Jmol

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Jmol
Logo de Jmol
Jmol screenshot streptavidin.png
Jmol es un visor de Java moleculares para estructuras químicas en 3D
Desarrollador
equipo de desarrollo de Jmol
www.jmol.org y wiki.jmol.org
Información general
Última versión estable 12.0.28
19 de enero de 2011; hace 9 meses (2011-01-19)
Última versión en pruebas 12.1.31
19 de enero de 2011; hace 9 meses (2011-01-19)
Género Modelización molecular
Programado en Java
Sistema operativo multiplataforma
Licencia GPL
Idiomas catalán, chino, checo, danés, holandés, inglés, francés, alemán, húngaro, indonesio, italiano, coreano, portugués, español, turco, ucraniano[1]
En español Sí. 

Jmol es un visor open source de estructuras químicas 3D.[2] Jmol devuelve una representación en 3D de una molécula que puede ser usada como herramienta de enseñanza,[3] o para la investigación por ejemplo, en química y bioquímica. Es software libre y de código abierto, escrito en Java y por lo que se puede ejecutar en Windows, Mac OS X, Linux y sistemas Unix. Existe una aplicación independiente y un kit de herramientas de desarrollo que puede ser integrado en otras aplicaciones Java. La característica más notable es un applet que se puede integrar en páginas web para mostrar las moléculas de muchas formas. Por ejemplo, las moléculas se pueden mostrar como modelos de "bola y palo", modelos "que llenan el espacio", modelos de "cinta", etc.[4] Jmol es compatible con una amplia gama de formatos de archivo moleculares, incluyendo Protein Data Bank (AP), archivo de información cristalográfico (CIF), MDL Molfile (mol), y Chemical Markup Language (LMC).

La miniaplicación Jmol, entre otras capacidades, ofrece una alternativa al plug-in Chime, que ya no está bajo desarrollo activo. Aunque Jmol tiene muchas características que no están disponibles en Chime, no pretende reproducir toda la funcionalidad de Chime (en particular, el modo de Sculpt o esculpir). Chime requiere instalar un plug-in e Internet Explorer 6.0 o Firefox 2.0 de Microsoft Windows, u OS 9/Netscape Communicator 4.8 en Macintosh. Jmol requiere instalar Java y funciona en una amplia variedad de plataformas. Por ejemplo, Jmol es completamente funcional en Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera y Google Chrome de Microsoft Windows, en Mozilla Firefox de Linux y en Safari de Mac OS X.


Imágenes

  • Estructura cristalina de un H/ACA box RNP de Pyrococcus furiosus

  • Dos puentes de sal en el tetrámero de hemoglobina (grupo hemo mostrado como barras en la parte inferior derecha).

  • Un fragmento del factor de transcripción TFIIIA formando tres motivos consecutivos con dedos de zinc, con destino a un segmento de ADN.

  • Ribosoma eubactearial 70S de Thermus thermophilus.

Notas

  1. ↑ Jmol translations
  2. ↑ Chen, Jim X. (2008), Springer, ed., Guide to Graphics Software Tools, p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4, http://books.google.com/?id=Rv2gncprg3gC&pg=PA471&dq=jmol+is+3d#v=onepage&q=jmol%20is%203d&f=false 
  3. ↑ Herraez, A (2006), «Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue», Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644, http://eric.ed.gov/ERICWebPortal/recordDetail?accno=EJ759053 
  4. ↑ Herraez, A (2007), Lulu, ed., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, p. 21, ISBN 978-1-84799-259-8, http://books.google.com/?id=59kQFyfbsJMC&pg=PA21&dq=jmol+applet+web#v=onepage&q=jmol%20applet%20web&f=false 

Véase también

Enlaces Internos

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