Una anomalía aparece en el bosque del Decano, que lleva al Pérmico, 250 millones de años atrás. Por ella entra un Coelurosauravus (bautizado como Rex), un Scutosaurus y un Inostrancevia. Un pequeño grupo de personas se agrupan para ayudar a derrotarlo. 

El equipo investiga una anomalía que aparece el metro de Londres. Por ella entran numerosas arañas gigantes (inspiradas en el Mesothelae y caracterizadas como Solífugos) y un Arthropleura (el cual según el registro fósil, sería un Milpiés herbívoro, pero aqui lo muestran como un Ciempiés carnívoro), que posteriormente acaba con la vida de un limpiador. La anomalía lleva al Carbonífero. 

Piscinas, embalses, sótanos... todo esto está siendo tomado por criaturas marinas como el Mosasaurus y Hesperornis. Cutter se ve obligado a adentrarse en una de las anomalías para encontrar a su esposa Helen, que es capturada al final del capítulo. 

Helen escapa y desencadena una bandada de Dodos que parecen inofensivos, pero llevan parásitos mortíferos capaces de infectar a los seres humanos. Uno de los amigos de Connor es infectado por el parásito y descubre todo lo referente a las anomalías, pero muere al acabar el episodio. 

Un Pteranodon aparece en un campo de golf, y los problemas comienzan cuando un golfista es asesinado. En un principio, el equipo cree que el Pteranodon ha sido el culpable, pero no tardan mucho en descubrir quiénes lo han hecho: una peligrosa bandada de Anurognathus. 

Helen Cutter se reúne con algunos miembros del equipo para avisarles de que hay un peligroso depredador del futuro en Gran Bretaña: Un murciélago gigante no volador, una verdadera "máquina de matar perfecta", y no tarda en acabar con la vida de numerosas personas y de un león. Helen afirma que el depredador no ha venido al presente por una anomalía que lleve directamente al futuro, sino que ha venido por una que comunica con el Pérmico, y dentro de esa época, por otra que comunica con el futuro. En Gran Bretaña, hay dos peligrosos depredadores, pero el equipo sólo conoce la existencia de uno y de un grupo de crías. Nick Cutter, Helen y el soldado Ryan, junto a la camada de crías, se introducen en la anomalía del Pérmico para que una vez allí, encuentren la anomalía hacia futuro y consigan devolver a los jóvenes depredadores a su correspondiente época. Ryan es asesinado por un depredador y Helen huye. 

Al volver de la anomalía del Pérmico, Claudia Brown desaparece, y Nick intenta afrontarlo. Pero todo se complica cuando descubre que todo no era como antes; el resto del equipo no recuerda nada y afirma no conocer a ninguna "Claudia Brown". Poco después, llega al equipo una mujer llamada Jeniffer Lewis, que es idéntica Claudia. Nick, entonces, se da cuenta de lo ocurrido: "un pequeño cambio en el pasado ha producido un gran cambio en el presente". El equipo se hace cargo de un grupo de Raptores que ha tomado un centro comercial. 

Una misteriosa niebla aparece en un edificio de oficinas. Dentro de la niebla, gusanos carnívoros gigantes aterrorizan a todos los trabajadores. Nick y demás, se hacen cargo de ellos y de la anomalía. 

Un Smilodon aparece en el parque de atracciones "Blue Sky". El equipo se encuentra confuso porque no hay ninguna anomalía, y por tanto, ninguna forma de que el Tigre dientes de sable esté en el presente. Entonces, descubren que una trabajadora lo ha estado ocultando desde que era un cachorro. 

Cuando el equipo es enviado para investigar la desaparición de un adolescente, encuentran una futura evolución del tiburón y Abby es arrastrada a través de una anomalía por otra especie carnívora procedente del futuro: el Mer. 

Al tratar de rescatar a una niña a través de una anomalía, el equipo queda atrapado en el pasado, y para empeorar las cosas, tienen que hacer frente a un grupo de Escorpiones Látigo gigantes del Silúrico 

Un Mamut Colombino causa estragos en la autopista M25, mientras que Lester lucha por su vida contra un quiróptero depredador que Oliver Leek ha infiltrado en el CIDA (Centro de Investigación de Anomalías). 

Cutter y el equipo están atrapados por Leek, que posee un ejército de todo tipo de criaturas prehistóricas y futuras, que harán de él el hombre más poderoso del planeta. Stephen sacrifica su vida para que los demás puedan escapar, encerrándose con todas las criaturas en una habitación. 

Becker se une al equipo. Un Pristichampsus (un cocodrilo primitivo) emerge del río Támesis y el equipo debe ir a detenerlo. Una joven egiptóloga llamada Sarah Page tiene un encuentro cercano con la criatura y la relaciona con representaciones de un mitológico ser egipcio, el Ammyt. Nick descubre que la anomalía por la que entró el Pristichampsus se encuentra en el museo en el que trabaja Sarah, y que un artefacto magnético ha causado que se abra. Empieza a creer que puede usar un artefacto parecido para controlar o cerrar las anomalías. 

El equipo descubre que 14 años atrás, un grupo de jóvenes había desaparecido sin dejar rastro al adentrarse en una casa en una isla. Nick predice que la próxima anomalía se abrirá cerca de ese edificio, que ahora está abandonado. Jenny, Abby y Connor son enviados a explorar la zona, donde se encuentran con el detective Danny Quinn, que sigue buscando al asesino de su hermano que desapareció al mismo tiempo que los jóvenes. En el edificio habita una extraña criatura parecida a un Gremlin. 

Nick y Connor instalan la nueva tecnología en el detector de anomalías. Se abre una anomalía en un hospital, por la cual entran varios Diictodon (una especie de dicinodontes, que el equipo intenta devolver a través de la anomalía. Por su parte, el reportero Mick Harper intenta robar a una de las criaturas para dejar al descubierto el fenómeno de las anomalías ante la opinión pública y Helen ordena a sus hombres que pongan una bomba en el CIDA. Cutter logra escapar a tiempo, pero al volver Helen le dispara y muere. 

Una anomalía se abre en un aeropuerto, por la cual entra un Giganotosaurus que empieza a despedazar aviones y a sembrar el caos. Becker es enviado a detenerlo. Por otro lado Mick Harper roba el detector de anomalías del CIDA cuando lo encuentra en el coche de Jenny. Connor y Jenny intentan detenerlo pero no lo consiguen y caen en una trampa, solicitando la ayuda de Danny. 

Un hombre acaba infectado por esporas que llegan por una anomalía y su cuerpo se cubre de hongos que lo convierten en una extraña criatura. 

La funcionaria del gobierno Christine Johnson descubre que el equipo tiene el objeto que predice anomalías y se dispone a robarlo. El equipo descubre que se ha abierto una anomalía por la que entran una bandada de Titanis (enormes aves del terror). Al final con la ayuda de Danny consiguen hacer que los Titanis vuelvan por la anomalía. 

Un Dracorex entra por una anomalía y va a un desguace de coches, donde el equipo es enviado a detenerlo. Después de varios intentos fracasados, Becker y Abby van a buscarlo mientras que Connor y Danny se quedan para vigilar la anomalía, por la que un caballero medieval sale, cabalgando hacia el centro de Londres. Mientras Connor y Danny lo buscan, Sarah decide averiguar mas sobre el caballero y se mete por la anomalía, allí descubre que la anomalía lleva al Londres del siglo XII y urde un plan para convencer al misterioso caballero de que vuelva a su época sin matar al dinosaurio. 

El equipo detecta una anomalía que lleva directamente al futuro y por la que han entrado unos insectos gigantes del orden de los himenópteros, como las hormigas, abejas y avispas. En casa de Abby, su hermano Jack coge su detector y se dirige a la anomalía donde por error desactiva el mecanismo que la mantiene cerrada y llega al futuro. El equipo, cruza la anomalía dispuesto a encontrarlo y se topan con los insectos y con unos viejos amigos, los quiropteros depredadores. 

Una manada de Embolotherium aparecen a través de la anomalía. El equipo intenta conseguir que las criaturas vuelvan a la anomalía sin causar una estampida y que nadie salga dañado del proceso. Mientras, Danny llegará con Eve, una misteriosa mujer venida del futuro, que resulta ser Helen Cutter disfrazada mediante un holograma. Ésta consigue robar el objeto prismático que el equipo investigaba y huir a través de un anomalía que abre ella misma con ayuda de tecnología del futuro. 

Helen decide que la única forma de parar la destrucción de la vida en la Tierra es matando a los primeros humanos, los homínidos. Tras conseguir la ruta de anomalías que lleva al futuro (Episodio 21), consigue escapar. El equipo la sigue y gracias a Connor consiguen llegar al Cretácico siguiendo la ruta usado por Helen, sin embargo una vez allí son atacados por Raptores. Mientras, Helen ha abierto la anomalía hacia el Valle del Rift, cuna de la humanidad, hace 3 millones de años. Connor y Abby permanecen en el Cretácico mientras Danny decide perseguir a Helen hasta la época de los homínidos, dónde consigue detenerla, después de que que un raptor que se coló en la anomalía la mate al caer por un barranco. Sin embargo, Danny llega tarde a la anomalía que le lleva de vuelta al Cretácico, quedando atrapado, al igual que Connor y Abby.