En Cajamarca los conquistadores encontraron apoyo en su campaña contra los soberanos del Cusco en los chachapoyas. Uno de los curacas de los chachas, registrado por los cronistas como Huaman, que se vio obligado a contribuir al pago del rescate de Atahualpa y luego celebró su muerte, invitó a Francisco Pizarro a conocer su tierra, que según se decía era muy rica y tenía grandes ciudades.

Expedición de Alvarado

Persuadido de la conveniencia de extender la conquista hacia el oriente, Pizarro dispuso que se forme una expedición al mando del capitán Alonso de Alvarado, con la indicación expresa de tomar posesión española de la conocida ciudad inca de Cochabamba (cerca de la actual Leimebamba), sede del dominio cusqueño en el territorio de los chachapoyas, que se suponía tan bien fundada y provista de riquezas como Cajamarca.

Al llegar Alvarado y sus expedicionarios a Cochabamba, les dio la bienvenida el curaca Huaman, que seguía siendo fiel a su promesa de amistad con los españoles. También obtuvieron apoyo de dos curacas que los cronistas nombran Zuta y Chuquipiundu, quienes al igual que Huaman, obsequiaron a los españoles con vituallas y objetos de oro y se manifestaron inclusive dispuestos a hacerse cristianos, a cambio de ser partícipes de los beneficios de sus nuevas conquistas. Fueron informados de la presencia cercana de "reinos de gente muy rústica" poseedora de grandes riquezas.

Alvarado dejó una guarnición en Cochabamba y fue con estas noticias al encuentro de Pizarro, quien se encontraba en la recién fundada ciudad de Lima. El capitán general autorizó refuerzos para un segundo viaje, esta vez con instrucciones de ampliar las posesiones españolas en la zona y fundar una ciudad cristiana.

Fundación de San Juan de la Frontera

El capitán Alvarado volvió a Cochabamba y organizó, con los curacas aliados, una expedición guerrera que hizo frente a grupos étnicos amazónicos hostiles en la zona de Bagua, como fue el caso del curaca Huayamamil. Algo similar ocurrió en la zona de Chillaos. Los nativos vencidos fueron concentrados en reducciones con la finalidad de servir en las labores agrícolas requeridas por los españoles.

Pacificada la región durante el primer semestre de 1536, Alvarado fundó en un lugar conocido como Llavantu la ciudad San Juan de la Frontera de los Chachapoyas, secundado por Juan Pérez de Guevara, Luis de Valera y Ruy Barba Cabeza de Vaca. Pronto tuvo que ser abandonado el naciente poblado ante el llamado urgente de Pizarro de acudir a defender Lima del cerco tendido por los genrales de Manco Inca. Superado ese peligro, así como el conflicto entre pizarristas y almagristas, Alvarado y sus expedicionarios volvieron a la región y vieron la necesidad de refundar la ciudad de San Juan de la Frontera edn un lugar conocido como de los huancas.

El acto solemne se realizó el 5 de septiembre de 1538. El mismo día de la fundación de Chachapoyas fueron designados los miembros del primer Cabildo que incluyó, entre otros, a Gómez de Alvarado, Alonso de Chávez, Gonzalo de Trujillo, Gonzalo de Guzmán y Luis de Valera. De acuerdo con la costumbre renacentista española, el trazado de la ciudad consideró calles amplias y rectas que partían de la plza principal. Alvarado asignó encomiendas siendo las suyas las de Cuélap, Cochabamba, Leimebamba, Pausamarca y Chilchas. Durante este período, el vínculo con los curacas chachapoyas mantuvo un lugar importante en el proceso de expansión colonial en la región. El curaca Huaman fue reconocido por los conquistadores como hatuncuraca o curaca principal de los chachapoyas hasta su muerte en 1551.

En el mismo año de la fundación de Chachapoyas se levantó su primera iglesia, cuyo primer cura fue Hernando Gutiérrez Palacios. Más tarde fueron edificadas las iglesias de Santa Ana, San Lázaro t del Señor de Burgos. Se establecieron también tres conventos de religiosos: San Francisco, La Merced y el de los Bethlemitas. El trazado colonial de Chachapoyas se ha mantenido casi intacto hasta nuestros días.

Acta de Fundación de la Ciudad de San Juan de la Frontera de los Chachapoyas

En cinco días del mes de Septiembre Año del nasçimiento de nuestro señor Ihesu Christo de mil quinientos e treinta y ocho Años por Ante mi Alonso Rodritues escriuano de sus majestades e publico y del consejo desta dicha çiudad de la Frontera que agora se funda paresçio presente el Capitán Alonso de Alvarado e presento Ante mi el dicho escriuano una provisiondel señor gobernador don Françisco Piçarro capitán general destas probincias llamadas Peru (e gobernador por su magestad) firmada de su nombre e rrefrendada de Antonio Picado, su secretario según por ella paresçia su thetor de la qualde verbo ad verbum es la siguiente. Don Françisco Piçarro adelantado capitán general e gobernador por sus magestades en estos Reynos de la Nueva Castiila. llamada Perú etcetera por quanto en la provinçia de los Chachapuyas Ay despusiçión de tierra E caçiques E yndios para quen ella se funde un pueblo de Christianos así por que Dios e su magestad serán servidos como por que más Ayna se conservaron los dichos caçiques e yndios en la paz e con la conserbaçion que con los españoles ternian más presto e con más voluntad vernan al verdadero conocimiento de nuestra fee catholica y es prinçipal cosa para que los caçiques de su comarca e tierra e otros que moran E abitan en las sierras questan en la obidençia de su magestad están mas suge (tos) e se haga servicio e no se levantan comohasta agora lo han an fecho E acordado en nombre de su magestad de pobrar en la dicha provinçia un pueblo de Christianos para que en el Dios y su magestad se servirán e Ansy mesmo conviene al nobleçimiento conserbaçion e población destos dichos Reynos que se vayan aumentando e poblando todos los más pueblos que se pudieren poblar en ellos e que se descubran todas las tierras que se pudieren descobrir por que soy informado que por la dicha provinçia de los Chachapuyas la tierra adentro ay tierra de muchos caçiques e yndios rricos en oro e plata e otras / tierras e provinçias de mucha gente que no an dado a su magestad la obidiençia e que ay dispusiçion de tierra para que se pueble de Christianos que se descubra a pueblo e se vea como su magestad lo manda lo que ay por esta tierra dentro e por que vos el capitán Alonso de Alvarado para semejantes casos teneys la avilidad diligençia y fedelidad e buen rrecado que Conviene y toda ysperençia de las costumbres de los yndios para su conquista por ser como soys antiguo en estas partes e conozco de vos que con toda cordura como convenga a serviçio de Dios nuestro Señor e de su magestad hareys lo que por my en su rreal nombre os fuere encargado e mandado e dello dareys buena quenta como siempre abeys dado del servicio de su magestad por la presente (en su rreal ) nombre e por quando fuere su volundad e la mya vos nombro el elijo por the (niente de go) bernador e capitán general e vos doy poder para que como tal podays poblar el dicho pueblo en la provincia de los Chachapuyas.... que hansi pobrardes la çibdad de... e que tenga buenas aguas e tierra e todas las calidades otras... pueblo podais repartirlos... segund las calidades de sus personas e los serviçios que ha su magestad obieren fecho e lemitar los hejidos e pastos paralos propios del dicho pueblo con tando que no toqueys en los Repaltimyentos e termynos de la villa de Tru (si) llo ny los estandays destotra parte del rrio grande el qual parte los termynos del pueblo que fundardes y los de la villa de Trusillo con tanto que si agunos caçiques de los que sirvieren en la villa de Trusillo tuvieren estançias de la otra parte del rrio puedan uzar deilas e los mesmos gozen los Caçiques e yndios de la dicha cibdad de la Frontera si alguna ynstançias tuvieren desta parte del rrio en los termynos de la dicha villa de Trusillo con tanto que señalados los dichosterminos me los ynvieys para que por mi vistos lo apruebe como mas convenga al serviçio de su magestad e fundado el dicho pueblo podays en nombre de su magestad y en lugar (nombrar) para su rregimiento e administración de la justicia alcaldes e rregidores del dicho pueblo conforme a la horden que sea tenido en estas partes e para que como tal my theniente de gobernador e capitán general vays a descobrir or la dicha via de los Chachapoyas la tierra dentro todos los caçiques e yndios que tengo noticias que ay por aqueilla via atravesando la tierra con tanto que del paraje e rraya de los Guancachupachos no paseis por que dalli adelante con la travesía derecha de la tierra el descobrimyento e poblaçion della tengo cometido al capitán Alonso de Mercadillo la qual dicha rraya de los Guanchacupados os doy por fin e cabo de los términos de / vuestro descubrenmyento e podays pacificar e pacifiqueys todos los caziques e yndios que descubiereredes con tanto que habiendo aparejo e dispuciçion para ello que no os sea dañosa les hagais los rrequerimientos e autos conforme a los mandamientos de su magestad para que vengan al verdadero conocimiento de nuestra santa fee católica e serviçio a obidiençia de su magestad se den por sus vasallos e para que si echos los dichos rrequerimientos no quisyeren venir de paz los podays apremiar e hazer la guerra conforma a una ynstruyçion que por mi os sera dada la que avez de guardar e conplir e tener la horden que en ella se vos declarara e para que ansi mesmo podays castigar todos los caçiques e yndios rrebeldes que havieren muerto christianos, e fueren o ayah sido en ello o en parte dello conforme a justiçia e a los mandamientos rreales con tanto que si vinieren de paz habiéndoles fecho los rrequerimientos los rreçibais a las pazes osean tratados como vasallos de su magestad con mucho amor mirando que siempre sean bien tratados e para que pacificados los dichos indios e visto la manera e dispusiçion de la tierra e yndios della y el asiento mas sano e provechoso para fundar el dicho pueblo e que más conveniente sea para que los veçinos e pobladores del puedan coger oro de las minas como el mesmo travajo e costa que se pudiere Ansi dellos como de los yndios los podays fundar e poblar con la dicha gente que llevays e para ello os doy en nombre de su magestad poder mirando Así mesmo que ten (ga) las otras calidades que su magestad manda que se miren y ecsaminen los pueblos que en estas dichas partes se poblaren e fundaren el qual dicho pueblo vos mando que llameys ... ermandad a todos los que se hansi se nombre e llame e otro si vos doys poder para que poday señalar e señaleys e rrepartays todos los caçiques e yndios questuvieren a propósito de poder servir al dicho pueblo e a los vecinos e pobladores que (confor) me a la calidad de sus personas y serviçios con tanto que hecho el dicho rrepartimiento (me lo yn) vieys para qe yo lo vea e comfirme es nombre de su magestad como mejor (al servicio de su magestad) conviniere e para que podays rrepartir solares e tierras e cavalle (rias)... conforme alos mandamientos rreales e lemitar los hexidos e pastos... (teniente de capitán general ... pueblo e bien de los veçinos... prehendays por mi en nombre... otras partes que anduvieredes E descubrierdes siendo neçesario e aviendo despusiçion para lo po (der) Así por vos como por la persona e capitanes que vos señalaredes pa (ra) ello confirmando la posesión e señoría que en nombre de su magestad esta tomada e tiene en estas partes e poblar en lo que Ansy descubierdes e tomardes posesión abiendo despusiçion de tierra para ello los pueblos que vos pareçieren / que conviene al servicio de su magestad que se pueblen de christianos para la paz e sustentaçion de la dicha tierra vecinos e pobladores della e para que podays rrepartir e rrepartays entre la gente la gente que con vos fuere el dicho viaje todo el oro joyas esclavos e tropas e otras cosas qualesquier de qualquier suerte que sean que en la dicha conquista se ovieren al caballero dos partes y al ballestero parte e media e al peon una parte conforme a la calidad de sus personas e a los serviçios que hizieren a su magestad en la dicha conquista e como vos pareçiere sacando e pegando primeramente A sus magestades sus quintos e derechos rreales que del dicho oro piedras perlas e otras cosas oviere de aver e le perteneçiere en qualquier manera conforme a su capítulo que en la dicha ynstruyçion que que habla çerca de los susodicho se se vos declarara e no en otra manera e la joya que como capitán obiere de aver e me pertenesçiere e para que por rrazon de Idicho oficio podays llebar e llebays los derechos e partes e otras cosas A ello Anexas a pertenes (çientes) e mando A todas las caualleros hidalgos e compañeros que con vos fueren al viaje e A otras qualesquier personas que en ella estuvieren que en todo os hagan e tengan e obedezcan por tal mi theniente de gobernador e capitán general E hagan E cumplan vuestros mandamientos Ansy e según deben gozar E cumplir los mios como gobernador de sus magestades so les penas que les pusierdes las quales yo por la presente les pongo y e por puestas e vos doy poder para que las ejecutar en los que rremisos y ynobedientes fueren e que vos guarden e hagan guardar todas las preemynencias libertades y esençiones que por rrason del dicho ofiçio vos deben ser guardadas e otrosi vos doy poder para que podays hazer e agais todas las otrascosas para la execuçion dela Justiçia que yo como gobernador de sus magestades lo puedo ha (zer y) de vos hacer guerdando en todos los mandamientos de su magestad en la determinaçion de los negoçios e pleitos o otorgando las Apelaciones en el grado que de derecho lugar aya para ante su magestad e los señores de su muy alto consejo de las yndias E para todo lo que dicho es (e para) el dicho ofiçio vos doy poder conplido en mombre de su magestad con todas sus yncidençias e dependençias anexidades e conexidades de lo qual los mando dar e di la presente firmada (de mi nombre e rrefrendada de Antonio Picado.... veinte y ocho de junio de mil... Yo Antonio Picado secretario. Eansy presentada la dicha provysion que de suso va yncorporada en la manera que dicho es el dicho capital alonso Dalvarado dixe que por virtud de de la dicha povysion según que en ellase qontiene el dicho señor gobernador le manda que haga e funde la dicha cibdad de la frontera en las provincias de las chachapoyas (en) la parte y lugar a donde... al servicio de su pagestad e bien de los naturales y que tenga el dicho asiento las caliddes que se requyere en un pueblo y ques por que el asyento donde al presente esta que se llama en lengua de yndios xalca de la qual era señor el cacique llamado cute el qual asyento le ha parecido a el e a los caualleros hijosdalgoque consigo trae para poblar la dicha cibdad a ser mas convinyente lugar e asiento y tener las calidades quen la dicha provision se contiene quel asentaua y poblara la dicha cibdad de la frontera en el dicho asyentoe mandaua e mando a todos los caballeros hijosdalgo que han de ser vecinos de la dicha cibdad qeu por tal aya e nombre la dicha cibdadde la fronteradegund qeu por el señor gobernador es mandado... alonso dalaurado en su nombre les mandado e por que el señor gobernador le da por termynos a la dicha cibdad desde el Ryo grande la tierra adentro los quales termynos caen desde el pueblo que se llama Paronga ques parte con las provincias de guanuco e ansy mismo por la facultad que por la dicha provysion el dicho señor gobernador le da le manda señale y nombre los termynos y limites que le pareciere ser dados... pueblo quel señalava y señalo por termynos... cibdad dos caciques questan en paraje del dicho... munto al dicho Ryo pa que los ... cibdad de la frontera dicha cibdad y... tiene ynformado / 3. los dichos caciques no están encomenddos ny depositados en ninguna persona por el dicho señor gobernador y es muy gran servicio de su magestad que los dichos caciques sirvan a esta dicha cibdad por caer en comarca dellay por que esta tierra es aspera y de poca jente y ay nescesidad queen esta cibdad aya muchos vecinos pa que se pueda sustenter y los naturales no tengan atrevimiento ni adelanteza pa Esecutar sus mala yntenciones ni alçarse contra la obediencia de su magestad que al presente le tiene dada lo cual si por mis pecados dios prometiese de que los dichos yndios se alçace o pusiese en guerra si enesta dicha cibdad de la frontera no obiese vecinos en cantidad pa poderlo Resestiry castigar requerya mucho trabaxo y peligro de sus personas y den poder su magestad esta cibdad y los naturales que a Ella sirven de lo qual dios y su magestad serian deservidos y ansy mesmo pa todo estos Reynos seria muy gran daño especialmente pa... la villa de trusillo e cibdad de Lima cuyos repartimientos confinan con esta cibdad por ser como es esta cibdad un llave y fortaleza de todos estos reynos y ansi su Real nombre les (d) e y señale otros muchos caciques a esta cibdad que los que hansi los tienen encomendados a se avecindan en esta cibdad por... se pueda sus tentar... más cerca desta... residencia... /3.vita Recibirán gran bien por que en yr a servir a los llanos se enferman y mueren mucho de lo cual dios y su magestad son deservidos lo cual yo en nombre de su magestad lo pido al dicho señor gobernador y los vecinos desta dicha cibdad asy mesmo se lo yra a pedir e suplicar los cuales dichos limites e termynos daba a la dicha cibdad pa que el dicho señor gobernador los apueble e aya a por buenos e ansy mesmo señalava e señalo por termynos de la dicha cibdad a la parte de levanto de la parte de casca yunga un ryo que se llama (espacio en blanco en el original) e ansy mesmo les señalo por termynos desde un pueblo que se llama (espacio en blanco en el original) que va de la otra parte de rrio de vagua en los quales dichos termynos daba a la dicha cibdad pa que el señor gobernador los apueble e aya por buenos. E luego incontinente por virtud de la dicha provision del dicho señor goberndor a el dad adixo que nombraua e nombro e eligió por alcalde de la dicha dibdad e gomez daluarado que estaua ...sente e alonso de chaues e por regidores a gonzalo de trusillo e gonzalo de guzman e a luis valera e a pedro romero e bernardino danaya e francisco de fuentes a los quales dichos alcaldes dio y entrego las varas de Justicia y dellos y de los dichos Regidores Recibió juramento por dios y por santa marya su madre y por las palabras de los santos evangelios doquier que más largamente están escriptos que sobre una señal de cuz a tal como esta + ... sus manos derechas que husaran temerosos de dyos...que buenos y leales...oficio hará todo /4.su leal saber y atender e los quales estando presentes... ausolucion del dicho juramento todos e juntamente e cada uno por si prometieron de lo ansy hazer e cumplir, alonso dalvarado, alonso rodriguez escribano...de sus magestades publico e del qonsejo. este dicho día estando en cabildo los dichos seoñres alcaldes y Regidores y en presencia de my el dicho escribano dixeron que hobedecian e obedecieron ladicha provision del dicho señor gobernador presentada por el dicho señor Capitán y que havian e ovieron Recibían e Recibieron por tal capitán e theniente de la dicha cibdad de lafrontera al señor capitán alonso dalvaradoy que por tal lo avian e thenyan según que en la dicha provisyon se qontiene y el señor gobernador lo manda e firmaronlo de sus nombres alonso de chaves, bernardino de anaya, gonzalo de trugillo, francisco de fuentes, luis valera, pedro romero y gonzalo de... /4 vita. este dicho día mes e año suso dicho estando en cabildo e ayuntamento el muy noble señor Capitán alnoso dalvarado thenyente de gobernador e los nobles Señores alonso de chaves alcalde hordinaryo e gonzalo detrusillo e gonzalo de guzman e fransisco de fuentes e bernardino anaya e luys valera e pedro romero Regidores desta dicha cibdad en presencia de my el dicho escribano parescio presente Gonzalo hernandes de heredia e presento En el dicho cabildo una provisión del señor gobernador firmada de su nombre e Refrendada de antonio picado su recretaryo por la qual le Elegía e nombraua por alguazil mayor desta cibdad de la frontera según Enella se qontiene la cual dicha provysion el dicho señor alonso dalvarado e los dichos señores alcaldes e Regidores dizeron la obedecieron e cumplían e cumplieron como enella se qontiene con aquel acatamiento questan obligados yncontinente della el dicho señor capitán tomo juramento del dicho Gonzalo hernandez de heredia questava presente por dios e por la santa marya e por las palabras de los santos evangelios de quyen que más largamente están escritos e por una señal de cruz a tal como esta + en que corporalmente puso su mano derecha que como bueno e fyel cristiano temeroso de dios e de su conciencia husaria y exercitaria el dicho oficio de alguazil mayor a todo su saber y entender el qual hiço el juramento y respondió a la conjusion si juro e amen ... dicho Señor theniente de Capitán y los dichos alcaldes... alguazil mayor... capitán le dio y en ... dichos señores /5... Thenyente de capitán e alcaldes e regidores lo firmaron de sus nombres e admitieron al dicho cargo de alguacil mayor e según y como el Señor gobernador lo manda. alonso dalvarado, Alnoso de chavez, Luis Valera, gonzalo de Trujillo, Francisco de fuentes, Bernardino danaya, Pedro Romero, Gonzalo de Guzman. en el dicho día e mes e año suso dichos salyendo de Cabildo mas los dichos thenyente e alcaldes e Regidores de la dicha ciudad en medio de la Plaça de la dicha ciudad señalaron donde estuviese la picota e la pusieron en el dicho lugar adnode avia de estar como es de costumbre en nombre de su magestad e según leyes destos Reynos e no más ny allende testigos que fueron presentes el señor don cristobal e melchior Ruiz e Juan de Villacorta estantes en la dicha ciudad e firmaron de sus nombres, alonso dalvarado. alonso de chavez Bernardino de anaya, Francisco de fuentes.

Nuevas expediciones

El soberano rebelde Manco Inca tuvo la intención de llegar, por el camino trasandino, hasta la tierra de los chachapoyas y organizar allí una segunda base de resistencia inca contra los conquistadores, la que debía complementar la fuerza defensiva concentrada por él en la sierra suroriental, en Vitcos y Vilcabamba. Movilizó, en 1538, una importante fuerza con ese propósito, pero fue contenido por los huancas, antiguos enemigos de los cusqueños, en las batallas de Jauja y Axiuvilca (Junín) y Mayomarca (Ayacucho). Luego de estos reveses, Manco Inca decidió replegarse a Vitcos y Vilcabamba, donde permaneció hasta su muerte en 1544.

Alonso de Alvarado se rebeló en Chachapoyas contra la usurpación de Almagro el Mozo. Dio respaldo con hombres y recursos al gobernador Cristóbal Vaca de Castro, a cuyo lado combatió en la batalla de Chupas, cerca de Huamanga, el 16 de septiembre de 1542. Una vez impuesta su autoridad, Vaca de Castro dio a Juan Porcel, vecino de Jaén de los Bracamoros y a Juan de Rojas, vecino de San Juan de la Frontera de los Chachapoyas, como recompensa militar, provisión para extenderse en tierras amazónicas. Dio a Porcel el sur del valle de Chinchipe y a Rojas el norte de Utcubamba, separados ambos territorios por el río Marañón. Porcel fundó en sus nuevos dominios, en septiembre de 1543, el pueblo de Jerez de la Frontera, cuyo cabildo estuvo formado por Francisco Cerón, Juan de Gallegos y Diego de Salcedo. Al producirse la "guerra de los encomenderos" contra el virrey Basco Núñez de Vela (1544-1546, durante el reinado de Carlos I de España, 1516-1556 de la Casa de Austria), Porcel estuvo en la batalla de Iñaquito el 18 de enero de 1546, al lado del bando rebelde. Luego volvió con sus huestes a repoblar Jerez de la Frontera, pero tuvo que partir de nuevo a dar batalla contra el gobernador Pedro de la Gasca en agosto de 1547. La victoria del gobernador le hizo perder privilegios y hundirse en la desgracia.

San Juan de la Frontera fue también el punto de partida de la segunda expedición a la tierras de los moyobambas realizada por Juan Pérez de Guevara. El grupo partió el 22 de julio de 1544, en dirección al río Mayo, cruzando las tierras de los lamas y los motilones. Pérez de Guevara olvió a la sierra y estuvo al lado del bando de Gonzalo Pizarro pero cambió de parecer al llegar al Perú el gobernador La Gasca. Fue perdonado, luchó al lado del pacificador en Jaquijaguana y retomó las exploraciones en torno en octubre de 1548.

Descubrimiento del pongo de Manseriche

Juan de Salinas Loyola, gobernador de Yahuarzongo y Bracamoros (jurisdicción que entonces comprendía Loja, Zamora y San Miguel de Piura), obtuvo en 1556 del virrey Primer Marqués de Cañete, Andrés Hurtado de Mendoza, (1556-1561, durante el reinado de Felipe II de España, 1556-1598 de la Casa de Austria), licencia para explorar hasta 200 leguas al oriente de Loja, Zamora y Jaén. Su expedición, formada por 250 hombres e indios servidores, partió de Loja el 8 de julio de 1557. Avanzó hacia el sur y fundó la actual ciudad ecuatoriana de Valladolid. Dejó allí 30 hombres a los que repartió tierras y solares. Siguió rumbo este y venció la cordillera del Cóndor, ingresando a territorio amazónico.

El gobernador Salinas avanzó hasta el valle del Cenepa, haciendo frente al rigor del clima, la accidentada geografía y la hostilidad de algunos grupos nativos. Hizo un difícil recorrido hasta encontrar, en junio de 1558, un lugar propicio para fundar una nueva ciudad en las inmediaciones de la unión de los ríos Santiago y Marañón. Allí fundó la población de Santiago de las Montañas, donde dejó como caudillo al capitán Frencisco Pérez de Vivero con 34 soldados. Consideró que el lugar era seguro, bueno para labores agrícolas y rodeado de nativos amistosos que podía incorporar a su servicio. Luego continuó viaje unas treinta leguas hacia el sur, cruzando el Marañón, donde fundó la ciudad de Santa María de Nieva en julio de 1558. Allí dejó establecido al capitán Jerónimo de Maraver con 26 soldados.

De regreso a Santiago de las Montañas, Salinas organizó una flotilla de canoas, empleando como remeros a nativos, con los que se aventuró a recorrer, casi sin equipaje, el río Marañón. Partió con 54 soldados el 24 de agosto de 1558, creyendo encontraría oro y otras riquezas. Apenas recorridas siete leguas, los expedicionarios encontraron el pongo de Manseriche. El cronista José de Acosta (1586) describe así el descubrimiento:

La expedición recorrió 25 leguas de río, hasta descubrir, el 29 de septiembre de 1558, el río Ucayali, por donde navegaron unas 300 leguas para luego retornar, trabajosamente, hasta Santiago de las Montañas, el 28 de agosto de 1559 "luego de motines y penurias, con muchas noticias pero con poquísimo oro", como reseña José Antonio del Busto (1984).

Otras fundaciones

Gradualmente fueron surgiendo nuevos asentamientos de españoles en la región, como Luya, poblado establecido en 1569, por el gobernador Lope García de Castro, reconocido políticamente años más tarde por el virrey Francisco de Toledo (1569-1581, durante el reinado de Felipe II de España, cit.). Allí se desarrolló una importante actividad agropecuaria.

Hacia 1590, el arzobispo Toribio de Mogrovejo hizo visitas pastorales a las principales poblaciones de esta región.

Al constituirse en 1783 las cinco grandes diócesis del virreinato del Perú, que correspondían al arzobispado de Lima y a los obispados de Trujillo, Huamanga, Cusco y Arequipa, Chachapoyas pasó a integrar el obispado de Trujillo.

Tras la real ordenanza, expedida el 28 de febrero de 1784, que organizó políticamente el virreinato en intendencias, Chachapoyas fue provincia o partido constitutivo de la intendencia de Trujillo.

La Comandancia de Maynas

La Real Cédula del 15 de julio de 1802, formó el gobierno y la Comandancia General de Maynas y Quixos con todos los territorios de la región amazónica, segregándolo del virreinato de Nueva Granada y agregándolo al virreinato del Perú, al mismo tiempo que se creaba el obispado de Maynas con igual extensión. Esta jurisdicción comprendía los territorios situados entre los Andes y el Imperio del Brasil, región regada por el Marañón o Amazonas y sus afluentes del norte y del sur, y abarcaba los actuales departamentos de Amazonas, San Martín y Loreto.

Esta región, cuyo gobernador dependía directamente del virrey del Perú, recibió un trato especial por razones geopolíticas y militares, tanto fue así que el virrey Gabriel de Avilés y del Fierro, Marqués de Avilés (1801-1806, mandó establecer guarniciones en diferentes puntos de su inmenso territorio y sobre todo en los límites con el Brasil, dado que la tendencia de la entonces enorme colonia portuguesa había sido la de aumentar su extensión, por lo que se hizo indispensable que esas guarniciones estuvieran conformadas por tropas veteranas.