resultados. H.R.G., sospechando que Claire tiene un nuevo novio, teme por lo que pueda pasar en el futuro. Y finalmente, cuando Maya y Alejandro ya están llegando a Estados Unidos, se encuentran en su camino con una sorpresa bastante inesperada. 

En Irlanda, un héroe perdido amenaza con volver al pasado, pero descubrirá que una misteriosa mujer está tratando de encontrarlo y está dispuesta incluso a matar. Matt y un inesperado aliado volarán a Philadelphia para buscar al boogyman, siguiendo el terrible ataque a Molly, pero ambos encontrarán una ventaja. Mónica trata de controlar sus nuevas habilidades y comprobar cuál es su papel cómo héroe local. Suresh encontrará un nuevo socio y conseguirá una nueva misión bastante perturbadora. Noah dará un paso más para proteger aún más a su familia. Mientras tanto Hiro continúa atrapado en el Japón feudal, mientras que Ando intenta unir las piezas de lo que le está pasando a su amigo en el pasado. 

West convencerá a Claire para que le enseñe a la líder de las animadoras, Debbie, una lección que no olvidará nunca, al creer que Claire es demasiado normal para unirse al equipo. Mientras tanto Suresh encarará un dilema moral muy grave con la Compañía, H.R.G. irá a visitar a su mentor ruso en un esfuerzo para localizar las últimas pinturas proféticas de Isaac. Mientras tanto, cerca de la frontera de Estados Unidos, Alejandro llegará a tener serias dudas sobre Sylar y sus verdaderas intenciones, especialmente hacia Maya. Peter y Caitlin buscarán una misteriosa puerta que él pintó y que dirige a un lugar sorprendente. En el Japón feudal, al procurar arreglar la historia, Hiro tendrá que luchar contra sus sentimientos hacia Yaeko. 

Cuando una de sus olvidadas habilidades aparece de repente, Peter y Caitlin serán lanzados ante una situación de crísis, y aprenderá de primera mano cuán mortal puede llegar a ser el misterioso virus que sólo afecta a las personas con poderes. Suresh, Matt, Nathan, Niki y Bob se unirán para enfrentarse contra el ataque del hombre pesadilla. A pesar de todos los esfuerzos de Claire, West se dará cuenta que fue H.R.G. quién lo raptó de pequeño. Mientras tanto en el Japón Feudal, Hiro y el legendario Kensei empezarán un viaje que dará un final con un dramático giro. 

Cuándo el reloj de vueltas atrás en el tiempo, veremos a todos los Héroes retroceder cuatro meses. Nathan pagará un terrible precio por sus acciones heroicas. Mientras Peter sobrevivirá a la detonación de Nueva York, pero la Compañía lo etiquetará como una amenaza para el mundo y esto lo llevará a enfrentarse contra Elle y el Haitiano. DL hará su último sacrificio por Niki y Micah. Maya manifestará de manera espantosa sus oscuros poderes por primera vez y empezará el largo viaje junto con su hermano. Un rostro familiar será introducido. 

Convencido de que la Compañía está cerca de encontrarlos, H.R.G. prepara a su familia para huir, pero Claire tiene otra idea. Mientras tanto, Hiro vuelve del pasado y conocerá la muerte de su padre. Apesadumbrado volverá al pasado y hará un descubrimiento personal. Después de un cargado primer encuentro con Elle, Suresh tomará una decisión que hará cambiar su forma de vivir. Mientras tanto, Matt luchará con la expansión de sus habilidades mentales; Maya y Alejandro serán puestos a prueba durante el viaje con Sylar. Peter encontrará a alguien que podrá ayudarle a recuperar la memoria. 

Peter viajará a Primatech en Texas con su nuevo amigo para destruir el virus, que matará al 93% de la población mundial en el futuro, o eso es lo que él cree. Niki volverá junto con Micah con malas noticias. Para hacer lo correcto, Mónica pondrá sus habilidades a prueba, mientras Hiro persigue al asesino de su padre. Matt usará sus poderes para localizar a la última persona en la foto de La Compañía. Además Nathan descubrirá que su hermano sigue vivo. A las afueras de Nueva York, Maya tendrá que escoger entre Alejandro y Sylar. 

Maya descubre lo que ocurrió con Alejandro, Peter junto a Adam (Takeso Kensei), entran a la sede de la compañía en Odessa, Texas, donde se encuentran con Hiro, quien trata de detenerlos, pero Peter lo derrota dos veces; después con la ayuda de Parkman y Nathan logran hacer cambiar de parecer a Peter, y así enfrentar a Adam. Hiro se queda a solas con Adam y se lo lleva asegurando saber como matarlo (lo encierra en un ataúd), aun así de forma imprevista Adam intenta liberar la cepa del virus Shanti. Maya muere a manos de Sylar, pero es utilizada para probar la nueva cura, reviviendo inmediatamente. Al querer salvar a Mónica, Niki se encuentra en una situación inesperada, aparentemente muere atrapada en un incendio al perder sus poderes. Peter salva al mundo de que el virus sea liberado, después de esto, junto con Parkman y Nathan deciden contar todo lo que saben para detener a la compañía. Noah vuelve a su casa sorprendiendo a toda su familia, pero lo hizo solo para detener a Claire para que derribe a la compañía, puesto que hizo un trato con Bob. Nathan, dando la conferencia para decir toda la verdad acerca de la existencia de personas con poderes sobrenaturales, es víctima de un atentado frente a toda la multitud. Al final, Sylar utiliza la sangre de Claire y recupera sus poderes después de huir de Elle, quien intento atraparlo para salvar su reputación ante su padre. 

Mientras Peter y Matt descubren la identidad de la persona que disparó a Nathan, Sylar hace una visita a Claire con el fin de conseguir su habilidad regenerativa. Por su parte, Hiro y Ando descubren un secreto sobre la familia Nakamura. Gracias a Maya, Mohinder realiza un gran descubrimiento que podría cambiar el mundo o destruirlo. 

Sylar se enfrenta a Elle en el edificio de la Compañía, causando la fuga de doce criminales. Mientras tanto, Claire descubre algo inesperado sobre su habilidad y Hiro, decidido a recuperar el secreto familiar, viaja con Ando hasta París persiguiendo a la ladrona Daphne. Mohinder ve como su investigación y su relación con Maya evolucionan a grandes pasos, pero con consecuencias ocultas, Tracy pronto descubrira que no esta exenta de poderes, y Matt, atrapado en un territorio desconocido, encuentra un guía que le ayudará. 

Cuando cuatro despiadados y poderosos villanos (Knox, Flint, El Alemán y Jesse) deciden robar un banco y tomar rehenes, Angela envía a Noah y a su sorprendente nuevo socio. Determinado para acabar con el catastrófico futuro, Peter tendrá que encontrar primero lo que perdió en el camino. Mientras tanto, Hiro y Ando seguirán a Daphne hasta Alemania para dar con la fórmula, pero allí se encontrarán con el Haitiano. Horrorizada por sus poderes, Tracy Strauss dejará Washington D.C. para buscar respuestas sobre Niki. Una traumatizada Claire le pedirá consejo a su madre, Meredith, para que la enseñe a luchar. 

Habiendo visto un futuro dónde casi todo el mundo tiene poderes, un mundo destinado a destruirse, Peter decide prevenir a la tierra de su terrible final a cualquier precio. Para eso tomará un oscuro poder y muy difícil de utilizar, apostando (de manera errónea) que no se destruirá él o a la gente que quiere en el intento. Después de haber permitido que la mitad de la fórmula de Angela fuera robada, Hiro y Ando intentarán descubrir el villano que contrató Daphne y para ello tendrán que consultar a la persona que más sabe sobre ellos, Adam Monroe. Mientras tanto, decidida a a deshacerse de su habilidad Tracy se empujara hasta el límite con tal de deshacerse de su habilidad, Suresh cederá a sus impulsos. 

Armada con un taser y todos los expedientes de su padre, Claire saldrá a la caza de su primer objetivo, Stephen Canfield, uno de los villanos fugados del Nivel 5 quién tiene la habilidad de crear agujeros negros, pero también de cerrar otros. Mientras tanto, Peter no controlara el "hambre" que obtuvo con el poder de Sylar. Frustrado al no haber podido conseguir datos sobre la fórmula al interrogar a Adam, Hiro tomara una gran decisión al unirse con Daphne y su nuevo socio Knox. Después, Suresh intenta enmendar sus errores en la investigación y con ello pondrá a Maya, entre otros, en una situación de lo más pegajosa. Linderman convencerá a Nathan para que se pegue a Tracy, ya que ha visto que juntos podrán ser grandes. Y descubriremos quien esta detrás del robo de la fórmula. 

Impresionados ante la dureza, el Villano Knox y Daphne se llevarán a Hiro, entre otros a las instalaciones de Pinehearst, y les darán una misión. Con Angela y La Compañía paralizados por los recientes eventos, Peter irá directamente a Pinehearst para obtener respuestas, y todo cambiará cuando tenga un encuentro de lo más chocante. Mientras tanto, Claire junto con su madre Sandra intentarán liberar a Meredith del control de uno de los villanos fugados, Doyle, quién tiene la habilidad de controlar mentalmente a otros. Por otro lado Nathan llevará a Tracy al Dr. Suresh con la esperanza de que traiga un poco de luz a los sorprendentes orígenes de sus poderes, sin embargo allí encontrarán ala muerte encarnada en Mohinder. 

Atrapados y aterrorizados, Nathan y Tracy combatirán por su vida contra un muy cambiado y monstruoso Suresh, para poder liberarse y ya de paso liberar a Maya y otros sujetos de prueba del buen doctor. Elle volverá a electrizarnos, algo que supondrá un gran impacto para Claire y su familia. Mientras tanto, enterada de la derrota de Peter por parte de sus rivales de Pinehearst, Angela intentará convencer a Sylar para que salve a su hermano. Daphne se verá en la obligación de asesinar a Matt o será eliminada al no querer éste unirse a los villanos. Por otro lado, asombrado ante el poder del Africano precognitivo, Usutu, Hiro aprenderá por las malas, su obligación de detener a los villanos de Pinehearts. 

Para prepararse ante la confrontación, Hiro seguirá al respetado, hombre de negocios, marido y padre, Arthur Petrelli, en los días antes de su muerte. Para descubrir lo que le motivó a crear la compañía rival Pinehearst y dejar en jaque a Angela. Más tarde descubriremos a un Sylar, horrorizado y arrepentido por su asesinato y lo que hubiera significado un momento en el que tal vez hubiera parado su carrera por conseguir habilidades; pero en su camino se cruzan Noah Bennet y Elle. Bajo el amparo de Thompson, su agente en entrenamiento, Meredith, verá como su nueva vida se esfuma delante de ella, siguiendo la llegada de su impulsivo hermano. 

Después de un preventivo ataque contra Hiro y Ando en África, Arthur Petrelli ordena a Knox y Flint que de caza a su hijo Peter y su nieta Claire. Nathan está conmocionado al descubrir que su padre aún sigue vivo y dirige un malvado grupo que llevará a cabo una destrucción a escala mundial. Mientras tanto, en las entrañas de Pinehearst, Sylar tendrá un enfrentamiento contra Elle. Suresh empezará a probar su nueva y combinada fórmula de superpoder. Más tarde, con otros muertos, herido e intentando huir, Matt intentará despertar a Angela. 

Un poderoso eclipse cubrirá el mundo en una sombra que tendrá grandes consecuencias en los héroes y sus habilidades. Tras reunir a Sylar y Elle, Arthur los enviará en la búsqueda de Claire para que la traigan junto a él. Matt, Hiro y Ando tendrán que formar equipo para seguir a Daphne a su originario pueblo en Lawrence, Kansas, allí descubrirán lo qué la liga a Arthur. Mientras tanto, Nathan y Peter Petrelli viajarán juntos a Haití para buscar al único hombre capaz de detener a su padre en sus planes ante la imparable destrucción del mundo, El Haitiano. 

El impacto del eclipse aún perdura en las habilidades de algunos héroes como Elle y Sylar quiénes tendrán que enfrentarse contra un vengativo H.R.G. mientras que Claire lucha por sobrevivir. En Haití, Peter y Nathan unirán sus fuerzas con el Haitiano para combatir contra el hermano de éste, Baron Samedi, y Nathan tomará una chocante decisión. Mientras tanto, Ando, Sam y Frack, trabajarán duro para conseguir devolverle la memoria a Hiro con la ayuda de los cómics de 9the Wonders. 

Los héroes se unirán para intentar detener por fin a Arthur Petrelli. Con la esperanza de detener a Arthur, Hiro y Claire viajaran juntos a 16 años al pasado, cuando Kaito entregó a la pequeña Claire a Noah. Mientras tanto, Peter y el Haitiano harán equipo para acabar de una vez por todas con Arthur Petrelli, pero antes que nada tendrán que encontrarse cara a cara con Sylar. En otra parte, en el laboratorio, Suresh por fin lograra utilizar la fórmula verdadera. 

Tras el enfrentamiento contra Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli se verán combatiendo entre sí y Nathan hará algo que tendrá repercusiones a escala global. Mientras tanto, Sylar retiene a Claire, Noah , Meredith y Angela como rehenes en Primatech y todo acabará en una gran batalla. En otra parte, Ando, Matt y Daphne continúan con sus intentos de rescatar a Hiro y puede que el Dr. Suresh sea su única esperanza. 

Tres meses después de las explosiones que hicieron desaparecer a Primatech y a Pinesheart todos regresan a sus vidas normales, en cambio, Nathan inicia una cacería de brujas contra los "superdotados" empezando con Tracy, Claire por un lado descubre dicha organización e intenta advertirles a sus amigos, Sylar inicia la busqueda de su padre biológico, durante la busqueda Sylar da con una pista que no dejara ir tan facilmente. Peter se ha convertido en paramédico mientras intenta olvidar a su hermano, sin perder la esperanza Hiro intentara convencer a Ando que esta destinado hacer un héroe con sus habilidades. Pronto todos los héroes son trasladados en un avión, pero Claire en un intento de impedirlo ocasionara un terrible accidente aéreo. 

Despues del colapso del avion, la lucha por la libertad comienza, Matt se enterara a través de sus habilidades que alguien muy cercano a el peligra, mientras Peter y Tracy buscando vengarse intentaran tomar a Nathan como rehén, hecho que les costara la libertada de uno, por otro lado Claire liberara una lucha con tal de ayudar a los demás aún teniendo el privilegio de no ser cazada. Sylar en un intento de hacer hablar al agente recurrirá a métodos enfermizos, que le terminaran otorgando a un nuevo mentor. Al final los héroes restantes forman una alianza, jurando combatir a Nathan por el derecho de sus vidas. 

Mientras Sylar sigue en la búsqueda de su padre biológico acompañado por Luke, Noah Bennet sigue colaborando en la cacería de los demás héroes mientras trata de mantener a Claire fuera del radar del gobierno. Claire descubre el siguiente objetivo de su padre y decide ayudarlo a escapar. Hiro y Ando se van a la India siguiendo las pinturas de Matt como guía, mientras Nathan mantiene a Tracy y trata de conseguir el respaldo incondicional de la Casa Blanca lo que no será fácil. Claire cansada de las mentiras de su padre decide contarle todo a su madre ocasionando una seperación temporal de sus padres. Al final Mohinder, Matt y Peter deciden hacerle una mala jugada al señor Bennet. 

Cuando es tomado como rehén, Noah es sometido al estilo único de interrogación de Matt Parkman junto con Peter y Mohinder ademas se revela cómo se unió al plan gubernamental de Nathan para capturar a los que tienen poderes y su historia con la familia Petrelli. Mientras tanto, los descubrimientos de Matt llevan a Peter a encontrarse cara a cara con el “Cazador”. 

Después de un consejo de "Rebelde", Matt y Peter van al edificio 26 para rescatar a Daphne y encontrar pruebas que puedan exponer los planes del gobierno para capturar a aquellos con poder. Sylar descubre la verdad sobre su madre, recuerdos del pasado de su padre, mientras que el cazador prepara un explosivo plan para ellos. 

Sylar encuentra a su padre al fin, entonces decide que es el momento de aclarar algunas cosas, Claire debe decidir si ayudar a un enemigo del pasado, Danko explora en los secretos de la familia Petrelli para encontrar detalles importantes, Matt debe encontrar una manera de salir de una situación explosiva. 

La identidad de "Rebel" sera descubierta, Noah quiere que Danko deje libre a Tracy con la esperanza de que los conduzca con Rebel. Hiro y Ando continuan con la misión que Rebel les ha encomendado, para mantener seguro el nuevo héroe pero despues de esto uno de ellos volvera a ser el mismo de antes, mientras tanto rebel huye junto con Tracy pero al final ocurrira un suceso inesperado. 

Angela se vera en la obligación de esconderse con Peter en una iglesia hasta alcanzar el estado de paz que necesita para conseguir las respuestas demandantes, mientras tanto Claire y Nathan escondidos en México intentaran reconciliar su relación de padre e hija, Danko tendrá a un peculiar compañero con el cual terminara cooperando para un suceso que podría tener futuras catastróficas consecuencias. 

Dispuesto a hacer pagar a Danko, Matt se vera envuelto en un embrollo que terminara golpeando a Danko en lo mas profundo de su ser, Angela ya decidida a lo que debe de hacer comenzará a reunir a diversas personas y desenterrar los demonios de su pasado, por otra parte Sylar comienza un juego peligroso que pondrá en peligro el matrimonio de Noah. 

Siguiendo el sueño de Angela como guía Peter, Nathan, Claire y Noah se encuentran desenterrando toda la verdad oculta detrás de Angela y su pasado, mientras Angela luego de tener uno de los peores recuerdos de su infancia, en los que aparece el Dr. Suresh (padre)y como sus estudios influirian en la creacion de la compañia "primatech"; Angela iniciara una búsqueda que tal vez no pueda llegar a ser tan agradable con una sorpresa impresionante, por último Sylar ha iniciado unos y desconocidos objetivos utilizando su nueva habilidad de metamorfo. 

Sylar se vera enfrentando las propias consecuencias de su habilidad de metamorfo, por otra parte Hiro pronto descubre que su habilidad tiene efectos secundarios letales, mientras tanto Nathan intentara descubrir quien es su amigo tan familiar. 

Con todo los elementos a su favor Sylar comenzara a ejecutar su plan macabro, Nathan unirá fuerzas con Peter para de una vez derrocar a Sylar, por un lado todos nuestros héroes finalmente recurrirán a Parkman como la única esperanza de salvar a Nathan y frenar a Sylar. 

Tres meses después de la cancelación del proyecto secreto de los Estados Unidos en contra de los súper humanos y la aparente derrota definitiva de Sylar, nuestros extraordinarios héroes se reducirán una vez mas en sus aburridas y normales vidas tratando de seguir adelante y vivir con sus propias decisiones, sin embargo el destino tiene otro planes para ellos: Claire comienza una nueva etapa de su vida asistiendo ala universidad, aunque toda posibilidad para integrarse esta fuera de su alcance, mientras Hiro y Ando buscan ser eficaces con sus habilidades pero Hiro no tardara en lidiar una vez mas con su habilidad, Noah buscando redimirse cierra todas las grietas que le quitaron a su familia e intenta salvar a Tracy Strauss del frío camino de la venganza, hecho que solo lo vinculan en un juego mucho más peligroso, Peter comienza a darle un uso nuevo de sus habilites lo cual podría significar su total reivindicación por sus acciones pasadas, mientras “Nathan” sufre de confusiones continuas, en Los Angeles Matt Parkman intenta olvidarse de sus últimos actos pasados, sin embargo Sylar le pondrá bien en claro que no es tan fácil deshacerse de el. En alguna otra parte un grupo de bizarros y extraños súper humanos liderados por Samuel Sullivan comienzan una búsqueda por nuevos miembros de su enorme famila, aun si es necesario asechar a varios de nuestros héroes… 

Samuel continúa con su misión de extender a su familia, esta vez buscando a su nuevo objetivo: Peter Petrelli, mientras tanto Claire intentando ser independiente, comparte su enorme secreto junto a su compañera Gretchen, por otra parte Matt vera como Sylar aun en ausencia de su cuerpo es capaz de humillarlo y torturarlo, cuando el quiera. Mientras en algún otro lugar; una mujer llamada Emma descubre que de alguna manera es capaz de percibir el sonido como un aura luminosa alrededor de los objetos que lo emiten. 

Tras hacer un impresionante descubrimiento “Nathan” intentara desenterrar el extraño suceso que de alguna manera lo liga a un pasado lleno de sufrimiento y muerte, mientras Hiro deberá aceptar la verdad de lo que le esta sucediendo y confesarle su situación actual a su hermana, antes que sea demasiado tarde, abrumada por sus acciones pasadas, Tracy intentara recuperar la vida política que alguna vez fue suya, mientras tanto, armando sus propios planes, Noah trata de resolver el misterio detrás de la brújula, ignorando que eso solo podría convertirlo en un imán de catástrofes. 

Afrontando las consecuencias de sus acciones, Sylar pronto se verá en grandes aprietos con la policía, sobre todo cuando una misteriosa mujer se presente como su aliada y le hable de su jamais vu, mientras Claire pronto descubrirá que su compañera Gretchen guarda ciertos secretos, por otro lado Peter buscando sentido a su vida, no tardará en ver sus grandes similitudes con la situación de la confundida Emma, por otra parte Samuel comienza a atar cabos, para atraer a sus “nuevos hermanos”. 

Sylar comienza el trabajo de redescubirse a sí mismo con la ayuda de Samuel, aunque no con los resultados esperados. Hiro le enseñará a Emma cómo aceptar su habilidad y las posibilidades que esto trae. Mientras Peter recurre ala ayuda de Noah para encontrar a un curador que salve la vida de Hiro. Hiro pronto llegara a una conclusión presipitada al reconsiderar enmendar su pasado una vez más. 

Matt desesperado por recuperar la totalidad de su vida, toma medidas extremas para frenar a Sylar, quien continua atormentandolo. En otro lugar, Noah recurre a la ayuda de Tracy para salvar a Jeremy, con problemas muy similares al propio pasado de ella. Mientras Claire y Gretchen se embarcan en una lucha por la sobrevivencia con sus nuevas hermanas de fraternidad, quienes son acechadas por la perversa Rebecca. 

Hiro viaja tres años al pasado para salvar a Charlie de manos de Sylar, sólo para encontrar que todo se complica con la presencia de Samuel. Mientras tanto se revelan secretos del pasado de Noah. 

Armado de un nuevo poder curativo Peter comienza una nueva forma de ayudar a sus pacientes, ignorando que puede haber consecuencias ocultas, mientras Claire tras descubrir la identidad de su atacante esta pronto descubre que el pasado de Noah es esta vez el causante de todos los males, en algún otro lugar la conciencia de Sylar comienza a manipular el cuerpo de Matt a su propia voluntad. 

Dispuesto a salvar a Charlie Hiro relativamente se ve involucrado en una peligrosa misión de regresar al pasado ligado a los últimos días de vida del Dr. Mohinder Suresh, mientras Tracy comienza a perder el control de sus mortales habilidades, dejando a Claire como su única esperanza, por otro lado Peter guiado por el haitiano comienza a descubrir toda la verdad oculta tras la muerte de Nathan, hecho que Sylar no dudara en utilizar para recuperar su cuerpo.