Esta sección de la Cronología de El Salvador abarca la Época de la conquista, colonización e independencia de El Salvador, dividida en siglos.

Siglo XVI

1524

• 6 de junio- Pedro de Alvarado cruza el río Paz. Entrando así al Señorío de Cuzcatlán
• 8 de junio- Se libra la batalla de Acaxual (acajutla).El ejército pipil es liderado por Atonal, el cual le dispara la flecha que dejara a Alvarado cojo por toda su vida. El ejército pipil es totalmente aniquilado, Atonal sobrevive.
• 13 de junio- Se libra la batalla de Tacuzcalco, dirigida por Atonal. Al verse Pedro de Alvarado incapacitado para pelar, pone al frente del ejército a sus hermanos, y no mucho después de terminada la batalla Atonal es asesinado a dos disparos por Gonzalo de Alvarado.
• 15 de junio- Pedro de Alvarado llega a Athehuan (Ateos),donde recibe un mensaje de rendición por parte de Atlacatl (señor de Cuzcatlán).
• 17 de junio- Pedro de Alvarado entra a la ciudad de Cuzcatlán, donde encuentra todo el pueblo alzado, y mientras se aposentaba todos se fueron a las montañas.
• 4 de julio- Después de muchos días de lucha donde propio Pedro de Alvarado había perdido: caballos, soldados e indios auxilares y su capacidadad como capitán invicto, salió huyendo del Señorío de Cuzcatlán.

1525

• 11 de abril- Gonzalo de Alvarado, siendo enviado a fundar una villa española en el Señorío de Cuzcatlán, funda en el valle La Bermuda la villa de San Salvador, cuyo primer alcalde fue Diego de Holguin.

1526

• Agosto- Al darse cuenta Atlacatl, que los españoles habían construido una villa, manda a que la destruyan, de esta forma la primera villa de San Salvador fue abandonada.

1528

• 1 de abril-Diego de Alvarado, funda nuevamente la villa de San Salvador, después termina de conquistar el Señorío de Cuzcatlán, venciendo finalmente a Atlacatl. Hoy conocemos este sitio de San Salvador como el sitio arqueológico de Ciudad Vieja.

1530

• Pedrarias Davila envió a Martín Estete el cual tenía por misión incorporar la villa de San Salvador y conquistar el pueblo Lenca para la Gobernación de Nicaragua. Al darse cuenta de esto Pedro de Alvarado envió a Luis de Moscoso para detener a Martin Estete.
• 8 de mayo- Luis de Moscoso funda la villa de San Miguel, días después vence finalmente a Martin Estete.
• Bajo el mando de Pedro de Alvarado, Hernando de Chavéz y Pedro Amalín empiezan y en el mismo año terminan la conquista del reino Payaquí (señorío Chorti).

1537

• Rodrigo Ruiz vence a Lempira, termina la resistencia lenca.

1542

• El territorio actual de El Salvador es pacificado. Por orden del rey de España Carlos I, el territorio actual de El Salvador queda dividido en: la Alcaldía Mayor de Sonsonate (formada por los actuales departamentos de Ahuachapán, Sonsonate), la Alcaldía Mayor de San Salvador (formada por toda la zona central y el departamento de Santa Ana) y la Alcaldía Mayor de San Miguel (formada por toda la zona oriental).

Siglo XVIII

1786

• Por orden del rey de España Carlos III, el territorio de El Salvador es dividido nuevamevente en: la Intendencia de San Salvador (formada por la alcaldía mayor de San Salvador y la alcaldía mayor de San Miguel) y la Alcaldía Mayor de Sonsonate.

1789

• San Salvador es gobernado por intendientes internos a lo que permite experiencia en el gobierno de criollos.

Siglo XIX

1811

• 5 de noviembre - Movimiento independentista ocurrido en San Salvador, famoso por el grito de independencia de José Matías Delgado en la iglesia La Merced.

1814

• 24 de enero - Segundo movimiento independentista ocurrido en San Salvador, no tuvo éxito y la mayoría de los próceres fueron arrestados, Satiago José Celis fue ejecutado a latigazos.

1821

• 15 de septiembre - Centroamérica declara la independencia absoluta de España.

1822

• 5 de enero - Centroamérica se une al Imperio Mexicano, la intendencia de San Salvador se declara independiente.
• Abril - El Coronel Manuel Arzú al mando de tropas guatemaltecas ocupa militarmente Santa Ana y Sonsonate, hasta ser derrotado este mismo mes.
• 3 de junio - Arzú logra penetrar los barrios Santa Lucía y El Calvario de San Salvador, después de 9 horas de luchas se retiraron.
• Junio - El Capitán General de Guatemala, Vicente Filisola, dirigiéndose a Manuel José Arce y Fagoaga, que la Intendencia de San Salvador debía unirse al Imperio Mexicano.
• Diciembre - El Brigadier Vicente Filisola marcha con su ejército sobre la Intendencia de San Salvador.
• 2 de diciembre - La intendencia de San Salvador envió diputados para negociar la unión de la Intendencia de San Salvador a los Estados Unidos.

1823

• 9 de febrero - Después de días de lucha el brigadier Vicente Filisola logro vencer las tropas de la intendencia de San Salvador decretándose así la unión de la intendencia de San Salvador al Imperio Mexicano.
• 7 de mayo - Viendo el Brigadier Vicente Filisola los problemas que tenía el Imperio Mexicano, decidió retirarse a Guatemala dejando en el gobierno de la intendencia de San Salvador al General guatemalteco Felipe Codallos.
• 25 de mayo - El ayuntamiento y el pueblo salvadoreño obliga al general Felipe Codallos y a su ejército de evacuar la ciudad, tomando el gobierno la Junta Consultiva.
• 17 de junio - La Junta Consultiva entrega el gobierno a Mariano Prado.
• 1 de julio - Regresan los diputados del congreso provincial al haber caído el Imperio Mexicano, Centroamérica (incluyendo la intendencia de San Salvador) declaran la independencia absoluta de México, de esa forma nacen las Provincias Unidas de Centroamérica.